文献类型： 中文期刊
作者： 许莹修 1 ; 杜建厂 2 ;
作者机构： 1.江苏省农业科学院经济作物研究所生物信息项目组
2.农业部长江下游棉花与油菜重点实验室
关键词： LTR-逆转座子;基因组序列;插入时间;马铃薯
期刊名称： 基因组学与应用生物学
ISSN： 1674-568X
年卷期： 2013 年 06 期
页码： 51-59
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： LTR-逆转座子是构成基因组特别是植物基因组的重要组分。它们在寄主基因组的进化过程中起到重要作用。马铃薯是重要的经济作物和粮食作物,其全基因组序列的公布为进一步研究其遗传组成和演化提供了基础。本文以马铃薯全基因组序列为材料,用结构分析和同源比对的方法分离得到9 318个完整的LTR-逆转座子,7 281个非完整(truncated)LTR-逆转座子元件和3 657个solo LTR元件。进一步研究表明,gypsy类转座子在距今两百万年(million years ago,MYA)时转座活性被抑制,而copia类元件活跃至今。马铃薯和番茄比较基因组学的研究表明,LTR-逆转座子序列变异率为18.73%,远高于基因序列的7.37%和CDS序列的5.01%。
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