文献类型： 中文期刊

作者： 高风英 ¹ ; 卢迈新 ¹ ; 曹建萌 ¹ ; 刘志刚 ¹ ; 王淼 ¹ ; 可小丽 ¹ ; 杨先乐 ¹ ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院珠江水产研究所;农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室;上海海洋大学水产与生命学院

关键词： 尼罗罗非鱼;核苷酸结合和寡聚化结构域1基因(NOD1);SNPs;单倍型;无乳链球菌

期刊名称： 农业生物技术学报

ISSN： 1674-7968

年卷期： 2018 年 11 期

页码： 1949-1961

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 核苷酸结合和寡聚化结构域1 (nucleotide binding and oligomerization domain 1, NOD1)基因在鱼类先天免疫中发挥重要作用。为获得与无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)抗性性状相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymophisms, SNPs)标记,本研究克隆了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)NOD1基因组序列(GenBank No. MF479261),并通过克隆测序或PCR产物直接测序法,从20个亲本家系的39尾尼罗罗非鱼的NOD1基因的测序序列中筛选得到44个SNPs位点。通过SNaPshot分型法对子代中的无乳链球菌敏感群体(susceptible group, SG)(83尾)和抗性群体(resistance group, RG)(83尾)进行分型,并利用Popgen 32软件统计分析NOD1基因各SNPs位点在两个群体的多态性和遗传参数。结果显示,对44个SNPs位点中的24个位点进行了成功分型。24个位点的多态信息含量(polymorphism information content,PIC)介于0.09~0.37,所检测SNPs位点呈现出低度或中度多态。通过SNP位点与无乳链球菌抗性/敏感性状之间的关联分析,发现位点SNP5 (G-2284C)与无乳链球菌易感性状显著相关(P<0.05)、SNP13 (G-8956C)与无乳链球菌抗性性状显著相关(P<0.05),SNP12 (G-8955C)与无乳链球菌抗性/敏感性状均显著相关。利用Haploview 4.2软件分析NOD1基因中的24个SNPs位点所形成的单倍块和连锁不平衡情况,结果显示24个位点可构成5个单倍块和16个单倍型,其中单倍块4中的单倍型H4-2(AC)与尼罗罗非鱼无乳链球菌抗性性状显著相关(P<0.05)。上述结果表明,尼罗罗非鱼NOD1基因的3个SNPs位点SNP5、SNP13和SNP12以及单倍型H4-2(AC)可作为分子标记辅助选育的候选分子标记。该研究可为抗链球菌尼罗罗非鱼新品系的选育提供资料基础。