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20个双孢蘑菇核心种质的重测序初步分析

文献类型： 会议论文

第一作者： 陈美元

作者： 陈美元 1 ; 廖剑华 2 ;

作者机构： 1.福建省农业科学院食用菌研究所 福州350014

2.特色食用菌繁育与栽培国家地方联合工程研究中心 福州350014

关键词： 双孢蘑菇;遗传育种;基因组测序;亲缘关系

会议名称： 福建省科协第十五届学术年会分会暨第四届福建省食用菌学会会员代表大会、2015年福建省食用菌学会学术年会

主办单位： 福建省科协`福建省食用菌学会

页码： 00000059-00000067

摘要： 为探讨双孢蘑菇不同类型菌株间基因组存在的差异及开发SNP、SV等分子标记,对20个不同类型的核心种质开展基因组重测序工作.样品测序共获得23.67G数据量,Q30达到89.39％.样品的reads与参考基因组H97的比对效率平均为82.28％,基因组覆盖度为96.26％,平均深度分别在32X左右.基于测序数据与参考基因组的比对结果,共检测获得约813,768个SNP,53,840个InDel,平均每个个体获得921个SV变异.提取组装了各个菌株的一致性序列,并基于研究结果探讨了国内外菌株的亲缘关系.

分类号： S646.11:S603.2

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