南方白甲鱼转录组学性别差异及其生物学功能解析

王元浩; 王培培; 肖珊; 张盛; 唐永凯; 黄彩林; 张志新; 郑海涛; 曹寿雄; 廖愚; 《南方农业学报 》 2025 北大核心 CSCD

摘要：[目的]通过转录组学分析揭示南方白甲鱼雌、雄性个体在基因表达及代谢通路上的差异,为其种质资源的开发利用提供参考依据.[方法]基于Illumina HiseqTM 2000平台对南方白甲鱼雌、雄性成鱼的脑组织、肝脏和肌肉混合样本进行转录组测序,经质量控制及拼接组装获得的Unigenes通过Nr、COG/KOG、KEGG和SWISS-PROT数据库进行功能注释,然后以FDR≤0.05、|log2 Fold Change|≥1且P<0.05为标准筛选出差异表达基因(DEGs),利用GO功能注释和KEGG代谢通路富集分析DEGs的生物学功能及代谢通路,并通过MISA筛选SSR位点.[结果]6个南方白甲鱼组织样本转录组测序共获得59628条Unigenes,N50长度为2209 bp,在Nr、COG/KOG、KEGG和SWISS-PROT数据库中的注释成功率为55.82%,以Nr数据库的Unigenes注释数量最多(33201条),且71.06%的注释基因与斑马鱼同源.雌、雄性南方白甲鱼转录组间共存在3116个DEGs,其中2254个呈下调表达、862个呈上调表达,上调表达排名前10的DEGs中有4个未被注释且仅在雄性南方白甲鱼样本中表达;DEGs主要注释到单生物过程、代谢过程、细胞过程、结合及催化活性等GO功能条目;KEGG代谢通路富集分析发现有614个DEGs富集在158条KEGG代谢通路上,涉及脂质代谢、氨基酸代谢、碳水化合物代谢、内分泌系统、运输与分解代谢等类别.从南方白甲鱼转录组共筛选出12012个SSR位点,其中以二核苷酸型SSR位点最多(6740个),占56.11%.[结论]雌、雄性南方白甲鱼转录组中存在大量DEGs,导致雌、雄性个体在不同营养物质代谢的利用能力和策略上存在明显差异,且雌性南方白甲鱼的代谢能力可能更强.因此,后续开展南方白甲鱼生长性能、抗逆性等研究时应将性别代谢差异纳入变量因素.

关键词： 南方白甲鱼 差异表达基因(DEGs) 性别差异 代谢通路 SSR位点

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菌、藻调控对凡纳滨对虾养殖水体及其生长影响

孟高; 陈钊; 常志强; 王玉贞; 李健; 《水产科学 》 2025 北大核心

摘要：为了探究有益藻和有益菌对凡纳滨对虾养殖的影响，将有益藻（牟氏角毛藻、普通小球藻、三角褐指藻）、有益菌（多黏芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、短芽孢杆菌）和菌藻1∶1混合培养液分别添加到凡纳滨对虾养殖水体中至终密度皆为4.0×10⁴ 个/mL,以不添加变量的养殖组为对照组，每组设3个平行，监测各处理组中水质理化指标，高通量测序分析水环境微生物群落多样性，观测对虾生长特性和免疫相关酶活性。试验结果显示：与对照组相比，3个处理组均能有效去除凡纳滨对虾养殖水体中的氨氮、亚硝态氮、活性磷酸盐，降低化学需氧量，其中有益藻组对氨氮、亚硝态氮、化学需氧量去除效果最佳，试验结束时，相对于对照组分别降低了95.61%、65.86%、51.45%,有益菌组对活性磷酸盐去除效果最佳，相比对照组降低了89.94%;高通量测序分析显示，各处理组绝对优势菌群均为红杆菌科，红杆菌科相对丰度分别为：有益菌组43.30%、有益藻组48.66%、菌藻混合组73.03%、对照组66.87%,有益菌和有益藻的添加皆提高了微生物群落的多样性、改变了微生物群落结构（P<0.05）,有益菌的添加显著提升了有益菌组芽孢杆菌科的相对丰度（3.69%）;3个处理组均不同程度地提高了凡纳滨对虾超氧化物歧化酶和溶菌酶活性，促进了凡纳滨对虾的生长，其中有益藻组和有益菌组对凡纳滨对虾酶活性和生长的促进作用显著高于菌藻混合组和对照组（P<0.05）。综上所述，添加有益藻和有益菌可改善凡纳滨对虾养殖水环境，促进凡纳滨对虾生长，是凡纳滨对虾养殖环境调控的可行方案。

关键词： 凡纳滨对虾 水质调控 菌藻 免疫相关酶 高通量测序

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双酚A对3种绿藻的生理毒性效应及其生物降解特性

周涛; 李捷; 张威振; 曾艳艺; 高原; 杨婉玲; 麦永湛; 刘乾甫; 胡采芹; 王超; 李海燕; 《生态毒理学报 》 2025 北大核心 CSCD

摘要：以小球藻、斜生四链藻、四尾栅藻3种绿藻门微藻为对象，通过16 d暴露实验，探究其在不同浓度双酚A(bisphenol A, BPA; 0～40 mg·L^-1)胁迫下的生理响应及生物降解特性，旨在为藻类修复技术提供理论支撑。结果表明，BPA对3种藻类生物量呈现典型“低浓度促进-高浓度抑制”的剂量效应：≤5 mg·L^-1低浓度促进生长，≥20 mg·L^-1高浓度抑制生长(四尾栅藻、斜生四链藻在20～40 mg·L^-1暴露下死亡，小球藻在20～40 mg·L^-1显著被抑制生长)。光合色素（叶绿素a、b及类胡萝卜素）含量变化与生物量趋势一致，其中0.5～5 mg·L^-1时四尾栅藻光合色素合成显著促进。7 d与16 d暴露周期中，超氧化物歧化酶（SOD）、过氧化氢酶（CAT）活性及丙二醛（MDA）水平总体下降，通过自我保护机制重建活性氧（ROS）氧化平衡；种间抗氧化机制差异显著：小球藻和四尾栅藻在≥10 mg·L^-1时SOD、CAT活性被显著抑制，斜生四链藻通过酶活性调节维持氧化代谢平衡。BPA降解效率呈浓度依赖性差异：20～40 mg·L^-1时小球藻16 d降解率77.4%（优势显著）;10 mg·L^-1时斜生四链藻降解率80%（更优）;≤5 mg·L^-1时四尾栅藻降解率88.4%（最佳）。因此针对不同浓度BPA污染，需针对性选择藻种，高浓度污染水体优选小球藻，低浓度污染条件下四尾栅藻修复潜力更优。

关键词： BPA 绿藻 生理响应 降解效率

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石斑鱼循环水系统中有机碳迁移和能量转化规律研究

李慧辰; 曲莹莎; 尹振东; 崔鸿武; 崔正国; 曲克明; 李皓; 《大连海洋大学学报 》 2025 北大核心 CSCD

摘要：为研究循环水养殖系统(recirculating aquaculture system, RAS)中有机碳迁移转化机制问题，构建了一套基于固定床生物膜反应器(fixed bed bioreactor, FBBR)的循环水养殖系统，以珍珠龙胆石斑鱼(Epinephelus lanceolatus♂×Epinephelus fuscoguttatus♀)为养殖对象，采集系统各单元各要素样本用于有机碳和能量分析，并分析有机碳和能量在系统内的收支与迁移转化过程。结果表明：饲料是RAS能量和有机碳的最主要输入来源，其中有机碳有58.41%被鱼体同化，固体废物和气体排放的碳占总输出的22.16%和14.75%;饲料中77.99%的能量被鱼体同化，4.82%由固体废物输出；有机碳浓度在空间上随着各单元正向流动逐级递减，生物滤池的有机碳去除效果最明显(P<0.05);系统总有机碳浓度在时间上表现出短周期内波动平衡，长周期内随着时间的推移少量积累，各单元有机碳含量由差异明显转变为浓度相近。研究表明，循环水养殖系统具有较高的碳和能量利用效率，本研究从有机碳和能量转化角度揭示了RAS的高产性能，为阐明循环水养殖系统中物质循环和能量流动提供了科学依据。

关键词： 石斑鱼 循环水养殖系统 碳收支 能量转化

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基于SNP标记的3个翘嘴鲌养殖群体的遗传多样性和选择特征分析

赵华丽; 方弟安; 李天佑; 袁佳; 刘宝兴; 徐东坡; 《中国水产科学 》 2025 北大核心 CSCD

摘要：为评估翘嘴鲌（Culter alburnus）养殖群体的遗传多样性水平,探究其遗传特征及群体间的遗传差异,本研究利用全基因组重测序（whole genome resequencing,WGS）技术,对来自浙江太湖（TH）、广东清远（QY）和江苏扬州（YZ）的三个养殖群体进行了深入分析。总共鉴定出23156699个高质量SNPs位点,变异位点主要位于基因间区域（47.21%）和内含子区域（39.37%）。三个群体的SNP标记均显示为低度多态性（PIC<0.25）。太湖、清远、扬州三个群体的近交系数分别为0.1923、0.0631和-0.0280。群体结构分析表明,太湖群体形成了独特聚类,而清远和扬州群体在遗传上则受到了多个祖先群体的影响。连锁不平衡衰减图（LD decay）显示,太湖群体的衰减距离最大,衰减速度最慢。遗传分化指数(F_st)和基因流（N_m）均表明,太湖群体与其他群体间存在明显分化。通过基于遗传分化系数(F_st)和核苷酸多样性（π）的选择性扫描分析,以清远和扬州群体为参考群体,在太湖群体中分别鉴定到了572个和602个选择性基因,涉及能量代谢、氧化应激和炎症反应等生物过程,最多选择的区域位于chr 3和chr 7上。综上所述,三个翘嘴鲌养殖群体的遗传多样性水平均较低,其中太湖群体的遗传多样性最低,受到较强的人工选择和近亲繁殖影响,清远群体与扬州群体则显示出频繁的基因交流。本研究可为翘嘴鲌养殖群体的育种选育及种质资源的保护和管理提供基础数据。

关键词： 翘嘴鲌 全基因组重测序 育种选择 遗传变异 选择性清除

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黄海细纹狮子鱼卵巢发育的组织学观察

陈云龙; 张发扬; 单秀娟; 滕广亮; 戴芳群; 金显仕; 《渔业科学进展 》 2025 北大核心 CSCD

摘要：细纹狮子鱼(Liparis tanakae)是黄海生态系统的优势种，阐明其种群繁殖规律是揭示优势种维持机制的前提，也是深层次认知生态系统结构与功能的基础。本研究采用石蜡切片和HE染色法对其卵巢各发育阶段进行了组织学研究，详细描述了各时相卵母细胞的形态和卵径分布特征，并分析了细纹狮子鱼的产卵类型。结果显示，细纹狮子鱼卵母细胞发育可分为6个时相：第Ⅰ时相为刚从卵原细胞分化为卵母细胞时期，细胞体积小，细胞核占比较大；第Ⅱ时相，卵母细胞增大，细胞周围出现一层滤泡膜；第Ⅲ时相，细胞质中出现卵黄泡，卵黄开始积累，质膜与滤泡膜间出现放射带，滤泡膜变为2层；第Ⅳ时相，卵黄开始填充卵黄泡，并逐渐结成卵黄小板；第Ⅴ时相，卵黄融成单一大卵黄球，细胞核溶解；第Ⅵ时相卵母细胞退化，卵黄被逐渐吸收形成空腔，部分卵母细胞形态不规则。细纹狮子鱼卵巢发育分为6期，不同发育时期各时相卵母细胞的组成比例不同。其中，Ⅳ期卵巢内卵径呈单峰分布，优势粒径组为0.90～1.00 mm，主要由第Ⅲ、Ⅳ时相卵母细胞组成；Ⅴ期卵巢内卵径呈单峰分布，优势粒径组为1.70～1.80 mm，主要由第Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ时相卵母细胞组成，第Ⅴ时相卵母细胞增多；Ⅵ期卵巢卵径呈双峰分布，优势粒径组主要集中于0.50～0.70 mm和1.10～1.20 mm，处于小生长期的卵母细胞和退化的卵母细胞比例较高。细纹狮子鱼卵巢发育模式为非同步型分批产卵类型。研究结果揭示了细纹狮子鱼卵巢发育规律及特点，为进一步丰富该鱼的繁殖生态学提供了理论参考。

关键词： 细纹狮子鱼 组织切片 卵巢发育 卵径

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拟穴青蟹苗种MCRV检测方法的建立及应用

金夕雨; 李守湖; 吴越; 储旭; 王伟; 房文红; 李新苍; 《渔业科学进展 》 2025 北大核心 CSCD

摘要：拟穴青蟹(Scylla paramamosain)苗种携带青蟹呼肠孤病毒(mud crab reovirus, MCRV)对后期养殖具有极大的风险。培育无MCRV苗种，从源头切断该病毒传播，已成为当前青蟹养殖中亟待解决的关键问题。为提高青蟹苗种MCRV检测的灵敏度，本研究选择MCRV的高表达基因VP11作为靶标，设计特异性引物和Taq Man-MGB探针，以标准品质粒和RNA为模板，通过优化反应体系和反应程序，建立了一种适用于青蟹苗种MCRV检测的TaqMan-MGB实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法，能够实现对MCRV的精准检测。在1×10～8～1×10～1 copies/μL标准品质粒(或dsRNA)的范围内，起始模板浓度对数值与反应循环数间呈良好的线性关系，最低可精确定量10 copies标准品质粒或dsRNA/反应的样品，该方法最低理论检测极限为2.5 copies标准品质粒/反应。以青蟹双顺反子病毒(MCDV)、对虾白斑综合症病毒(WSSV)、十足目虹彩病毒(DIV1)、虾肝肠胞虫(EHP)及副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)核酸样品作为模板进行检测，均未产生特异性扩增。该检测方法对质粒和dsRNA样品的变异系数分别为1.40%和0.98%，具有良好的重复性和稳定性。使用该方法和SYBR Green qRT-PCR方法同时对14份不同发育阶段蚤状幼体进行检测，MCRV检出率分别为78.57%和57.14%。上述研究结果表明，该检测方法稳定性好、特异性强、灵敏性更高，适用于不同发育阶段青蟹幼体的MCRV检测，可为无MCRV青蟹苗种的生产提供关键技术支撑。

关键词： 拟穴青蟹 MCRV 检测方法 TaqMan qRT-PCR 苗种

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大口黑鲈源迟缓爱德华氏菌的分离鉴定及中草药的体外抑菌试验

冯灿; 张祺毅; 陈菲; 高迎莉; 黄宇帆; 张清欢; 陈会娟; 英娜; 《中国预防兽医学报 》 2025 北大核心 CSCD

摘要：为明确扬州地区桂鲈渔业养殖场大口黑鲈(Micropterus salmoides)出现体表、鳍条充血、肛门红肿等症状的致病原,并了解该病原的药敏性及对中草药的敏感性等,本研究从患病大口黑鲈的肝脏和肠道组织中分离纯化得到一株优势菌,命名为LYG221206株.采用LB固体培养基培养后可见圆形、光滑、湿润且边缘整齐的灰白色(略透明)的菌落;经革兰氏染色后镜检可见,分离菌为革兰氏阴性菌,呈短直杆状;经生理生化鉴定结果显示分离菌与标准株迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)特征一致;通过16S rRNA基因的PCR扩增并测序进一步表明分离菌为E.tarda.对分离菌株LYG221206进行回归试验,结果显示,该分离菌对大口黑鲈的半数致死量(LD50)为1.54×106 cfu/mL,且可从感染组患病大口黑鲈肝脏及肠道组织再次分离获得与分离菌形态及生化特征一致的菌株.通过Kirby-Bauer(K-B)纸片扩散法检测分离菌株LYG221206对9种抗菌药物的敏感性,结果显示,分离菌对强力霉素、恩诺沙星等6种药物敏感,对新霉素和复方新诺明2种药物中介,对多粘菌素1种药物耐药.采用平板打孔法测定分离菌LYG221206对36种单方中草药及10种复方中草药的敏感性,根据2倍稀释法测定中草药对分离菌的最小抑菌浓度(MIC)和最小杀菌浓度(MBC).结果显示,分离菌对五味子、五倍子和石榴皮极度敏感,对丁香等6种中草药高度敏感,对赤芍等5种中草药中度敏感,对夏枯草等22种中草药不敏感.测得五味子与五倍子对分离菌的MIC和MBC分别为15.63 mg/mL和31.25 mg/mL;诃子等7种中草药对分离菌的MIC为31.25 mg/mL~62.50 mg/mL,MBC为62.50 mg/mL~125.00 mg/mL;黄连对分离菌的MIC为125.00 mg/mL,MBC为125.00 mg/mL~500.00 mg/mL;赤芍等中草药对该菌的MIC和MBC均为250.00 mg/mL~500.00 mg/mL.在复方中草药中,分离菌对五味子+石榴皮等5种复方中草药极度敏感;对五味子+丁香等5种复方中草药高度敏感.测得五味子+石榴皮等5种复方中草药对分离菌的MIC为15.63 mg/mL,MBC为31.25 mg/mL~62.50 mg/mL;五味子+地榆等5种复方中草药对该菌的MIC为31.25 mg/mL~62.50 mg/mL,MBC为62.50 mg/mL~125.00 mg/mL;上述结果首次表明单方中草药中五味子、五倍子的抑菌效果最好,复方中草药中五味子+石榴皮、五味子+五倍子、五味子+地榆、石榴皮+五倍子、石榴皮+丁香复方中草药的抑菌效果较好.本研究为E.tarda引起的大口黑鲈疾病的防控提供参考依据.

关键词： 大口黑鲈 迟缓爱德华氏菌 分离与鉴定 抑菌中草药

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聚己二酸/对苯二甲酸丁二醇酯/淀粉复合单丝的人工海水降解性能

邱昱; 石建高; 余雯雯; 徐俊杰; 谢程兰; 王猛; 张健; 《水产学报 》 2025 北大核心 CSCD

摘要：[目的]开发可降解渔具材料,解决因丢失渔具造成的"幽灵捕捞"和"白色污染"问题. [方法]采用熔融纺丝法制备聚己二酸/对苯二甲酸丁二醇酯(PBAT)单丝与PBAT/淀粉复合单丝,对比分析不同人工海水降解环境下降解5 个月的PBAT单丝和PBAT/淀粉复合单丝热力学、力学性能、降解失重率、红外光谱和微观结构变化,研究温度、pH对 2 种单丝的降解性能的影响. [结果]淀粉的添加使得PBAT复合单丝熔融温度(Tm)移向低温,结晶熔融峰变宽;力学性能上,单丝的断裂强力有一定的下降,但结节强力保持率由 63.86%提升到 97.56%,初始阶段 2 种单丝样品的红外光谱吸收峰出现的位置与纯PBAT及纯淀粉特征峰位置大体一致.PBAT/淀粉复合单丝的降解性能显著提升,平均失重率增量达 4.92%,单丝表面的侵蚀加重,孔洞裂隙加深;从环境因素角度分析,2 种材料的降解速率随着降解环境中温度升高与pH的增加而加快. [结论]本实验系统研究了PBAT/淀粉复合单丝的海水降解性能,可为渔用降解新材料的开发与应用提供参考.

关键词： 渔具材料 聚己二酸/对苯二甲酸丁二醇酯(PBAT) 淀粉 海水降解 失重率线性拟合 微观形貌

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沉水植物在淡水甲壳类养殖中的应用

王梽明; 傅洪拓; 蒋速飞; 乔慧; 张文宜; 金舒博; 熊贻伟; 周永康; 徐明嘉; 徐明; 《科学养鱼 》 2025 北大核心

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