科研产出
6个野鸭群体的遗传多样性及其与绍兴麻鸭的亲缘关系分析
《农业生物技术学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为了探讨野鸭的遗传多样性和与家鸭的亲缘关系,本研究利用短串联重复序列(short tandem repeat,STR)分型技术对绿头野鸭(Anas platyrhynchos)、西湖野鸭(A.platyrhynchos)、奉化野鸭(A.platyrhynchos)、斑嘴野鸭(A.poecilorhyncha)、针尾野鸭(A.acuta)和赤嘴潜鸭(Netta rufina)6个野鸭群体(共计269只),以及家鸭品种绍兴麻鸭(A.platyrhynchos domestic)60个个体在11个位点上的遗传多样性进行了检测。结果表明,在7个群体中共检测到了141个有效等位基因(effective number of al Ieles,Ne),平均有效等位基因为12.821,期望杂合度(expected heterozygosity,He)为0.856,多态信息含量(polymorplism information content,PIC)为0.845。11个位点均为中高度多态位点,适用于鸭的遗传多样性分析。7个群体的遗传多样性丰富,PIC在0.310~0.960之间。F-统计量分析显示,所有位点的Fst在0.047~0.469之间,平均为0.171,表明群体间的遗传变异较大。Nei氏遗传距离分析及系统发育树显示,绿头野鸭、西湖野鸭、奉化野鸭和绍兴麻鸭遗传距离较近,与赤嘴潜鸭、斑嘴野鸭和针尾野鸭的遗传距离较远,同时这3个群体间的遗传距离也较远,并且赤嘴潜鸭单独聚为一类。此外,绍兴麻鸭与绿头野鸭遗传距离远小于其与斑嘴野鸭的遗传距离,提示绍兴麻鸭起源于绿头野鸭的可能性更大。本研究通过对6个野鸭品种的遗传多样性及与绍兴麻鸭的亲缘关系分析,进一步完善了野鸭与家鸭的遗传结构。
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紫背天葵高通量转录组测序分析
《园艺学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为探讨紫背天葵(Gynura bicolor)花青素等物质合成的遗传基础,采用高通量测序技术(Illumina HiSeq 2500)对其嫩叶进行转录组测序,共获得21 387 624个序列读取片段(reads),将测序数据进行序列组装后,获得33 314个单基因簇(Unigene),其中超过1 kb的7 792个Unigene中共检测到2 387个SSR位点。对所得Unigene进行不同数据库注释,22 048和14 417个Unigene分别在Nr和Swiss Prot数据库有同源比对信息,并发现有29个Unigene与花青素合成相关;Pfam功能注释到13 909个Unigene分为5 198类相关蛋白功能区域,有12个Unigene涉及到花青素合成;GO注释到11 613个Unigene分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类51个功能组,有24个Unigene与花青素合成有关;COG注释到的6 589个Unigene功能系统分为24类,而KOG注释到的13 498个Unigene功能系统分为25类;以KEGG数据库为参考,将4 466个Unigene定位到108个代谢途径分支,其中有47个Unigene与类黄酮生物合成相关。
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雄性不育‘穆阳水蜜'桃花粉小孢子发生观察
《东南园艺 》 2016
摘要：为揭示早熟雄性不育‘穆阳水蜜'桃花粉败育时期,利用石蜡切片技术观察花药结构和小孢子发育情况。结果显示:在药室中不能观察到正常减数分裂形成的四分体细胞,花粉小孢子细胞败育应在花粉小孢子母细胞减数分裂为四分体、花药绒毡层细胞液泡化退化时期。
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基于GPS和GIS的福建省野生牧草品种资源调查方法研究初探
《农业网络信息 》 2016
摘要：应用GIS的地理空间数据的分析处理功能与GPS精确定位,提出了一种基于GIS与GPS集成的福建省野生牧草种质资源的调查方法。通过分析野生牧草采集点的土壤理化性状数据、不同采集点的野生牧草品种主要化学成分,给出了土壤理化性状在空间上的分布差异图和野生牧草主要化学成分分布图,为今后福建省野生牧草种质资源的大规模调查提供可行的方法。
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野生花生Hsp70基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析
《中国油料作物学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：热激蛋白70(heat shock protein 70,Hsp70)是细胞应对高温和其它胁迫环境时所产生的一类分子伴侣类型应激蛋白。本研究以Arachis duranensis和Arachis ipansis基因组数据库为基础,利用生物信息学方法对Hsp70基因家族进行鉴定分析。结果表明,A.duranensis含有34个Hsp70基因成员,A.ipansis含有35个Hsp70基因成员,两者的直系同源基因大部分分布于两套染色体相近的位置。Ad Hsp70和Ai Hsp70基因家族根据亚细胞定位结果可分4种类型,各类型的Hsp70基因结构相对保守。根据系统进化分析Hsp70基因家族可分为ClassⅠ(Hsp70)和ClassⅡ(Hsp110)两个亚家族,其中ClassⅠ亚家族进一步分为3个小家族,同时揭示Hsp70基因家族成员产生于单双子叶分化之前。GO分析预测表明,Ad Hsp70和Ai Hsp70基因家族功能类别完全一致,各功能类别数目比例变化相似。本研究结果有助于了解花生属植物Hsp70基因家族功能,以期为深入研究花生逆境生理过程中的分子调控机理提供基础。
关键词： 野生花生 Hsp70基因家族 生物信息学 系统发育 抗高温
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猪伪狂犬病病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法的建立
《中国畜牧兽医 》 2016 北大核心
摘要：本研究根据猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)的gE基因序列特点,设计特异性实时荧光定量引物,建立基于SYBR GreenⅠ染料的猪PRV实时荧光定量PCR方法。结果表明,建立的实时荧光定量PCR方法检测猪PRVgE基因在7.53×10~1~7.53×10~6拷贝/μL范围内有较好的线性关系;对猪圆环病毒(porcine circovirus2,PCV2)、猪细小病毒(porcine parvovirus,PPV)、副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis)和猪链球菌(Streptococcus susi)核酸均未见阳性扩增信号;从生成的熔解曲线可见,建立的方法仅对猪PRV检测出现单一特异峰,其熔解温度(Tm值)为(92.9±0.1)℃,PCV2、PPV、副猪嗜血杆菌和猪链球菌均未见特异性峰值;建立的实时荧光定量PCR方法的组内和组间变异系数分别为0.31%~1.14%和0.42%~1.74%。以上结果表明,本研究建立的猪PRV实时荧光定量PCR方法敏感性高、特异性强、重复性好,为深入开展猪PRV对宿主致病机制的研究提供检测手段。
关键词： 猪伪狂犬病毒 gE基因 SYBR GreenⅠ 实时荧光定量PCR
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