科研产出
16SrDNA克隆文库方法分析两纯系鸡回肠及盲肠黏膜细菌的组成
《畜牧兽医学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：以1日龄纯系的优质肉鸡A系(♂,A组)和惠阳胡须鸡(♂,B组)为试验动物,研究比较两纯系鸡28日龄回肠与盲肠黏膜菌群的组成及多样性。于第28日龄分别从2组中采集鸡2个肠段并提取黏膜细菌基因组DNA,应用16S rDNA基因序列技术,建立2个肠段黏膜细菌16S rDNA V3区的随机克隆文库。回肠文库分析发现,A组文库有86个序列共产生6个OTUs()perational taxonomic units),其已知序列主要属于肠球菌属、乳杆菌属、粪球菌属及梭菌属类序列,而B组文库有97个序列共产生2个OTUs,主要属于梭菌类序列;盲肠文库分析发现,A组文库有93个序列共产生44个OTUs,其优势菌群是未分类瘤胃球菌属(18.28%)、粪球菌属(13.98%)、拟杆菌属(10.75%)、Blautia(10.75%)及未分类毛螺菌属(7.53%);B组文库有97个序列共产生42个OTUs,其优势菌群是普拉梭杆菌属(17.53%)、粪球菌属(11.34%)、拟杆菌属(9.28%)及未分类瘤胃球菌属(8.25%);2组盲肠文库中其他菌属的数量存在较大差异,且未发现与大肠杆菌相关的序列。优质肉鸡A系和惠阳胡须鸡28日龄回肠与盲肠黏膜细菌的组成差异明显,尤其是瘤胃球菌属与产丁酸菌的组成比例,这种差异可能是宿主遗传的影响所致。
关键词： 优质肉鸡A系 惠阳胡须鸡 肠道黏膜微生物丛 16S rDNA克隆文库
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节瓜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的克隆及比对
《植物资源与环境学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：对8个节瓜(Benincasa hispida var.chieh-qua How)品系基因组DNA中的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列进行扩增,并对品系A39FA的29个克隆产物的核苷酸序列及翻译的氨基酸序列的系统进化和同源性进行了分析,还对29条氨基酸序列进行了比对。扩增结果表明:8个节瓜品系的基因组DNA中均包含长度约260 bp的逆转录酶核苷酸片段;从品系A39FA中获得的29条Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列(CqRt1至CqRt29)的长度为247~267 bp,同源率为46.2%~98.1%,而它们的氨基酸序列同源率为26.7%~98.8%。序列分析结果表明:节瓜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列中碱基A、T、G和C的数量分别为65~96、47~92、45~74和32~49,所有序列均富含碱基A和T,AT/GC比为1.35~2.33;缺失突变是造成节瓜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列长度差异的主要因素,在序列长度和碱基组成方面的明显差异表明节瓜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列具有高度异质性。翻译后的氨基酸序列中有21条序列存在终止密码子突变、12条序列存在移框突变,表明Ty1-copia类逆转座子是节瓜基因组内序列重组的热点。通过聚类分析可将29个逆转录酶核苷酸序列分为5个家族(Family),分别包括16、4、4、4和1条序列,其中Family 1可能是具有转座活性的逆转座子家族,但存在转录活性的逆转录酶序列仅占全部序列数量的20.69%。将每一家族中的1~2条序列与其他15种植物的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的氨基酸序列进行比对,显示出较高的同源性。研究结果表明:节瓜与其他植物的Ty1-copia类逆转座子可能有相同起源,而且Ty1-copia类逆转座子可在不同类群间横向传递。
关键词： 节瓜 Ty1-copia类逆转座子 逆转录酶 序列分析 同源性 系统发育
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一年生辣椒(Cpsicum annuum L.)与中华辣椒(Cpsicum chinense Jacquin)DNA甲基化多样性分析
《分子植物育种 》 2014 CSCD
摘要：本研究调查了一年生辣椒和中华辣椒种的DNA甲基化多样性。选取了24个一年生辣椒栽培种和6个中华辣椒栽培种作为研究对象,采用MSAP(methylation-sensitive amplification polymorphism)技术对其基因组CCGG位点的甲基化多样性进行了分析。结果表明,从63对MSAP引物中筛选出5对重复性好、条带清晰的引物对,对30份辣椒种质基因组DNA进行MSAP扩增,得到939条带谱,其中多态性条带937个,多态性比例高达99.79%。DNA甲基化模式分析表明,类型Ⅰ为非甲基化带型(3721),类型Ⅱ为半甲基化带型(3152),类型Ⅲ为全甲基化带型(3839),辣椒甲基化模式主要以全甲基化为主,一年生辣椒(Capsicum annuum L.)和中华辣椒(Capsicum chinense Jacquin)甲基化条带平均分别为319和217,其扩增位点的甲基化率分别77.24%和63.64%,差异达极显著水平。基于相似性系数的UPGMA法聚类分析,在0.68相似水平可以将30个种质分为3个类,第1类:No.10~No.13和No.15共5个种质,其中No.10为一年生辣椒,其它4个为中华辣椒;第2类:No.2~No.9、No.14、No.16~No.30,其中No.14和No.17为中华辣椒;第3类:只有No.1,为一年生辣椒。应用MSAP未能将一年生辣椒和中华辣椒区分开来,表明辣椒表观遗传十分丰富。Nei's基因多态性指数(h)和Shannon信息指数(I)在2个栽培种中分别为0.204 0和0.329 8、0.186 4和0.297 5,一年生辣椒的表观遗传多样性稍高于中华辣椒。DNA甲基化多样性作为标志遗传多样性的一种信号源,本研究结果为深入探讨辣椒种群分化及物种进化奠定了基础。
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β-葡聚糖在水产动物营养生理中的作用研究进展
《广东农业科学 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：β-葡聚糖(β-glucan)作为一种免疫刺激剂,表现出广泛的免疫学生物活性。有关研究表明,β-葡聚糖能够促进鱼虾的生长,提高抗氧化酶活性、有效清除体内的自由基,增强免疫相关酶活性、促进免疫球蛋白的合成、激活补体系统及产生杀菌物质提高动物的免疫力,提高某些免疫相关酶基因的表达水平,增强动物的抗感染能力,是目前水产养殖中研究最为深入、应用广泛的一种免疫刺激剂,对集约化规模化养殖条件下提高动物的抗氧化应激和免疫能力具有良好的作用,展现出广阔的应用前景和价值。对β-葡聚糖提高水产动物生长性能、抗氧化和免疫能力及抗感染水平等方面的研究进展进行综述。
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不同产地瓠瓜品种ITS序列的遗传多样性分析
《植物资源与环境学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：对国产29个瓠瓜〔Lagenaria siceraria(Molina)Standl.〕品种的ITS序列进行了扩增及测序,并结合引自GenBank的国产9个瓠瓜品种以及国外6个瓠瓜品种和3个同属种类的ITS序列,对它们的ITS序列长度和GC含量以及变异位点进行比较,在此基础上构建系统发育树并对47个样本间的遗传关系进行研究。结果显示:供试47个样本的ITS序列均由ITS1、5.8S rDNA及ITS2组成,各样本间的ITS序列长度、GC含量以及变异位点差异明显。国产38个瓠瓜品种的ITS序列(包括ITS1、5.8S rDNA及ITS2)长度为619~627 bp、GC含量为58.00%~63.32%;国外9个样本的ITS序列长度为591~626 bp,GC含量为54.17%~63.26%。序列比对结果显示:国产38个瓠瓜品种的ITS序列同源率为84.6%~100.0%,包含221个变异位点;其中,来源于山东的品种‘砧木2’(‘Zhenmu No.2’)的ITS序列包含的变异位点最多,与其他品种间的同源率也最低。在系统发育树上,国产38个瓠瓜品种可分为3个分支,来源于山东的品种‘砧木2’和来源于河南的品种‘西瓜砧木1’(‘Xiguazhenmu No.1’)各自聚为第1和第2分支;其余36个品种聚为第3分支。而供试的47个样本则可分为2个分支和5个亚组,第1分支可分为2个亚组,包括国产品种‘砧木2’和产自日本的2个品种;第2分支包含的44个样本则进一步分为3个亚组,国产品种‘西瓜砧木1’和产自法国的品种‘白花瓠瓜’(‘White-flowered gourd’)各自聚为第1和第2亚组,其余的42个样本聚为第3亚组。研究结果表明:供试的不同产地瓠瓜品种间存在丰富的遗传变异和地理分化现象,其ITS序列差异与地理分布有一定关系。
关键词： 瓠瓜 ITS序列 变异位点 同源性 遗传分化 系统发育
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盐生植物海马齿SpCBL10基因的克隆及结构预测
《分子植物育种 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：本研究以盐生植物海马齿总RNA为模板,采用RT-PCR和RACE技术,获得海马齿SpCBL10基因。生物信息学分析表明:海马齿SpCBL10基因全长1 575bp,其中CDS序列长度为759 bp,编码252个氨基酸,含有4个典型的结合钙离子的结构域,即EF手臂;SpCBL10蛋白的理论分子量为28.92 kD,等电点为4.74,是一种亲水性的稳定蛋白;该基因编码的蛋白含有一个跨膜区;其蛋白质二级结构中,α-螺旋占52.38%,β-折叠占7.54%,无规则卷曲占32.54%;同源性比对发现它与拟南芥CBL家族中的AtCBL10的相似性最高,达到66.15%,推测其在功能上与AtCBL10类似。本研究结果可为进一步研究SpCBL10基因的功能以及研究海马齿耐盐SOS途径提供理论参考。
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