科研产出
基于多种模型的湖羊生长繁殖性状GWAS分析
《中国畜牧杂志 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：本研究旨在通过全基因组关联分析挖掘与湖羊生长繁殖性状相关的候选基因及位点.采集鄂尔多斯某畜牧场的湖羊个体共 396 只的血样提取DNA,基于Ovine illumina 50K SNP(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)芯片进行基因分型,根据湖羊个体记录的初生重、断乳重、断奶前平均日增重、产羔数的表型信息,通过R包GAPIT的GLM、MLM、FarmCPU、BLINK模型进行全基因组关联分析.根据得到的显著SNP基于Oar_v4.0 绵羊参考基因组进行基因注释,通过GO-KEGG富集分析、NCBI数据库以及查找文献对候选基因进行功能注释.结果发现,对于绵羊的复杂数量性状多位点模型FarmCPU、BLINK比单位点模型GLM、MLM具有更高的检测灵敏度.多个模型共挖掘到 2 个基因组潜在显著水平与初生重相关的SNP位点,2 个基因组潜在显著水平与断乳重相关的SNP位点,8 个基因组潜在显著水平与平均日增重相关的SNP位点,8 个基因组显著水平与平均日增重相关的SNP位点,1 个基因组潜在显著水平与产羔数相关的SNP位点,同时上述位点均达到染色体显著水平.经过基因注释,共发现 26 个可能与湖羊生长繁殖性状相关的候选基因,富集分析和功能注释发现RASA2、KCNJ 6、ESPL1、ITGB7、CSAD、PCDH15、CNN1、ZNF704、ELOF1、ZNF653可作为影响湖羊平均日增重的候选基因,ST6GAL2可作为影响湖羊初生重的候选基因,LAMA2可作为影响湖羊产羔数的候选基因.本研究发现了部分与湖羊生长繁殖相关的候选基因,对提升湖羊品种选育效率、优化绵羊品种选育方法提供了一定的理论依据和技术支撑.
关键词： 全基因组关联分析 湖羊 生长性状 繁殖性状 候选基因
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内蒙古地区不同畜种的特色生鲜奶营养成分比较研究
《动物营养学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：本试验旨在比较研究内蒙古地区骆驼奶、马奶、山羊奶和绵羊奶等特色生鲜奶的常规营养成分、氨基酸和脂肪酸等营养指标的差异。采集骆驼奶26批次、马奶10批次、山羊奶11批次、绵羊奶5批次；其中，骆驼奶采自阿拉善盟、巴彦淖尔和锡林郭勒，马奶采自锡林郭勒盟和巴彦淖尔，山羊奶采自呼和浩特、乌兰察布和巴彦淖尔，绵羊奶采自呼和浩特、乌兰察布和巴彦淖尔。测定骆驼奶、马奶、山羊奶和绵羊奶中常规营养成分、氨基酸和脂肪酸含量。结果表明：1)绵羊奶中乳脂率、乳蛋白率、总固体含量和非脂乳固体含量显著高于骆驼奶、马奶和山羊奶(P<0.05)，马奶中乳糖含量显著高于山羊奶、骆驼奶和绵羊奶(P<0.05)。2)绵羊奶中8种必需氨基酸(EAA)、9种非必需氨基酸(NEAA)及总氨基酸(TAA)含量均显著高于骆驼奶、马奶和山羊奶(P<0.05)。山羊奶中EAA/TAA和EAA/NEAA显著高于马奶和绵羊奶(P<0.05)。马奶中鲜味类氨基酸(谷氨酸、天冬氨酸)含量显著高于骆驼奶、山羊奶和绵羊奶(P<0.05)，山羊奶中甜味类氨基酸(甘氨酸、丙氨酸、丝氨酸、脯氨酸)含量显著高于骆驼奶和马奶(P<0.05)，绵羊奶中芳香族类氨基酸(酪氨酸、苯丙氨酸)含量显著高于马奶(P<0.05)。3)山羊奶和绵羊奶中短链脂肪酸(SCFA)含量显著高于骆驼奶和马奶(P<0.05)，山羊奶中中链脂肪酸(MCFA)含量显著高于骆驼奶、马奶和绵羊奶(P<0.05)，骆驼奶中长链脂肪酸(LCFA)含量显著高于马奶、山羊奶和绵羊奶(P<0.05)。山羊奶中饱和脂肪酸(SFA)含量显著高于骆驼奶、马奶和绵羊奶(P<0.05)，马奶中不饱和脂肪酸(UFA)和多不饱和脂肪酸(PUFA)含量显著高于骆驼奶、山羊奶和绵羊奶(P<0.05)，绵羊奶中单不饱和脂肪酸(MUFA)含量显著高于马奶和山羊奶(P<0.05)，马奶中PUFA/SFA及n-3 PUFA和n-6 PUFA含量显著高于骆驼奶、山羊奶和绵羊奶(P<0.05)。绵羊奶中共轭亚油酸(CLA)含量最高显著高于骆驼奶、马奶和山羊奶(P<0.05)。由此可见，绵羊奶中常规营养成分和CLA含量高于骆驼奶、马奶和山羊奶，山羊奶和绵羊奶中SCFA含量高于骆驼奶和马奶，马奶中n-3 PUFA和n-6 PUFA含量高于骆驼奶、山羊奶和绵羊奶，骆驼奶中LCFA含量高于马奶、山羊奶和绵羊奶。
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胡葱黄条病毒内蒙古洋葱分离物全基因组扩增与序列分析
《植物病理学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：通过高通量测序技术对内蒙古洋葱产区病毒发生情况进行鉴定，测序结果鉴定到胡葱黄条病毒(shallot yellow stripe virus, SYSV)的发生，随后对161份样品中进行RT-PCR的鉴定，34份样品SYSV阳性，发病率高达21.1%;采用RT-PCR结合RACE技术获得了2条SYSV全基因组序列，分别命名为21IM＿AlCe1和21IM＿AlCe2。序列分析结果表明，21IM＿AlCe1和21IM＿AlCe2长度均为10 429 nt,均编码一个含3401 aa的多聚蛋白。21IM＿AlCe1和21IM＿AlCe2在氨基酸水平上一致率为99.4%;21IM＿AlCe1和21IM＿AlCe2均与吉林分离物SPVG-JL的氨基酸一致率最高(95.8%和95.7%)。重组分析发现，21IM＿AlCe2具有1个显著重组事件。基于完整CP基因的核苷酸序列构建的系统发育进化树结果显示分组与分离物的地理起源存在密切相关性，所有分离物在进化上可以聚为3个亚组。基于完整CP基因的遗传多样性分析结果表明，SYSV分离物受地理分布的影响表现出较高的遗传多样性，其中中国和越南SYSV分离物最为显著。
关键词： 胡葱黄条病毒 全基因组序列 系统发育分析 重组分析 遗传多样性分析
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网络药理学视角下绿原酸对绵羊羔羊肠道腹泻的作用机制
《动物营养学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：本研究基于网络药理学和分子对接技术，旨在探讨绿原酸缓解绵羊羔羊肠道腹泻的作用机制。通过TCMSP、Pharm Mapper和Swiss Target Prediction数据库预测绿原酸的潜在作用靶点，并结合Gene Card和OMIM数据库获取绵羊羔羊腹泻的潜在靶点。构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并筛选出核心靶点。并通过DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析，揭示绿原酸调控的生物过程和信号通路，之后采用分子对接技术检验对接稳定性。结果表明：绿原酸缓解绵羊羔羊肠道腹泻的潜在靶点有36个，其中核心靶点有7个，分别是半胱天冬酶3、连环蛋白β1、表皮生长因子受体、前类淀粉蛋白质、原癌基因酪氨酸蛋白激酶、G1/S-特定周期蛋白D1和肝细胞生长因子受体。GO功能和KEGG通路富集分析显示，靶点作用包括25种生物过程、11种细胞组分和8种分子功能，富集到黏着斑、黏附连接、丝裂原活化蛋白激酶、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B等39条通路。分子对接结果显示，绿原酸与核心靶点的结合能均小于-25.12 kJ/mol。综上所述，本研究筛选了绿原酸缓解绵羊羔羊腹泻的作用靶点和相关通路，为绿原酸作为绿色饲料添加剂在绵羊羔羊养殖中的应用提供了理论依据。
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赤霉素浸种对盐胁迫下甜菜种子萌发及幼苗生理特性的影响
《种子 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：为探究赤霉素浸种对盐胁迫下甜菜种子萌发及生理特性的影响,阐明赤霉素浸种对盐胁迫的缓解作用,以甜菜单胚品种‘NT39106’为试验材料,研究不同浓度梯度(0、50、100、150、200、250、300 mmol/L NaCl)盐胁迫对甜菜种子萌发的影响。结果表明,随着盐浓度增加,甜菜种子发芽率、发芽势及萌发指数均呈下降趋势,而萌发抑制率呈上升趋势,尤其盐胁迫浓度≥150 mmol/L时,各项萌发指标均显著降低。赤霉素浸种能有效缓解150 mmol/L和200 mmol/L盐胁迫对甜菜种子萌发的抑制作用,显著提高了种子发芽率、发芽势、发芽指数及活力指数。盐胁迫下甜菜幼苗生长受到明显抑制,经过赤霉素浸种明显促进了甜菜幼苗的生长,增加了幼苗鲜重和平均芽长,同时提高了甜菜中超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)活性和可溶性糖含量,降低了丙二醛(MDA)的积累。综上所述,赤霉素浸种可能通过增强抗氧化酶活性、清除活性氧以及累积可溶性糖,从而提高了甜菜种子萌发期抵御盐胁迫的能力,促进种子萌发和幼苗生长。
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水分胁迫下燕麦萌发期转录组分析
《西北农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：为了解燕麦在萌发期应对水分胁迫的调控机理,以前期筛选的强抗旱性燕麦品种为试验材料,利用转录组测序技术研究水分胁迫对燕麦萌发期基因表达的影响.通过Illumina高通量测序平台对PEG-6000溶液模拟干旱条件下的燕麦萌发期种子进行转录组测序,以等体积蒸馏水处理为对照,结果6个样品共获得78.12 Gb的Clean data,各样品的Q30均大于92.8%.共鉴定到12 405个差异表达基因,其中,上调表达基因有5 110个,下调表达基因有7 295个;上调表达基因显著富集在丙烷、哌啶和吡啶生物碱的生物合成及类黄酮生物合成途径上,而下调表达基因显著富集在苯丙烷的生物合成和光合作用途径上;筛选出6个功能基因(分别是查尔酮合成酶、β葡萄糖苷酶、细胞色素P450、胚胎发育晚期富含蛋白、水通道蛋白和海藻糖-6-磷酸磷酸酶编码基因)与4个调节基因(WRKY、MYB、bZIP和NAC),作为进一步验证的候选基因.
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光周期调控对不同颜色类型绒山羊产绒性能及毛囊形态的影响
《中国畜牧杂志 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：本研究旨在探究光周期调控对不同颜色类型绒山羊产绒性能及毛囊生长发育的影响,以期为绒山羊养殖环境的优化和羊绒产量的提高提供科学依据.选取 2 岁不同颜色类型(红山羊n=24、白山羊n=30、黑山羊n=10)绒山羊成年母羊共 64 只,将每个颜色类型绒山羊随机平分为试验组(短光照,09:00-17:00)和对照组(自然光照)进行试验.在次级毛囊的不同生长期(休止期、兴盛前期、兴盛期、退行期)采集皮肤组织样本,测定绒性状和毛囊形态.结果显示:在自然光照条件下,白山羊的次级毛囊深度和毛乳头宽度高于红山羊和黑山羊(P<0.05),产绒量高于红山羊(P<0.05).而在短光照条件下,所有颜色类型绒山羊试验组次级毛囊深度和毛乳头宽度及S/P值高于对照组(P<0.05).与对照组相比,红山羊试验组产绒量增幅为47.37%(P<0.05),绒长度增幅为 39.16%(P<0.05);白山羊试验组产绒量增幅为 18.09%(P<0.05),绒长度增幅为26.90%(P<0.05);黑山羊试验组产绒量增幅为40.68%(P<0.05),绒长度增幅为23.74%(P<0.05).而 3 个颜色类型绒山羊绒细度和绒强度均无显著变化.由以上可知,短光照通过影响不同颜色类型绒山羊毛囊数量和生长周期及绒长度进而显著提高产绒量,不影响绒毛的基本性状.
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甜菜连作对土壤理化性质和微生物群落的影响
《植物营养与肥料学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]本研究旨在探讨甜菜连作对根际与非根际土壤理化性质、微生物群落结构及网络复杂性的影响,揭示甜菜连作障碍的发生机制,为缓解连作障碍提供理论依据.[方法]以种植1年和连续种植8年的甜菜根际与非根际土壤为研究对象,采用pH计测定土壤pH,运用流动分析仪和元素分析仪等方法测定土壤理化性质,通过高通量测序分析微生物群落结构,并结合共现网络分析和冗余分析(RDA)探究微生物群落与环境因子的关系.[结果]连作显著降低了真菌群落的Chao1、ACE和Shannon指数(P<0.05),而细菌与病原真菌多样性未发生显著变化.非连作条件中,根际土壤真菌群落的Chao1、ACE和Shannon指数均显著高于非根际土壤,而连作后,非根际土壤真菌多样性指数显著高于根际土壤.连作处理下,非根际和根际土壤中潜在病原真菌如镰刀菌属(Fusarium)相对丰度显著增加,有益真菌如被孢霉属(Mortierella)丰度则显著下降.LEfSe分析显示,织球孢属(Plectosphaerella)和镰刀菌属(Fusarium)等致病菌是连作土壤的关键指示物种.共现网络分析表明,连作导致真菌网络复杂性降低(节点与边数减少),细菌-真菌互作减弱(模块化程度下降).此外,连作土壤中硝态氮和有机碳含量显著降低,RDA分析证实pH值、全氮(TN)、硝态氮(NO3--N)、铵态氮(NH4+-N)和总有机碳(TOC)含量是影响微生物群落的关键环境因子.[结论]甜菜连作通过改变土壤真菌群落结构、提高潜在病原菌相对丰度以及降低微生物网络稳定性,加剧了土传病害的发生.同时,环境因子的显著变化也对微生物群落,尤其是真菌群落产生了重要影响,最终导致连作障碍的发生.
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基于SSR标记的197份谷子遗传多样性分析
《西北农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：通过分析197份谷子种质的遗传多样性,拓展谷子种质创新利用途径,加快育种进程.利用筛选出的12对引物对197份谷子种质进行分子标记试验,分析谷子种质资源遗传多样性、群体结构、遗传分化关系以及亲缘关系.结果表明:谷子种质中共检测到173个等位基因(Na),平均每对引物检测出14.417个;Shannon's多样性指数(I)平均为1.621,其中7对引物达到1.5以上;PIC平均值为0.628,8对引物具有高度多态性(PIC>0.5).分子方差分析(AMOVA)结果表明197份谷子种质的群体间变异为12.0%,群体内变异达88.0%.群体间遗传分化指数为0.034~0.756,均值为0.141.PCoA分析将197份谷子种质分为四大类.第一主成分和第二主成分分别可以解释总变量的23.08%和20.33%.选用的12对引物能很好地反映谷子种质的遗传多样性(PIC>0.5);197份谷子种质群体间存在中等程度的遗传分化(Fst=0.141)和广泛的基因交流(Nm=3.462).
关键词： 谷子 SSR分子标记 遗传多样性 遗传分化 基因流
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马铃薯TIR1基因的电子克隆与生物信息学分析
《分子植物育种 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：植物运输抑制响应蛋白1(transport inhibitor protein 1, TIR1)是一种生长素受体，在生长素信号转导过程中发挥重要作用。目前有关马铃薯生长素受体基因的研究尚未见报道。本研究是从前期工作中获得EST序列，利用NCBI中的BLAST工具，对原始序列进行同源性分析，选择与原始序列相似度最高的一条同源序列。通过电子克隆技术，得到TIR1基因。采用生物信息学方法对基因序列、编码氨基酸、理化性质、跨膜结构域、亲/疏水性、信号肽、磷酸化位点、N-端糖基化位点、高级结构等进行分析。结果表明，TIR1基因cDNA全长1 740 bp，编码580个氨基酸，分子量64.68 kD，理论等电点5.60，亲水性系数0.034，不稳定系数56.67，为不稳定酸性疏水性蛋白，编码蛋白含有59个磷酸化位点，4个N-端糖基化位点，无信号肽、跨膜区域，高级结构主要由α螺旋和无规卷曲序列组成。通过系统进化分析，TIR1蛋白与烟草、番茄和拟南芥等植物中的TIR1蛋白同源性较高。亚细胞定位分析，TIR1基因主要位于细胞核，小部分可能位于线粒体。研究结果为马铃薯TIR1基因的试验克隆及功能验证研究提供了理论依据。
关键词： 马铃薯 TIR1 电子克隆 生物信息学 亚细胞定位
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