科研产出
橄榄叶绿体基因组密码子偏好性特征
《福建农林大学学报(自然科学版) 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：利用CodonW程序和EMBOSS在线软件对橄榄叶绿体基因组进行密码子偏好性分析,并研究其密码子偏好性形成的影响因素.结果表明,橄榄叶绿体基因组有效密码子数(ENc)、密码子GC含量(GC)和密码子第3位上的GC含量(GC3s)分别为50.36、0.385和0.305,CGT、CCT和GGT等可作为橄榄叶绿体基因的最优密码子.中性绘图分析、ENc对应分析、偏倚分析和同义密码子相对使用度对应性分析发现,橄榄叶绿体基因组密码子偏好性不是单一因素影响的结果.橄榄叶绿体基因组密码子偏好性较弱,整体上偏好使用A和T,这种偏好性可能受突变压力、自然选择和其他因素的共同作用.
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几种改良措施对酸化茶园土壤理化性质和微生物群落结构的影响
《茶叶科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：茶园土壤酸化是制约茶树可持续生产的重要因素,通过田间小区试验分析比较几种措施对茶园土壤的改良效果,以期为茶园酸化土壤改良提供科学依据.试验设置7个处理:全量化肥(常规施肥,NPK)、全量化肥+10 t?hm-2生物质炭(NPK+BC10)、有机肥替代50%化肥(OM50)、有机肥替代50%化肥+2 t?hm-2生石灰(OM50+Lime)、有机肥替代50%化肥+10 t?hm-2生物质炭(OM50+BC10)、有机肥替代50%化肥+20 t?hm-2生物质炭(OM50+BC20)、有机肥替代50%化肥+40 t?hm-2生物质炭(OM50+BC40).连续施用2年后,对茶园土壤酸度、养分和微生物群落进行测定.与NPK相比,OM50+Lime、OM50+BC20和OM50+BC40处理土壤pH分别显著提高1.10、0.49和0.68,盐基饱和度分别显著提高114.01%、55.92%和58.62%.OM50+BC10、OM50+BC20和OM50+BC40处理的土壤有机碳含量分别比NPK处理显著增加了29.68%、41.04%和59.37%.不同处理对土壤硝态氮含量无显著影响,OM50、OM50+BC20和OM50+BC40处理的铵态氮含量比NPK处理分别显著提高了40.27%、44.77%和41.77%.NPK+BC10、OM50+BC10、OM50+BC20和OM50+BC40处理能显著提高土壤微生物活性、微生物群落物种丰富度、多样性和均一性.OM50+BC10、OM50+BC20和OM50+BC40处理显著降低了真菌/细菌比例,表明这3个处理短期内增加了红壤茶园土壤生态系统稳定性,但OM50+Lime处理的革兰氏阴性菌/革兰氏阳性菌比例显著低于对照处理,表明施用生石灰处理的土壤微生物受到的环境胁迫程度高于其他处理.总之,OM50+Lime、OM50+BC20和OM50+BC40处理对酸化茶园土壤有较好的改良效果,OM50+BC20和OM50+BC40处理对土壤微生物群落性质方面的改良效果更佳.综合考虑改良效应及成本,OM50+BC20为最佳改良方案.
关键词： 茶园土壤 酸化 土壤微生物群落 生物质炭 石灰 有机肥
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70份紫云英种质资源表型多样性及其在豫南地区的结实特征
《草业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：对70份当地和引入紫云英种质资源在豫南地区种植的表型性状和结实特征进行研究,结果表明,供试紫云英均可在豫南地区完成扩繁,19个调查性状的变异系数(CV)介于1.3%~73.2%,其中冠层面积(CV=45.9%~73.2%)、始荚高度(CV=46.0%~52.9%)、生殖分枝数和生殖分枝比率(CV=34.6%~48.4%)、二级分枝数(CV=41.2%~41.3%)、返青期株高(CV=30.2%~39.2%)、种子产量(CV=24.4%~35.7%)变异性较高.信紫1号、XYHY-1等6个当地资源在越冬期和返青期叶片呈现紫红色.种子产量与返青期株高、盛花期株高、越冬期冠层大小、始荚高度、结荚层数、种子千粒重显著正相关;种子千粒重与返青期株高、盛花期株高、越冬期冠层大小、始荚高度、结荚层数、生殖分枝比率显著正相关,与出苗至盛花期天数、全氮和全磷含量显著负相关.引入资源平均种子产量为1015.5 kg·hm-2,当地资源平均种子产量为1096.5 kg·hm-2.与冬油菜和冬小麦相比,大部分紫云英种质资源在豫南地区繁种具有较高的经济效益,适合移栽稻接茬.
关键词： 紫云英;资源评价;繁种能力;豫南地区
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基于GC-Cascade R-CNN的梨叶病斑计数方法
《农业机械学报 》 2022 EI 北大核心 CSCD
摘要：为提高梨叶片病害发生程度诊断的效率和准确性,本文提出基于全局上下文级联R-CNN网络(Global context Cascade R-CNN,GC-Cascade R-CNN)的梨叶病斑计数方法.模型的主干特征提取网络嵌入全局上下文模块(Global context feature model,GC-Model),建立有效的长距离和通道依赖,增强目标特征信息.引人特征金字塔网络(Feature pyramid network,FPN)融合浅层细节特征和深层丰富语义特征.使用ROI Align替换ROI Pooling进行区域特征聚集,增强目标特征表达.最后利用多层级联网络对目标区域进行边框回归和分类,完成病斑计数任务.在梨叶病斑图像测试中,模型的各类病斑平均精确率均值(Mean average precision,mAP)达89.4%,检测单幅图像平均耗时为0.347 s.结果表明,模型能够有效地从梨叶片病害图像中检测出多类病斑目标,尤其对叶片炭疽病斑检测效果提升显著;不同种类梨叶片病害病斑计数值与真实值回归实验决定系数R2均大于0.92,表明模型病斑计数准确率较高.
关键词： 梨树叶片 病斑计数 级联网络 全局上下文特征 注意力机制 小目标检测
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猕猴桃AdMSD1和AdMSD2的克隆及其在果实后熟软化中的表达
《核农学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：锰超氧化物歧化酶(MnSOD)在植物生长发育与衰老及应对逆境胁迫中发挥重要作用.为探究MnSOD基因在猕猴桃果实后熟软化及采后贮藏过程的作用,本研究以米良1号猕猴桃为试材,克隆了2个MnSOD基因,分别命名为AdMSD1和AdMSD2.AdMSD1包含675 bp的开放阅读框(ORF),编码224个氨基酸,登录号为KY471358;AdMSD2包含690 bp的ORF,编码229个氨基酸,登录号为KY471359.生物信息学分析结果表明,AdMSD1和AdMSD2均编码稳定的碱性亲水蛋白,包含保守金属结合域DVWEHAYY、Mn2+金属结合位点和特征氨基酸.AdMSD1和AdMSD2均由6个外显子和5个内含子组成.进化树结果显示,2个蛋白聚在双子叶植物组的不同分支,属于MnSOD家族的不同成员.定量分析结果表明,AdMSD1在叶片的转录水平最高,在花中的转录水平最低;AdMSD2在花中的转录水平最高,在成熟果中的转录水平最低.2个基因在果实后熟软化过程的转录呈动态变化,但均在软化初期上调,软化Ⅰ期和Ⅱ期下调,进入软化Ⅲ期后再次回升.果实中AdMSD1和AdMSD2的转录水平均在低温贮藏过程中下降.AdMSD1在脱落酸处理的第1和第5天表达上调,而AdMSD2在脱落酸处理后表达下调;AdMSD1在赤霉素处理后表达下调,而AdMSD2在赤霉素处理的第1天表达上调,之后下调.研究结果表明,AdMSDs基因参与猕猴桃果实的后熟软化和采后贮藏过程,为进一步研究SOD在猕猴桃果实采后品质调控中的作用机制奠定了基础.
关键词： 猕猴桃 锰超氧化物歧化酶基因 贮藏温度 激素处理 表达模式
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水稻OsSH3P2短肽多克隆抗体的制备和鉴定
《科学通报 》 2022 EI 北大核心 CSCD
摘要：特异性抗体的成功制备是研究蛋白功能的重要环节,目前短肽抗体制备技术在动物中的应用 日益成熟,然而该项技术在植物中的应用甚少.本研究通过分析水稻OsSH3P2蛋白的抗原表位、亲水性以及同源蛋白氨基酸序列,同时利用RoseTTAFold系统进行蛋白模型预测.选取了3条序列特异、亲水性高、具有抗原表位和不同肽链结构的氨基酸序列,通过人工合成短肽抗原、偶联KLH载体蛋白后,免疫新西兰大白兔制备得到相应多克隆抗体.经酶联免疫吸附测定检测获得了3份Anti-OsSH3P2-1#、Anti-OsSH3P2-2#、Anti-OsSH3P2-3#高效价短肽多克隆抗体血清.用免疫印迹(Western blotting)方法对OsSH3P2原核重组蛋白和植株内源的OsSH3P2蛋白进行检测,以进一步确定短肽抗体的特异性.结果显示,由不含α-螺旋和β-折叠结构的肽段作为抗原,免疫制得的Anti-OsSH3P2-1#短肽多克隆抗体能有效识别OsSH3P2蛋白,且不受同源蛋白干扰,说明该抗体具有较高的免疫特异性.OsSH3P2短肽多克隆抗体的成功制备,为进一步挖掘OsSH3P2生物学功能奠定基础,且为植物短肽抗体制备提供新的思路.
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黑番鸭就巢性状差异miRNAs筛选及功能预测
《农业生物技术学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：黑番鸭(Cairna moschata)是优良的瘦肉型肉鸭,耐旱、耐粗饲,在养禽业中具有重要价值和特殊地位;但是就巢性强、繁殖力低,严重制约其产业发展.本研究分别采集就巢期和产蛋期各3只黑番鸭的卵巢组织,以TRIzol法提取卵巢组织总RNA,构建文库并分析2组miRNA的差异表达;随后对miRNA进行靶基因预测,并对靶基因进行GO和KEGG分析;最后通过qPCR验证高通量测序结果的可靠性.结果显示,测序产出的原始数据(raw reads)均超过11099443条,过滤后序列所占比例均高于96.15%,可用于后续分析;经比对鉴定获得344个miRNAs,包括275个已知miRNAs和69个新发现的miRNAs;与产蛋期比较,就巢期黑番鸭卵巢组织中筛选到16个差异miRNA,其中5个上调、11个下调,并预测到440个靶基因,其中生长激素促分泌素受体(growth hormone secretagogue receptor,GHSR)、卵泡抑素(follistatin,FST)等靶基因与繁殖及卵巢发育相关,推测其对应的gga-miR-16c-5p、gga-miR-146a-3p、novel_247、novel_325等miRNAs可能与黑番鸭就巢性状相关;GO富集分析表明,与繁殖发育相关的过程有染色体组织(chromosome organization)、核染色体(nuclear chromosome)、纺锤体微管(spindle microtubule)、核酸结合(DNA binding)和核苷酸激酶活性(nucleotide kinase activity)等;KEGG通路注释结果显示,234个靶基因注释到101个信号通路上,包括Wnt和胰岛素信号通路等可能与生殖细胞增殖分化及发育相关的通路.qPCR验证结果显示,上调和下调miRNAs的相对表达量变化趋势均与高通量测序结果一致.本研究筛选了黑番鸭就巢性状关键miRNAs,为从转录或转录后调控层面分析黑番鸭就巢机制、加快高产新品系的选育提供基础资料.
关键词： 黑番鸭;就巢;卵巢;miRNA;靶基因
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太子参酸腐病病原菌白地霉的生物学特性
《福建农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：【目的】明确太子参酸腐病病原菌白地霉（Geotrichum candidum）FJAT-32652的生物学特性。【方法】测定白地霉在不同温度、pH值、光照、碳源和氮源培养条件下的菌落直径，以及孢子的致死温度和时长，并用显微镜观察孢子在不同培养时间的萌发情况。【结果】该病原菌生长最适温度为30℃，pH值为6，碳源为麦芽糖、乳糖和葡萄糖，氮源为硫酸铵，不同光照条件对菌丝生长无显著影响，孢子的致死温度及时长为65℃水浴10 min。病原菌孢子培养3 h开始萌发，9 h形成菌丝，繁殖方式为裂殖。【结论】明确了太子参酸腐病病原菌白地霉FJAT-32 652的生物学特性，为太子参酸腐病的后续研究提供基础数据。
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整合转录组数据鉴定大型真菌原基形成的潜在通路
《微生物学通报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[背景]大型真菌子实体发育特别是从菌丝体到原基转变的分子机制,目前仍不清楚.现有的研究大多集中在有限的真菌种类或环境因素上,但对在发育中起关键作用的基因提供的信息有限.[目的]研究大型真菌原基形成的分子机制.[方法]对11个物种及4个环境因子相关的转录组数据进行分析.[结果]与对照组相比,上调基因数量从白灵菇(Pleurotus tuoliensis)的325个到梅里克氏菌(Rickenella mellea)的2854个,下调基因数量从白灵菇的379个到圆环蜜环菌(Armillaria ostoyae)的3189个.根据gene ontology (GO)注释,前3个生物过程类别为氧化-还原过程、代谢过程和碳水化合物代谢过程.此外,细胞成分类别中膜整体成分、核、膜等显著富集.同样地,分子功能类别包括水解酶活性、氧化还原酶活性和催化活性.[结论]大型真菌在原基形成中存在可能发挥重要作用的共同通路.
关键词： 大型真菌;转录组测序;原基形成;环境因子
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茶园生物多样性控害的研究进展
《应用昆虫学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：当今茶叶安全生产面临害虫为害猖獗和农药污染的突出问题，害虫生态调控是实现农业可持续发展的重要途径之一，其核心是保护自然天敌资源，使其长期有效地调控害虫。为在茶园有效实施害虫生态管理策略，各茶区积极开展了茶树病虫害及其天敌资源的调查，在摸清茶园中天敌资源种类及其种群动态和自然控害能力的基础上，如何合理规划茶园生境布局和环境条件，以更好保护天敌资源和强化其对害虫的自然控制功能进行了积极的探索。本文对茶园生态系统生物多样性的特点进行分析，并对近年来在茶园利用生物多样性生态调控害虫方面的研究报道进行综述，以期为提升其保益控害的生态服务功能，更好地在茶园应用生态管理措施提供理论依据和实践指导。
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