科研产出
副猪嗜血杆菌肽聚糖相关脂蛋白(PalA)的序列分析及三维结构建模
《畜牧兽医学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为深入研究副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)肽聚糖相关脂蛋白(Peptidoglycan-associated lipo-protein,palA)的生物学特性,设计了一对特异性引物,应用PCR方法来扩增Hps palA的全基因序列,进行克隆和测序。采用生物信息学方法,对Hps的palA基因核苷酸及其编码氨基酸序列进行比对,选取其中的血清学5型分离株,对其PalA蛋白的分子结构、理化性质及结构功能域、蛋白质二级结构等重要参数进行了预测和分析,并对PalA蛋白的三级结构进行了同源建模。结果显示,PCR扩增出462bp的目的片段;测序结果显示出不同血清型Hps之间palA基因核苷酸序列相似性有一定的差异,而所对应的氨基酸序列却差异很小;密码子偏爱性分析表明palA基因主要偏好GCA和AAA;PalA蛋白的理论等电点为6.28,偏弱酸性;PalA蛋白的二级结构以α螺旋、不规则卷曲和延伸链为主要构件;Hps的PalA蛋白的氨基酸序列与流感嗜血杆菌Pal蛋白的相似性为71.97%,以Pal蛋白结构为模板成功构建了Hps的PalA蛋白三维结构分子模型,该PalA蛋白三维结构与Pal蛋白相似,也含有肽聚糖结合口袋区,主要由第80位的酪氨酸(Tyr)、第39位的苯丙氨酸(Phe)和第84位的亮氨酸(Leu)组成。Hps的PalA蛋白的成功建模为PalA蛋白功能的深入研究提供了参考依据。
关键词： 副猪嗜血杆菌 肽聚糖相关脂蛋白 序列分析 同源建模
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猪流行性腹泻病毒SYBRⅠ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立
《中国兽医科学 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：参考GenBank上登录的猪流行性腹泻病毒(PEDV)株的ORF3基因序列保守型片段设计特异性引物,建立了检测PEDV的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法。在4.32×102～4.22×107copies范围内,它有很好的线性关系,其扩增相关系数为0.999,扩增效率为99%,扩增产物的熔解曲线只出现1个特异峰,无引物二聚体,熔解温度为82.23℃±0.19℃。它对传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪细小病毒、猪流感病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒、猪瘟病毒均检测不到荧光信号,表明其特异性强。该方法的组内变异系数为0.05%～0.87%,组间变异系数为0.32%～1.24%,重复性好。结果表明,建立的SYBRⅠ实时荧光定量RT-PCR为PEDV早期感染的诊断及定量分析提供了新的方法。
关键词： 猪流行性腹泻病毒 SYBR GreenⅠ 荧光定量RT-PCR
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蔬菜种植元数据模型信息描述研究(英文)
《Agricultural Science & Technology 》 2012
摘要：[目的]对蔬菜种植元数据模型信息描述进行研究。[方法]针对蔬菜种植过程中品种资源、农田环境、病虫害防治和田间管理等数据在采集、管理和分析时出现的数据标准不一致、数据格式多样、数据共享效率低等问题,在分析蔬菜种植各环节需涉及的数据基础上,以XML/XML Schema为技术手段,提出蔬菜种植元数据描述方案,构建蔬菜种植元数据模型。[结果]建立了蔬菜种植元数据模型,利用XML Schema技术实现了对蔬菜种植元数据模型的信息描述。整个元数据模型拥有7个一级数据分类,包含800多个信息描述点,能够完整记录与蔬菜种植相关的品种资源、种植环境、田间管理和病虫害防治等信息。[结论]为蔬菜GAP管理、设施蔬菜、食品安全追溯等行业应用提供数据采集、管理和共享的标准规范。
关键词： 蔬菜种植 XML/XML Schema 元数据
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温度对加州新小绥螨发育及繁殖的影响
《福建农业学报 》 2012
摘要：在15～35℃、RH 80%～85%条件下,研究加州新小绥螨Neoseiulus(Amblyseius)californicus(Mcgregor)以二斑叶螨Tetranychus urticae Koch为猎物时,不同螨态的发育和实验种群生命表。结果表明,加州新小绥螨在此温度范围内能完成世代发育,发育历期随着温度升高而逐渐缩短。该螨能适应35℃的高温条件,雌性的发育历期最短仅为5.70d。平均产卵期和平均寿命均随着温度的上升逐渐缩短。25℃时,该螨的平均产卵量最大,达64.89粒.雌-1,净增殖率最高(48.252 5),且雌雄性比最大。15℃时内禀增长率和周限增长率均最低,分别为0.061 7和1.063 6,种群倍增时间最长(11.241 8d),35℃时内禀增长率和周限增长率均最高,分别为0.303 4和1.354 4,种群倍增时间最短(2.284 9d),但净增殖率最低(18.461 1)。
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基于SSR标记的杂交籼稻主要不育系遗传多样性分析
《福建农业学报 》 2012
摘要：采用SSR标记对我国杂交籼稻15个主要不育系进行遗传多样性分析。结果表明,在水稻基因组中平均分布的99个SSR位点其中71个SSR位点具有多态性,多态性位点率71.7%。71个SSR标记共检测到175个等位基因,每个SSR位点检测到2～5个,平均为2.47个等位基因,He平均为0.716,PIC平均为0.393。供试不育系在遗传距离0.693处聚为两大类群,广占63S单独聚为一类;另一大类包括其余4个光温敏核不育系和所有的三系不育系。聚类结果与系谱分析基本吻合。
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大球盖菇漂烫液喷雾干燥精粉贮藏稳定性的研究
《福建农业学报 》 2012
摘要：对大球盖菇漂烫液喷雾干燥精粉在贮藏期内物理性状、吸湿性和自由基清除性能的变化进行研究。结果表明:贮藏温度越低,大球盖菇漂烫液喷雾干燥精粉对.OH自由基清除率越高,半损失时间也越长,应在低温下储存且不应超过20℃;相同温度下无光照大球盖菇漂烫液喷雾干燥精粉比光照的半损失时间更长,采取措施减少光照有利于延长精粉的贮藏时间,应尽量避光保存;不同湿度下吸湿速率存在差异,相对湿度越高,吸湿性变化越快;不同湿度下的理论包装时间较充足,在相对湿度达到92.31%条件下包装时间长0.34h,因此防止吸湿回潮是精粉产品贮藏的一个重要问题。试验结果表明,大球盖菇漂烫液喷雾干燥精粉在低温、低湿及避光条件下具有良好的贮藏稳定性。
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近10年我国茶树品种国审(鉴)情况分析
《安徽农业科学 》 2012 北大核心
摘要：近10年我国有55个茶树新品种通过国家审(鉴)定。从这些新品种在不同茶区的分配比例、选育单位的组成类型、品种适制性和选育途径4个方面对其进行统计分析。研究发现,新品种的2/3是由华南和西南茶区选育而成,适制绿茶的品种所占比例较高,约占总数的57%,且产量型品种明显多于品质型品种。新品种中有51%属常规种,由此可见,系统选育法仍然是茶树育种的主要技术手段。与之前相比,选育单位的组成类型有所变化,但科研院所仍居主力地位。今后的发展,可以考虑从提高种质资源利用率、加强上下游技术合作、细化育种研究方向、鼓励公司或个人从事或参与等方面,推进茶树育种研究进程。
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青枯雷尔氏菌TN5转座子无致病力突变株插入位点的鉴定与分析
《福建农业学报 》 2012
摘要：利用TN5插入强致病力青枯雷尔氏菌FJAT-91,获得突变株FJAT-t582和FJAT-t583。菌落形态观察及弱化指数测定结果表明,突变株FJAT-t582和FJAT-t583表现为典型的无致病力菌落形态,且弱化指数均在0.8以上。利用卡那霉素抗性基因特异性引物从突变菌株FJAT-t582和FJAT-t583中均扩增出片段大小为681bp的条带,而野生型菌株FJAT-91未扩增出任何条带,说明TN5转座子已插入其基因组中。对这2株无致病力突变株进行反向PCR测序和序列比对,分析鉴定出插入位点在编码putative diguanylate phosphodiesterase基因和Ⅲ型效应蛋白基因中,推测这2个基因的突变致使强致病力菌株表现出无致病力特征。
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