科研产出
菠萝密码子使用偏好性分析
《果树学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析菠萝[Ananas comosus(L.)Merr.]基因组中编码CDS的密码子使用偏好性,为了解菠萝的密码子偏好性规律和进行分子改造提供理论基础,促进植物密码子的生物学研究。【方法】以菠萝基因组测序获得的30 663条编码CDS为数据来源,应用编写的perl脚本、CUSP和SPSS软件对序列进行密码子偏好性、双联密码子以及多元统计分析。【结果】菠萝基因组数据中的编码CDS的GC平均含量为52.09%,密码子中第3位核苷酸的GC平均含量(GC3S)为55.41%,有效密码子数(ENC)取值为58.41,绝大部分的ENC值都大于35。另外,确定了34种高频密码子(RSCU值大于1),其中仅有8个以AT碱基结尾,25个以CG碱基结尾;同时确定了31种高优越表达密码子。结合以上结果,最后筛选出13种最优密码子。通过与17种植物的GC3S和密码子使用频率进行比较,发现双子叶植物与单子叶植物的GC3S和密码子使用频率存在较大差异,而菠萝较其他单子叶植物与双子叶植物更接近。【结论】从不同基因、基因内不同位置以及不同植物3个层面对菠萝密码子的偏好性进行分析,筛选出13种菠萝最优密码子。该研究有助于更好地了解菠萝密码子偏好性规律,促进植物密码子生物学研究及基因组数据在非模式植物中的潜在应用。
关键词： 菠萝 基因组 密码子偏好性 GC ENC RSCU 最优密码子
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象耳豆根结线虫纤维素结合蛋白Me-cbp-1基因的克隆与功能分析
《农业生物技术学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：纤维素结合蛋白(cellulose binding protein,CBP)是植物寄生线虫在侵染过程中分泌的重要效应蛋白。为了获得象耳豆根结线虫(Meloidogyne enterolobii)纤维素结合蛋白序列信息、并分析其在线虫寄生致病过程中的功能地位,本研究利用已构建的象耳豆根结线虫二龄幼虫转录组数据库,结合cDNA末端快速扩增(rapid-amplification of cDNA ends,RACE)技术克隆了象耳豆根结线虫纤维素结合蛋白基因Me-cbp-1(Gen Bank登录号:KU350655)cDNA全长序列。生物信息学分析表明,Me-cbp-1 cDNA全长809bp,其5'末端和3'末端的非编码区长度分别为43和139 bp,以及含有1个长度为627 bp的完整开放阅读框(ORF),推导编码208个氨基酸。预测蛋白Me-cbp-1含有起分泌功能的信号肽结构和纤维素结合结构域。同源性搜索比对分析表明,象耳豆根结线虫Me-cbp-1与南方根结线虫(M.incognita)、爪哇根结线虫(M.javanica)及花生根结线虫(M.arenaria)纤维素结合蛋白具有88%~91%的相似性。原位杂交显示,Mecbp-1在象耳豆根结线虫二龄幼虫的亚腹食道腺细胞特异表达。利用RNAi技术对象耳豆根结线虫二龄幼虫的Me-cbp-1基因进行沉默后,导致二龄幼虫的侵染率显著降低。本实验结果初步证明了纤维素结合蛋白在象耳豆根结线虫二龄幼虫侵染寄主的过程中具有重要地位,推测其通过与细胞壁主要成分纤维素结合,促进植物细胞壁的软化和降解,从而有利于提高线虫的侵染和寄生能力。本研究为揭示象耳豆根结线虫分子寄生致病机制以及进一步研究防治根结线虫病害新策略提供了理论依据。
关键词： 象耳豆根结线虫 纤维素结合蛋白 原位杂交 RNA干扰
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不同生物质炭对海南砖红壤性质及N_2O排放的影响
《土壤 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：制备温度及原料影响生物质炭性质,相应影响土壤N_2O的排放,为筛选适宜于海南砖红壤的生物质炭类型,利用室内培养试验,研究海南4种禾本科植物材料在300、500、700℃三种热解温度下制备的12种生物质炭对砖红壤性质及N_2O排放的影响。结果表明:所有生物质炭都能显著增加土壤有机碳、有效磷和速效钾含量,提高土壤pH,加速土壤硝化作用进行;300℃下制备的生物质炭能促进土壤N_2O排放,500℃和700℃下制备的生物质炭则对土壤N_2O排放有明显抑制作用;所有材料中,高温热解温度下由甘蔗渣制备的生物质炭处理土壤的N_2O排放量最低,可能由于甘蔗榨糖后剩下的甘蔗渣以较稳定的碳水化合物为主。综合分析,推荐500℃热解温度下生成的甘蔗渣生物质炭实施土壤改良,更有利于N_2O减排。
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海南省芒果可可球二孢对多菌灵的敏感性及菌株适合度研究
《农药学学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：针对中国海南地区芒果蒂腐病致病菌可可球二孢对多菌灵的抗性水平及菌株的适合度进行了研究。采用区分剂量法,测定了2016年从海南省芒果园采集、分离的90株可可球二孢对多菌灵的敏感性,并对抗性及敏感菌株在菌丝生长、致病力、渗透压及相对渗率等方面进行了比较。结果表明:海南地区芒果可可球二孢对多菌灵的抗性频率为65.56%,且以高抗菌株为主(8个中抗菌株,51个高抗菌株);该病菌对芒果危害甚大,其中具强致病力的菌株达65株,占72.22%。高抗菌株的菌丝生长优于敏感菌株,存在极显著差异(P<0.01);抗性菌株的致病力与敏感菌株无显著差异;敏感菌株的相对渗率高于抗性菌株,表明敏感菌株细胞膜的透性较高,胞内电解质渗出较多。研究表明,海南地区芒果可可球二孢对多菌灵的抗性水平较高,且抗性菌株适合度高于敏感菌株,易形成优势群体。
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两种猪肌内脂肪含量测定方法的比较及其与胴体和肉质性状的相关性分析
《南京农业大学学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：[目的]比较分析甲醇-氯仿法(JL法)和索氏抽提法(SS法)提取肌内脂肪的效果,研究猪肌内脂肪含量与胴体质量、背膘厚、嫩度的相关与回归关系。[方法]屠宰测定了279头四元(皮杜长大)商品猪的胴体质量、背膘厚和肉嫩度,并利用索氏抽提法测定肌内脂肪含量,对肌内脂肪含量与其他性状指标进行相关性、回归及通径分析。随机挑选92份肉样,采用甲醇-氯仿法重新测定肌内脂肪含量,并与相应样本的索氏抽提法所得数据进行相关性与差异显著性分析。[结果]索氏抽提法测得的肌内脂肪湿含量和干含量之间极显著相关(r=0.996,P<0.01);甲醇-氯仿法和索氏抽提法测得的肌内脂肪湿含量之间也极显著相关(r=0.909,P<0.01),但索氏抽提法测得的肌内脂肪含量极显著高于甲醇-氯仿法(P<0.01)。相关性分析结果显示,肌内脂肪含量与胴体质量、背膘厚及嫩度均存在极显著相关性(P<0.01),背膘厚与胴体质量也存在极显著相关性(r=0.629,P<0.01),但肌肉嫩度与胴体质量、背膘厚无显著相关性(P>0.05)。回归分析结果表明:背膘厚和肉嫩度与肌内脂肪含量存在极显著的回归关系(P<0.01),而胴体质量与肌内脂肪含量不存在显著的回归关系(P>0.05)。[结论]索氏抽提法和甲醇-氯仿法均可作为有效测定肌内脂肪含量的方法,但在比较品种或个体间肌内脂肪含量差异时,需要使用同一种测定方法获得的数据;肌内脂肪含量与背膘厚、嫩度均存在显著相关和回归关系。
关键词： 肌内脂肪 甲醇-氯仿法 索氏抽提法 相关性分析 回归分析
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分散固相萃取-超高效液相色谱串联质谱法测定土壤中噻唑磷残留
《农药 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：[目的]建立土壤中噻唑磷的超高效液相色谱串联质谱法(UPLC-MS/MS)进行残留测定。[方法]土壤样品采用乙腈提取和PSA+C_(18)分散固相萃取,采用UPLC-MS/MS多反应模式(MRM)进行分析测定。[结果]噻唑磷添加水平在0.1~10μg范围内,平均回收率为94.3%~107.5%,相对标准偏差为7.9%~11.0%。采用外标法定量,方法的检出限为0.001 mg/L,定量限为0.005 mg/kg。[结论]该方法简单、准确、重复性较好且节省溶剂,适用于土壤环境中噻唑磷的残留检测。
关键词： 噻唑磷 土壤 分散固相萃取 超高效液相色谱串联质谱法 残留
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海南山栏稻稻米品质分析及优异资源筛选
《植物遗传资源学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：海南山栏稻是一类地方特有旱稻,是海南中部山区少数民族赖以生存的粮食作物,已深深植根于黎苗文化之中。本研究检测了17个海南山栏稻品种的稻米品质,并对品质性状进行了差异性和相关性分析,对供测品种进行了聚类分析。结果表明,大部分山栏稻米的糊化温度较低,属于中、软胶稠度和低直链淀粉含量稻米,蒸煮和食味品质较好。17个海南山栏稻品种被初步分成2类,其中2个品种被鉴定为优质糯米,而且发现了独特的黑尾山栏稻,其稻米加工品质、外观品质和食味品质较好。本研究为海南山栏稻品种改良和育种利用提供了参考。
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榴莲蜜基因组DNA提取方法比较及SCoT反应体系的优化
《分子植物育种 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：本研究以榴莲蜜(Artocarpus integer(Thunb.)Merr.)品种‘多异1号’嫩叶为试材,通过比较5种CTAB法,提取到高质量的榴莲蜜基因组DNA,利用正交设计L25(56)探究了Mg~(2+)、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物及模板DNA用量对榴莲蜜SCoT-PCR反应的影响,在此基础上对退火温度进行了优化,建立了SCoT反应体系。结果表明:使用含有4%β-巯基乙醇和12.5 mmol/L硼砂的2%CTAB提取缓冲液,两次抽提后用1/2体积无水乙醇和与上清等体积的4 mol/L LiCl沉淀RNA,能够提取到高质量的基因组DNA;优化后的20μL榴莲蜜SCoT-PCR反应体系含有Mg~(2+) 2 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、Taq DNA聚合酶1 U、引物0.375 mol/L、模板DNA 10 ng,最适退火温度48.2℃。该体系可以为榴莲蜜遗传多样性分析、基因定位等提供技术支持。
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基于RNA-Seq的莲雾密码子偏好性分析
《分子植物育种 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：本研究以莲雾转录组中筛选出50 360条Unigene为数据来源,应用编写的perl脚本、CUSP和SPSS软件对序列进行了密码子偏好性分析以及多元统计分析。结果表明,莲雾转录组数据中的17 723条高置信蛋白编码基因CDS序列的平均总GC含量为49.47%,同义密码子第三位出现G或C的频率为50.91%,比出现A或T的频率高,有效密码子数(ENC)取值介于23.7~61.0,平均为58.4;确定了16个莲雾最优密码子,其中15个密码子以A/T结尾,仅有1个以G结尾,说明莲雾最优密码子偏爱以A/T结尾。通过和17种植物的密码子使用频率进行比较,发现RSCU值相对于GC3s含量是评估植物进化关系一个更好的参数。同时我们还确定了20个氨基酸密码子双联密码子的序列情况。本研究结果对指导莲雾基因改造,遗传转化,新基因的发现、功能基因表达调控研究,蛋白质结构和功能预测、以及与其他物种的比较基因组学研究和分子标记育种等基因工程问题具有一定的参考价值。
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菠萝MADS-box基因家族的生物信息学分析
《基因组学与应用生物学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：MADS-box转录因子是植物生长发育过程的重要调控因子。为了解菠萝MADS-box转录因子的序列特征和分类情况,本研究采用生物信息学方法,对菠萝全基因组的MADS-box进行序列分析,包括菠萝MADS-box转录因子的数量、外显子和内含子组成情况、编码蛋白的基本特性及系统进化树的分析。结果表明,菠萝基因组中有40个MADS-box转录因子,且基因结构分析表明8个菠萝MADS-box基因符合植物MADS-box基因的典型结构,具有6个内含子和7个外显子;27个菠萝MADS-box转录因子编码氨基酸在200~300个之间,其中最小的Ac MADS40仅有104个氨基酸组成,最大的Ac MADS08由436个氨基酸组成;40个MADS-box蛋白中有31个偏碱性,4个显酸性,5个呈中性;二级结构分析结果表明,6个MADS-box蛋白无规卷曲所占比例最高,Ac MADS02α-螺旋和无规卷曲都为25个,β-转角为5个;其余33个菠萝MADS-box蛋白均以α-螺旋所占比例最高;亚细胞定位预测结果表明,大多数MADS-box蛋白定位于细胞核,其他零星分布于其他细胞器;保守基序查找分析表明,包含基序1和基序2的MADS-box蛋白所占比率均在85%以上,说明基序1和基序2是菠萝MADS-box蛋白中的重要保守基序;系统进化树分析表明,属于Ⅰ型的菠萝MADS-box基因有14个,属于Ⅱ型的菠萝MADS-box基因有26个,且可细分为11个亚组,除了FLC和AGL15这两个亚组中没有菠萝MADS-box的成员,其他9个亚组均有菠萝MADS-box基因的分布。
关键词： 菠萝 MADS-box 生物信息学 序列特征 系统进化树
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