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苦荞C4H基因的cDNA克隆及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 刘荣华 1 ; 王丽 1 ; 孙朝霞 1 ; 侯思宇 1 ; 李红英 1 ;

作者机构： 1.山西农业大学农学院;山西农业大学农业生物工程研究所;特色杂粮种质资源发掘与育种山西省重点实验室

关键词： 苦荞;肉桂酸-4-羟基化酶;电子克隆;生物信息学分析

期刊名称： 山西农业大学学报(自然科学版)

ISSN： 1671-8151

年卷期： 2017 年 37 卷 11 期

页码： 767-773

摘要： [目的]为了解植物苯丙烷类代谢途径中关键酶——肉桂酸-4-羟基化酶基因结构特征及系统进化,拟克隆苦荞肉桂酸-4-羟基化酶(Cinnamate-4-hydroxylase,C4H)基因并进行生物信息学分析。[方法 ]本研究通过RT-PCR技术,克隆2个苦荞C4H基因cDNA和DNA序列,并通过生物信息学分析其基因结构及蛋白理化性质,最大似然树法构建系统进化树。[结果]2个基因cDNA序列长度分别为1 812bp和1 476bp,各编码504和491个氨基酸残基。其DNA序列分别为2 774bp和2 364bp,均包含3个外显子和2个内含子,第1个外显子和2个内含子序列长度存在明显差异。蛋白分子量分别为58.002kDa和56.401kDa,等电点分别为9.18和9.09。2个基因编码氨基酸与苦荞肉桂酸-4-羟基化酶同源性分别为99%和86%,故暂且命名为FtC4H1和FtC4H2。FtC4H1和FtC4H2与其他物种直系同源蛋白聚为两类,FtC4H1和FtC4H2与莴苣和丹参同源蛋白亲缘关系较近,氨基酸序列同源性分别为88%和84%。[结论]本研究通过对苦荞2个C4H基因的核酸、氨基酸序列、蛋白结构及系统进化树进行分析,为后续苯丙烷代谢途径及荞麦基因挖掘利用提供理论基础。

  • 相关文献

[1]苦荞Ft4CL基因克隆、生物信息学及分子进化分析. 侯思宇,赵盖超,刘荣华,孙朝霞,令狐斌,韩渊怀,许冬梅,李红英. 2015

[2]小麦相关功能基因的全基因组电子定位及基因注释. 王长彪,韩斌,刘江,崔婷,任永康,赵兴华,董艳辉,李亚丽,唐朝晖. 2016

[3]苦荞数量性状遗传距离的测定. 李秀莲. 2004

[4]优质苦荞GAP生产管理技术研究. 陕方. 2004

[5]苦荞主要性状遗传力和遗传相关研究. 李秀莲. 2004

[6]灰色多维综合隶属度评估方法在苦荞区试中的应用. 李秀莲,赵建东,陈稳良,朱慧珺 . 2009

[7]苦荞新品种'晋荞麦2号'丰产稳产性分析及应用前景. 李秀莲,史兴海,高伟,朱慧珺,崔林. 2011

[8]苦荞SRAP分子标记体系优化与遗传多样性分析. 令狐斌,侯思宇,孙朝霞,黄可盛,路阳,韩渊怀,许冬梅. 2015

[9]苦荞生物有机专用肥肥效研究. 史清亮,杨晶秋,陶运平,张筱秀,温月香,刘素芬. 2003

[10]苦荞查尔酮合成酶基因序列特征及分子进化分析. 孙朝霞,侯思宇,郭彬,令狐斌,黄可盛. 2014

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[12]苦荞提取物的毒理学安全性. 林汝法,王瑞,周运宁. 2001

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[18]13个苦荞国家区域试验品种(北方组)的丰产、稳产性评价分析. 陈喜明,王鹏科,韩云丽,高克昌,李晓峰. 2018

[19]苦荞全基因组SSR位点特征分析与分子标记开发. 马名川,刘龙龙,刘璋,周建萍,南成虎,张丽君. 2021

[20]山西北部地区引种苦荞品种的灰色关联度分析. 靳建刚,田再芳. 2021

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