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利用电子PCR分析草菇基因组SSR标记多态性

文献类型： 中文期刊

作者： 熊登坤 1 ; 鲍大鹏 2 ; 边银丙 1 ;

作者机构： 1.华中农业大学应用真菌研究所

2.国家食用菌工程技术研究中心农业部食用菌南方资源利用重点实验室上海市农业遗传育种重点开放实验室上海市农业科学院食用菌研究所

关键词： 草菇;SSR;多态性;电子PCR

期刊名称： 微生物学通报

ISSN： 0253-2654

年卷期： 2014 年 41 卷 10 期

页码： 2070-2075

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】利用电子PCR分析草菇基因组SSR标记多态性,并通过PCR验证分析结果的可靠性。【方法】利用MISA程序定位草菇基因组SSR位点并结合Primer3.0程序设计SSR分子标记引物,运用电子PCR进行SSR分子标记多态性分析,基于分析结果进行PCR验证。【结果】随机选取658对SSR引物在草菇同核体菌株V23-1和PD19中进行真实PCR检测,结果表明28.6%的SSR引物具有多态性。数据分析表明,如果SSR标记来源于电子PCR产物长度没有差异的类型,仅4.8%的SSR引物在真实PCR中表现出多态性;如果SSR标记来源于电子PCR产物长度差异大于或者等于3 bp的类型,其中至少48.3%的SSR引物在真实PCR中表现出多态性。【结论】PCR验证结果表明利用电子PCR可以提高SSR多态性引物的筛选效率。

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