科研产出
虾类行动障碍野田村病毒(MDNV)TaqMan RT-PCR检测方法的建立与应用
《渔业科学进展 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：基于虾类行动障碍野田村病毒(movement disorder nodavirus,MDNV)的RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)基因设计寡核苷酸引物和探针,以含有MDNV靶基因的pMD18-MDNV质粒和RNA标准品为模板,通过优化反应体系和反应程序,建立了MDNV的TaqMan RT-PCR检测方法.优化后的反应组分:20.0μL TaqMan RT-PCR反应液预混液中包含11.0μL一步法RT-PCR缓冲液、0.8μL酶混合物、0.3μmol/L正向引物、0.3μmol/L反向引物、0.4μmol/L探针、1.0μL模板和5.2μL RNA-free H2O;优化后的反应程序:54.5℃15 min,95℃1 min;45个热循环扩增(95℃10 s,60.3℃30 s).本研究所建立的方法能实现对MDNV的特异性检测,在1.4×1010~1.4×101 copies/μL标准质粒浓度范围内,起始模板浓度对数值与反应循环数间呈良好的线性关系;该方法最低可检测5.5×101拷贝的RNA标准品或1.4×101拷贝的pMD18-MDNV标准质粒.分析结果还显示,该检测方法批内Ct值和批间Ct值的变异系数(CV)分别小于1.27%和1.83%,具有良好的重复性和稳定性.利用该方法对2019年采自我国部分省市的样品进行检测发现,凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)中MDNV的阳性检出率为23.5%(16/68).本研究建立的MDNV TaqMan RT-PCR方法具有特异性、快速和灵敏等特点,可为对虾养殖实践中MDNV的定性、定量检测与监测以及有效防控提供技术支持.
关键词： 养殖对虾;行动障碍野田村病毒(MDNV);TaqMan RT-PCR;定量;检测方法
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栉孔扇贝对8:2FTCA的代谢转化与氧化应激响应
《中国环境科学 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：以栉孔扇贝（Chlamys farreri）为受试生物,研究了栉孔扇贝对8:2氟调聚羧酸（8:2FTCA）的代谢转化特征以及代谢过程中靶器官的氧化应激响应.结果发现,栉孔扇贝可将8:2FTCA转化为8:2氟调聚不饱和酸（8:2FTUCA）、7:3氟调聚羧酸（7:3FTCA）、全氟辛酸（PFOA）、全氟壬酸（PFNA）和全氟庚酸（PFHp A）等代谢产物.栉孔扇贝鳃和肝脏中代谢产物总量最高,为8:2FTCA的主要代谢靶器官.与本课题组前期虾夷扇贝的相关研究相比,8:2FTCA在栉孔扇贝与虾夷扇贝体内的生物转化行为主要有3方面相似之处:检测到的代谢产物相同、代谢靶器官相同以及鳃是最终代谢产物PFOA生成和蓄积的主要场所;不同之处主要体现在栉孔扇贝中代谢产物以7:3FTCA占比较高,虾夷扇贝中则是PFOA占比较高.同时在8:2FTCA暴露过程中,栉孔扇贝靶器官的关键抗氧化酶出现了一定的应激效应.丙二醛（MDA）和谷胱甘肽（GSH）等氧化应激指标以及谷胱甘肽过氧化物酶（GSH-Px）,超氧化物歧化酶（SOD）和过氧化氢酶（CAT）等抗氧化酶系出现不同程度变化:GSH-Px在整个代谢转化过程中呈现抑制效应;SOD,CAT活性在鳃中呈诱导效应,而在肝脏中呈现明显的剂量-效应关系,低剂量组中均呈抑制效应,高剂量组中大部分时间呈诱导效应.GSH和MDA含量不仅表现出剂量-效应关系,组织间也存在差异.暴露实验结束后,生理指标均有不同程度恢复.
关键词： 氟调聚羧酸（FTCAs） 全氟烷基羧酸（PFCAs） 生物转化 抗氧化酶系 栉孔扇贝
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温度和起始密度比对舟形藻和小球藻生长和竞争的影响
《南方水产科学 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为利用种间竞争进行有益微藻共培养和构建池塘优良藻相,文章探究了不同温度（10、15、20、25、30、35℃）和起始密度比[小皮舟形藻（Navicula pelliculosa）∶小球藻（Chlorella vulgaris）分别为1∶10、1∶1、1∶0.1]对2种藻类生长竞争的影响。结果显示,单种培养中,10～15℃小皮舟形藻的细胞密度呈先升高后降低的趋势,20～30℃呈逐渐升高的趋势,最大值为0.50×106个·mL-1,35℃时停止生长,适宜生长温度为25～30℃;10～15℃小球藻生长缓慢甚至停止,20～35℃细胞生长迅速,最大值为14.15×106个·m L-1,适宜生长温度为35℃。混合培养中小皮舟形藻生长速率均高于单种培养,且随小球藻接种比例增加逐渐升高,在适宜温度下,混合培养的细胞峰值显著高于单种培养;混合培养中小球藻的接种密度越小生长速率则越大,1∶0.1组显著高于单种培养组,1∶10组则显著低于单种培养组。小球藻对小皮舟形藻的竞争抑制作用较小,混合培养中,小球藻对小皮舟形藻的竞争抑制参数（α）随温度升高和小球藻密度增加而增大,小皮舟形藻对小球藻的竞争抑制参数（β）随温度和小皮舟形藻比重增加而增大。2种微藻能够稳定共存。
关键词： 小皮舟形藻 小球藻 温度 起始密度比 生长速率 种间竞争
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微管蛋白β-Tubulin在二、三倍体虹鳟(Oncorhynchus mykiss)表达与定位分析
《海洋与湖沼 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：微管构成纺锤体主要架构,在染色体配对与分离过程起重要作用。通过β-tubulin基因克隆,实时荧光定量, Western blot及免疫组织化学技术对三倍体虹鳟卵巢败育根本原因进行探究。结果表明β-tubulin基因开放阅读框1 533 bp,编码424个氨基酸。β-Tubulin蛋白质的相对分子量为47.5 kDa。虹鳟（Oncorhynchus mykiss）与银大马哈鱼（O. kisutch）同源性高达99.59%。系统发育进化树显示,虹鳟与大鳞大马哈鱼（O. tshawytscha）和红点鲑（Salvelinus alpinus）聚为一支。实时定量检测发现β-tubulin基因在二倍体雌性虹鳟卵巢表达量极显著高于其他组织。在240—330 dpf同一发育阶段中,β-tubulin基因在二倍体雌性虹鳟卵巢中的表达量较三倍体雌性虹鳟相对较高,且均存在极显著差异。免疫组化结果显示,240—330dpf,β-Tubulin蛋白主要在二倍体虹鳟卵母细胞核内表达,在三倍体虹鳟卵原细胞核内表达量较少。推测三倍体虹鳟性腺败育可能与β-tubulin基因的低表达与组织异常定位有关,结果为进一步揭示三倍体虹鳟卵母细胞减数分裂受阻提供基础理论。
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基于生态通道模型的鲥鯸淀生态系统营养结构和能量流动研究
《中国水产科学 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：利用Ecopath with Ecosim（EWE）模拟生态系统能量通道模型,比较分析了鲥鯸淀生态修复区和对照区的生态系统结构、食物网变化和能量流动特征。结果表明,生态修复区同种鱼类营养级略低于对照区;修复区牧食链与腐食链增加了鲇、鳜以及团头鲂、草鱼,相比对照区更为复杂。生态修复区各营养级之间能量的转换效率（Ⅱ～Ⅱ依次为0.0521、0.0205、0.0144）高于对照区（Ⅱ～Ⅱ依次为0.0406、0.0138、0.00854）,且总能量转换效率（2.5%）也高于后者（1.7%）。生态修复区连接系数（0.22）略低于对照区（0.27）,但系统杂食性指数则相反（0.15>0.14）;生态修复区Finn’s循环指数（0.61）、Finn’s平均路径长度（0.08）低于对照区（分别为1.73、2.20）。两区域生态系统的总体特征表明,生态修复区食物网结构更为复杂,能量传递效率有所提高;但生态系统的营养流经食物链的长度缩短了,物质再循环的比例有所下降。同时,生态修复区存在生产量大于呼吸量的情况,鲥鯸淀区域应该适当放流肉食性、草食性鱼类,定期捕捞滤食性鱼类,增加生态系统的能量流动,促进生态系统的良性发展。
关键词： 鲥鯸淀 生态通道模型 营养结构 能量流动 大水面 生态渔业
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基于COⅠ基因研究钱塘江三角鲂亲本、放流和自然捕捞群体的遗传多样性与遗传分化
《大连海洋大学学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为研究三角鲂Megalobrama terminalis亲本、放流和自然捕捞群体的遗传多样性现状和群体间的遗传分化,运用PCR产物纯化测序的方法,测定了三角鲂2个亲本群体、3个放流群体和1个自然捕捞群体共计6个群体224尾样品的线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基（cytochrome C oxidase subunitⅠ,COⅠ）基因序列。结果表明:在661 bp序列中共检测到192个变异位点（占核苷酸总数的29.05%）,A、T、C、G的平均含量分别为26.5%、28.0%、29.0%和16.5%,A+T含量（54.5%）高于G+C含量（45.5%）;共检测到31个单倍型,其中,6个为至少2个群体共享的单倍型,hap9和hap2为第一、二优势单倍型,分别占样本总数的48.66%和22.32%,25个为仅1个群体享有的特有单倍型（占总样本数的13.4%）,这与基于单倍型的网络结构图得出的hap9为最原始单倍型的结果一致;6个群体的单倍型多样性（Hd）为0.710～0.848（平均值0.705）,核苷酸多样性（Pi）为0.003 07～0.008 40（平均值0.005 78）,其中,景山亲本群体遗传多样性最高,余杭放流群体遗传多样性最低;群体间遗传分化系数(Fst)为-0.009 34～0.193 55（平均值0.099 09）,基因流（Nm）>1;分子方差分析（AMOVA）显示,群体内遗传变异为90.09%,群体间遗传变异为9.91%,6个群体间的Nei’s遗传距离为0.003～0.009。研究表明,钱塘江三角鲂群体遗传多样性较高,群体间基因交流较多,部分群体间存在中等遗传分化,自然捕捞与养殖群体间不存在显著的遗传分化。
关键词： 三角鲂 钱塘江 COⅠ基因 群体 遗传分化 遗传多样性
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多纹钱蝶鱼胚胎发育及胚后发育观察
《中国水产科学 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为建立多纹钱蝶鱼（Selenotocamultifasciata）人工繁育技术,为其生产性育苗工艺和管理技术的建立提供科学依据,采用人工养殖的多纹钱蝶鱼经人工催产获得受精卵,对胚胎及胚后发育阶段进行了连续观察、拍照和测量。结果显示,水温（27.0±1.0）℃,盐度32条件下,多纹钱蝶鱼从受精卵发育,经18 h 20 min出膜,受精后3 h进入囊胚期, 4.5 h进入原肠期, 8 h进入胚体形成期, 8.5 h进入器官形成期,器官形成顺序为视囊期、尾泡形成期、肌节期、脑泡期、耳囊期、尾芽期、尾鳍期、晶体形成期、耳石形成期, 16.5 h出现心跳, 17.5 h出现肌肉效应, 18.5 h完成出膜。多纹钱蝶鱼胚后发育分为仔鱼期、稚鱼期和幼鱼期,初孵仔鱼全长1.350～1.655 mm;水温26℃下,出膜后2 d卵黄囊完全消失;出膜后3 d仔鱼开口,口裂0.265～0.280 mm;出膜后15 d,鱼体体色加深,进入稚鱼期;19 d,胸鳍发育完全; 23 d,背鳍发育完全; 29 d,尾鳍、臀鳍发育完全; 33 d,鱼身上鳞片基本长出,身体不再透明,发育至幼鱼期,此时全长15.625～15.647 mm,体长12.013～12.234 mm,体重0.045～0.059 g,心跳150～159次/min。
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一株新型大口黑鲈双RNA病毒巢式RT-PCR检测方法的建立及应用
《水产学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为有效预防大口黑鲈双RNA病毒（largemouth bass birnavirus, LBBV）,实验针对LBBV保守基因VP1设计特异性引物,构建重组质粒pMD-LBBV-VP1,通过优化PCR反应条件,提高检测方法的灵敏度和特异性,建立了大口黑鲈双RNA病毒的巢式RTPCR检测方法,并采用该方法对实验室2017—2020年收集的304株样本进行检测。结果显示,巢氏引物F1/R1、F2/R2最佳工作浓度均为4×10-12 mol,最佳退火温度分别为64.1℃和61.5℃,当巢氏RT-PCR扩增35个循环时,可以检测质粒最低浓度为4.15个/μL拷贝数,最低模拟样品浓度为102 PFU/mL,与第1轮PCR相比,灵敏度均提高了10 000倍,同时检测9种不同病毒,仅LBBV出现明亮特异性条带,在304个样品中,第1轮PCR检出阳性样品14株,检出率为4.60%,巢式RT-PCR检出阳性样品28株,检出率为9.21%;本实验建立的巢式RT-PCR检测方法灵敏度高且特异性好,可用于LBBV的早期检测及防控。
关键词： 大口黑鲈 双RNA病毒 巢式RT-PCR 检测方法
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锦鲤microRNA-137系统进化、靶基因验证及表达分析
《水产学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为了探究microRNA-137（miR-137）与锦鲤体色形成的关系,实验对已报道的14种鱼类miR-137前体序列（precursor miR-137, pre-miR-137）进行比对,利用最大似然估计法（Maximum Likelihood Estimate, MLE）构建系统进化树,同时荧光定量PCR （quantitative realtime PCR, qRT-PCR）分析其在体色发生阶段和不同组织中的相对表达水平,并预测其靶基因,随后对靶基因进行GO和KEGG分析,最后通过荧光素酶实验验证miR-137-3p与靶基因的靶向关系,并分析miR-137-3p与靶基因mRNA的表达变化。结果显示,锦鲤与鲤的pre-miR-137序列相似度最高,且pre-miR-137序列在所有鱼类中具有较高的保守性。对miR-137靶基因进行GO和KEGG分析,多个靶基因富集在色素沉积、色素细胞分化等信号通路。定量结果显示,锦鲤出膜后11 d（day post hatching, dph） miR-137-3p表达量达到最高,随后显著降低;miR-137-3p在锦鲤不同组织中均有表达,在眼和肌肉中表达量较高,在皮肤和鳍条等色素细胞存在的组织中也有较高表达,且白色组织表达量显著高于红色组织。荧光素酶实验结果显示,miR-137-3p可结合在mitfa 3′-UTR上并抑制其表达,但对sprb并无显著抑制作用;miR-137-3p与mitfa和sprb在不同发育阶段存在显著负相关,但在组织中不存在相关性。本研究发现,miR-137在鱼类进化过程中高度保守,与锦鲤体色形成具有一定的相关性,且可靶向调控mitfa参与体色的形成,以上结果为进一步探讨miR-137在锦鲤体色形成中的作用提供基础数据。
关键词： 锦鲤 miRNA-137 进化 表达 靶基因 体色
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大菱鲆体重和体尺性状联合GWAS分析
《渔业科学进展 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为了揭示大菱鲆（Scophthalmus maximus）体重和体尺性状的分子遗传机制,探寻用于改良目标性状的分子标记及候选基因,本研究以大菱鲆育种群体为研究对象,分别测量其体重、体长、体宽和尾柄宽性状的表型值,利用简化基因组测序技术（2b-RAD）获得相应基因型数据,进行全基因组关联研究（Genome-wide association study, GWAS）,筛选与大菱鲆体重和体尺性状显著关联的数量性状核苷酸（Quantitative trait nucleotides, QTNs）遗传位点。结果显示,以多性状线性混合模型（mv LMM）对体重–体长和体长–体宽–尾柄宽2个性状组合进行多性状GWAS分析,分别检测到9个和2个一因多效QTNs;以单一性状线性混合模型（LMM）对各个性状进行GWAS分析,在体重性状中检测到4个与之显著关联的QTNs,在体长和体宽性状中各检测到1个QTN,而在尾柄宽性状中则没有检测到显著的遗传位点。比较2种模型的结果,发现mvLMM相较于LMM能够检测到更多QTNs,且检测到的QTNs为更具生物学意义的一因多效QTNs。本研究首次利用mvLMM和LMM对大菱鲆体重和体尺性状进行联合GWAS分析,共筛选到17个显著的QTNs,其中,有4个QTNs被重复检测到。以这些检测到的QTNs为探针,在大菱鲆全基因组上找到了距离其最近的12个候选基因,它们可能是影响大菱鲆体重和体尺性状的重要候选标记和功能基因,本研究为大菱鲆体重和体尺性状的分子标记辅助选育提供了理论素材和参考。
关键词： 大菱鲆 体重和体尺性状 全基因组关联分析 多性状线性混合模型
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