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基于桑树转录组测序的SSR标记开发和引物筛选

文献类型： 中文期刊

作者： 姚刘慧 1 ; 唐翠明 2 ; 戴凡炜 2 ; 王振江 2 ; 罗国庆 2 ;

作者机构： 1.广东省农业科学院蚕业与农产品加工研究所

2.广东省农业科学院蚕业与农产品加工研究所;江苏科技大学

关键词： 桑树;转录组测序;分子标记;简单重复序列

期刊名称： 蚕业科学

ISSN： 0257-4799

年卷期： 2015 年 41 卷 01 期

页码： 18-27

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以桑树品种抗青10号植株的幼叶和根部为材料进行高通量转录组测序,获得60 069条unigene序列,运用MISA软件从中搜索到10 268个SSR位点,并针对这些SSR位点建立了EST-SSR引物数据库。从EST-SSR引物数据库中随机挑选100对SSR引物对抗青10号植株叶片的基因组DNA进行PCR验证,有87对引物可以扩增出条带,其中58对引物扩增的片段大小与预期相同,26对引物扩增的片段大于预期片段,3对引物扩增的片段小于预期片段。100对引物涉及的SSR位点中,基序重复单元长度为3个核苷酸的占46%,为2个、4个、5个、6个核苷酸的分别占12%、10%、10%、22%。KEGG代谢通路分析100对引物所在unigene的功能主要涉及新陈代谢、甘油磷脂代谢、醚脂代谢等途径,扩增条带最多的引物SSR28所在的Unigene5642主要参与新陈代谢。实验结果证明了基于高通量桑树转录组测序数据开发SSR标记的可行性及高效性。

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