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基于名优谷子品种晋谷21全基因组重测序的分子标记开发

文献类型： 中文期刊

作者： 赵庆英 1 ; 张瑞娟 1 ; 王瑞良 1 ; 高建华 1 ; 韩渊怀 1 ; 杨致荣 1 ; 王兴春 1 ;

作者机构： 1.山西农业大学文理学院;山西农业大学生命科学学院;山西农业大学农业生物工程研究所;杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室

关键词： 谷子;晋谷21;InDel;SNP;分子标记;基因组重测序

期刊名称： 作物学报

ISSN： 0496-3490

年卷期： 2018 年 05 期

页码： 686-696

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 小米因其营养丰富日益受到重视,而小米的品质是民众选择小米时最为关注的指标。晋谷21米质优异,但由于缺少基因组信息,严重阻碍了其优异米质形成机制的研究。本研究利用高通量测序技术,对晋谷21全基因组进行重测序,获得了14.95 Gb高质量测序数据。进一步将其与豫谷1号参考基因组比较,发掘了169 037个In Del位点和1 167 555个SNP位点,其中长度在13~50 bp之间适于琼脂糖凝胶电泳检测的In Del位点为14 578个。选择其中1个SNP位点和68个In Del位点验证,表明利用二代测序技术开发的In Del和SNP标记真实可靠。基于名优谷子晋谷21重测序数据开发的In Del和SNP分子标记具有通用性,可用于其他谷子、狗尾草和谷莠子等种质资源的相关研究。同时,开发了一个晋谷21特异的In Del标记2G5501976,利用该标记即可快速鉴定待测材料是否为晋谷21及其衍生品种。本研究初步揭示了晋谷21的基因组特征,不仅为深入解析其优异米质形成的分子机制奠定了基础,而且为相关分子标记辅助育种、遗传分析和基因克隆提供了分子标记资源。

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