科研产出
榴莲蜜基因组DNA提取方法比较及SCoT反应体系的优化
《分子植物育种 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：本研究以榴莲蜜(Artocarpus integer(Thunb.)Merr.)品种‘多异1号’嫩叶为试材,通过比较5种CTAB法,提取到高质量的榴莲蜜基因组DNA,利用正交设计L25(56)探究了Mg~(2+)、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物及模板DNA用量对榴莲蜜SCoT-PCR反应的影响,在此基础上对退火温度进行了优化,建立了SCoT反应体系。结果表明:使用含有4%β-巯基乙醇和12.5 mmol/L硼砂的2%CTAB提取缓冲液,两次抽提后用1/2体积无水乙醇和与上清等体积的4 mol/L LiCl沉淀RNA,能够提取到高质量的基因组DNA;优化后的20μL榴莲蜜SCoT-PCR反应体系含有Mg~(2+) 2 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、Taq DNA聚合酶1 U、引物0.375 mol/L、模板DNA 10 ng,最适退火温度48.2℃。该体系可以为榴莲蜜遗传多样性分析、基因定位等提供技术支持。
全文链接
请求原文
基于RNA-Seq的莲雾密码子偏好性分析
《分子植物育种 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：本研究以莲雾转录组中筛选出50 360条Unigene为数据来源,应用编写的perl脚本、CUSP和SPSS软件对序列进行了密码子偏好性分析以及多元统计分析。结果表明,莲雾转录组数据中的17 723条高置信蛋白编码基因CDS序列的平均总GC含量为49.47%,同义密码子第三位出现G或C的频率为50.91%,比出现A或T的频率高,有效密码子数(ENC)取值介于23.7~61.0,平均为58.4;确定了16个莲雾最优密码子,其中15个密码子以A/T结尾,仅有1个以G结尾,说明莲雾最优密码子偏爱以A/T结尾。通过和17种植物的密码子使用频率进行比较,发现RSCU值相对于GC3s含量是评估植物进化关系一个更好的参数。同时我们还确定了20个氨基酸密码子双联密码子的序列情况。本研究结果对指导莲雾基因改造,遗传转化,新基因的发现、功能基因表达调控研究,蛋白质结构和功能预测、以及与其他物种的比较基因组学研究和分子标记育种等基因工程问题具有一定的参考价值。
全文链接
请求原文
菠萝MADS-box基因家族的生物信息学分析
《基因组学与应用生物学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：MADS-box转录因子是植物生长发育过程的重要调控因子。为了解菠萝MADS-box转录因子的序列特征和分类情况,本研究采用生物信息学方法,对菠萝全基因组的MADS-box进行序列分析,包括菠萝MADS-box转录因子的数量、外显子和内含子组成情况、编码蛋白的基本特性及系统进化树的分析。结果表明,菠萝基因组中有40个MADS-box转录因子,且基因结构分析表明8个菠萝MADS-box基因符合植物MADS-box基因的典型结构,具有6个内含子和7个外显子;27个菠萝MADS-box转录因子编码氨基酸在200~300个之间,其中最小的Ac MADS40仅有104个氨基酸组成,最大的Ac MADS08由436个氨基酸组成;40个MADS-box蛋白中有31个偏碱性,4个显酸性,5个呈中性;二级结构分析结果表明,6个MADS-box蛋白无规卷曲所占比例最高,Ac MADS02α-螺旋和无规卷曲都为25个,β-转角为5个;其余33个菠萝MADS-box蛋白均以α-螺旋所占比例最高;亚细胞定位预测结果表明,大多数MADS-box蛋白定位于细胞核,其他零星分布于其他细胞器;保守基序查找分析表明,包含基序1和基序2的MADS-box蛋白所占比率均在85%以上,说明基序1和基序2是菠萝MADS-box蛋白中的重要保守基序;系统进化树分析表明,属于Ⅰ型的菠萝MADS-box基因有14个,属于Ⅱ型的菠萝MADS-box基因有26个,且可细分为11个亚组,除了FLC和AGL15这两个亚组中没有菠萝MADS-box的成员,其他9个亚组均有菠萝MADS-box基因的分布。
关键词： 菠萝 MADS-box 生物信息学 序列特征 系统进化树
全文链接
请求原文
光照对荔枝果实着色和花色素苷生物合成影响的分子机制研究
《园艺学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：以‘桂味’荔枝为试材,花后45 d用双层牛皮纸对整个果穗进行完全遮光处理,14 d后(采收前7 d)解除遮光,比较遮光和解除遮光处理果皮着色以及花色素苷生物合成途径中LcUFGT等8个结构基因和调控基因LcMYB表达的变化,探索光照调控荔枝果实花色素苷合成和着色的分子机制。研究发现:遮光处理显著抑制了果皮花色素苷的合成,延缓了果实的正常着色;解除遮光后,花色素苷迅速合成,7 d后呈现荔枝典型的红色;遮光处理抑制了花色素苷生物合成途径中LcUFGT等8个重要结构基因和调控基因LcMYB1的正常表达;解除遮光后LcUFGT和LcMYB1等基因的表达量均有不同程度的增加,其中LcDFR、LcF3'H、LcUFGT和LcMYB1的表达与花色素苷含量的变化规律基本一致。可见,荔枝果皮花色素苷积累和着色依赖光照,花色素苷生物合成途径中主要的结构基因和转录因子都可以被光诱导,其中LcDFR、LcF3'H、LcUFGT和LcMYB1可能在光照调控荔枝果实色泽形成中扮演更为重要的角色。
关键词： 荔枝 光照 着色 花色素苷 结构基因 MYB转录因子
全文链接
请求原文
高温胁迫下茄子qRT-PCR内参基因筛选及稳定性分析
《园艺学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为筛选茄子(Solanum melongena L.)高温胁迫下稳定表达的内参基因,以不同茄子品系(种)为研究对象,利用实时荧光定量PCR技术对来自茄子高温胁迫转录组数据库8个候选内参基因(SmEF1a、SmEF2、Sm40s RPS29、Sm60s RPL24、SmTRX、SmCK I、SmDAHPS I、SmUCP)和SmActin在不同试验情况下进行表达检测,并结合GeNorm、Norm Finder、Best Keeper和ReFinder软件综合评价9个内参基因的表达稳定性。结果表明,在茄子热敏品系05-1和耐热品系05-4经高温处理不同时间的样品和不同组织样品以及10个耐热性不同的茄子品系(种)中,9个内参基因的表达丰度及稳定性存在差异;茄子热敏品系05-1和耐热品系05-4高温胁迫处理不同时间样品中表达稳定性最好的是SmEF1a和SmUCP;其不同组织中表达水平最稳定的是SmEF1a和SmTRX;高温胁迫下不同茄子品系(种)中以SmTRX和SmEF2的表达稳定性最好。综合来看,SmEF1a和SmTRX在所有茄子试验样品中的表达稳定性最好,而SmActin和SmCK I的表达稳定性较差。
关键词： 茄子 高温胁迫 内参基因 表达稳定性 实时荧光定量PCR
全文链接
请求原文
香蕉中噻唑膦残留分析方法研究
《热带作物学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：建立香蕉中噻唑膦的超高效液相色谱串联质谱法(UPLC-MS/MS)残留测定方法。香蕉样品采用乙腈提取和PSA+C18分散固相萃取,采用UPLC-MS/MS多反应模式(MRM)进行分析测定。噻唑膦在添加水平0.01~1.0 mg/kg范围内,平均回收率为94.3%~107.5%,相对标准偏差为7.9%~11.0%。采用外标法定量,方法的检出限为0.001μg/m L,定量限为0.005 mg/kg。该方法简单、准确、重复性较好且节省溶剂,适用于香蕉中噻唑膦的残留检测。
关键词： 噻唑膦 香蕉 分散固相萃取 超高效液相色谱串联质谱法 残留
全文链接
请求原文
六斑月瓢虫取食不同猎物的生长发育及繁殖特性
《生态学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：六斑月瓢虫是我国农、林、蔬、果生态系统中重要的捕食性天敌之一,能够捕食多种猎物。不同的猎物质量显著影响捕食性天敌昆虫的活力。为评价取食不同猎物对六斑月瓢虫生物学特性的影响,采用实验种群生命表的方法研究了六斑月瓢虫取食烟粉虱、豆蚜和玉米蚜的生长发育和繁殖情况。结果表明,六斑月瓢虫取食烟粉虱的世代发育历期最长、存活率、雌虫寿命和繁殖力最低,分别为(26.15±0.42)d、(52.95±1.98)%、(53.73±2.17)d和(157.67±16.79)粒/雌;而取食玉米蚜的世代发育历期最短、存活率、雌虫寿命和繁殖力最高,分别为(16.40±0.49)d、(77.93±0.76)%、(68.33±4.31)d和(798.77±44.29)粒/雌;取食豆蚜时的各生物学参数介于两者之间。种群生命表参数也反映了类似的结果,取食烟粉虱的净增殖率(R0)、内禀增长率(r_m)和周限增长率(λ)最低分别为71.216、0.092和1.094,世代平均历期(T)最长为47.377d;取食玉米蚜的R_0、r_m和λ最高分别为290.281、0.131和1.143,T最短为42.428d。总体来看,相对于烟粉虱而言,蚜虫更适合六斑月瓢虫的生长发育和繁殖,且玉米蚜优于豆蚜。
全文链接
请求原文
钾对厚皮甜瓜生长发育及光合特性的影响
《热带作物学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：以‘翠甜’厚皮甜瓜为试材,采用盆栽砂培试验,设6个钾水平,即K1~K6(0、3、6、9、12、15 mmol/L),研究其对厚皮甜瓜生长发育及光合特性的影响。结果表明:施钾能够促进甜瓜生长发育,增加地上部鲜重和干重,增加叶绿素含量及净光合速率,提升果实形态指标及糖度,降低中心糖与边糖糖度差值,在农艺学性状、净光合速率和中心糖糖度上,以K2处理最高;叶绿素a和总叶绿素随着钾素水平的增加而增加;在单果重和果实形态上,K2、K3和K4处理较好,且差异不显著,单果鲜重为K4>K2>K3;K2、K3和K4处理间中心糖和边糖糖度差异均不显著,中心糖糖度以K2处理最高。综合来看,钾素水平为3 mmol/L(K2)的处理效果最好。
全文链接
请求原文
