科研产出
黄鳝体表粘液中基因组DNA的提取与分析
《安徽农业大学学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：黄鳝基因组DNA一直采用抽血或剪取肌肉来提取,但是采血或剪取肌肉后黄鳝成活率很低。为了保留亲本,尝试从黄鳝体表粘液中提取DNA,并采用紫外分光光度计对提取到的DNA的纯度和浓度进行了检测。结果表明,用蛋白酶K消化,酚仿抽提后从粘液中得到的DNA的纯度与从肌肉中提取到的相差不大,但是提取到的量较少。为了验证提取的DNA是不是黄鳝基因组DNA,用黄鳝actin引物和18S r RNA基因引物扩增之后检测到了粘液中的较亮的DNA片段。为了进一步确认检测到的是黄鳝的DNA,我们又对得到的DNA进行了扩增,并得到的产物进行了克隆和测序。结果表明,粘液中提取到的DNA是黄鳝的基因组DNA。随后又选择了60尾黄鳝,提取其粘液之后对其成活率进行统计,养殖1个月后黄鳝的成活率都在95%以上。此黄鳝体表粘液提取DNA方法能提取高质量的DNA,可用于用于PCR鉴定。
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虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei)实时荧光定量PCR检测方法的建立及对虾样品的检测
《渔业科学进展 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：根据Gen Bank中公布的虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei)(EHP)SSU r DNA序列设计1对特异性引物,建立并优化了EHP的SYBR Green I实时荧光定量PCR(q PCR)检测方法。结果显示,该方法在60℃的退火温度时扩增效果最好,产物的熔解曲线为1个单峰,构建的方法对8.3×101–8.3×108 copies/μl的EHP SSU r DNA片段的检测响应具有良好的线性关系,扩增产物阈值循环数(Ct)与模板起始量的对数[log(Sq)]的关系为Ct=–3.369 log(Sq)+39.364(R2=0.992),扩增效率为98.1%,检测灵敏度下限为8.3×101 copies/μl,在线性范围内具有良好的组内和组间重复性。对实际样品的检测表明该方法比已报道的套式PCR的检测灵敏度约高4倍。利用本方法对采集自江苏、海南和山东的3批凡纳滨对虾样品的肝胰腺组织DNA(Hp DNA)中的EHP SSU r DNA进行了q PCR检测,结果显示,EHP的载量指数与对虾生长速率呈负相关关系,肝胰腺中EHP载量在103 copies/(ng Hp DNA)时代表了较高的风险水平。本研究建立的q PCR方法具有特异、灵敏、快速、定量的优点,所建立的方法及检测数据可为EHP的防控提供技术参考。
关键词： 实时荧光定量PCR 虾肝肠胞虫 SYBR Green I
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不同温度下腐败希瓦氏菌(Shewanela putrefaciens)生长动力学模型的比较与评价
《食品科学 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：以冷藏大黄鱼特定腐败菌腐败希瓦氏菌(Shewanella putrefaciens)为研究对象,采用修正Gompertz、修正Logistic和Baranyi方程拟合5、8、15℃和25℃条件下其在胰蛋白胨大豆肉汤中的生长动力学模型,采用Belehradek方程建立二级模型,探讨温度对腐败希瓦氏菌生长动力学的影响,并对模型的拟合优度及适用性进行评价。结果表明:温度对腐败希瓦氏菌生长动力学影响显著,其在5℃环境中延滞期较长,生长趋势得到明显抑制,当温度上升到25℃时,腐败希瓦氏菌的延滞期显著缩短,比生长速率随着温度的升高而增大,温度与延滞期及比生长速率均存在线性关系。采用均方根误差(root mean square error,RMSE)、残差平方和(residual sum of squares,RSS)、偏差度(bias factor,BF)、准确度(accuracy factor,AF)、R2对修正的Gompertz、修正的Logistic和Baranyi方程的拟合优度进行评价,修正的Logistic方程的RSS和RMSE均最小,BF和AF均最接近1,修正的Logistic模型的拟合优度最佳,适用性最强,水产品中腐败希瓦氏菌的生长情况能通过修正的Logistic模型得到较好地预测。
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海南4个野生地理群体长肋日月贝AFLP分析
《琼州学院学报 》 2016
摘要：为了解长肋日月贝(Amusium pleuronectes)种群遗传结构,本研究应用6对引物,采用AFLP分子标记技术对中国海南4个野生群体(共134个个体)的长肋日月贝进行遗传结构分析.结果显示,6对引物组合共扩增出203条扩增带,平均每对引物组合产生33.8条扩增带;扩增带中的多态性位点共97条,多态位点所占比例为47.78%.统计分析了4个野生群体的多态性位点、群体Nei氏遗传多样性指数和Shannon’s信息指数等,并进行了UPGMA聚类分析.结果表明,4个群体的群体Nei氏遗传多样性指数在0.0957~0.1135之间,Shannon’s信息指数均在0.1493~0.1769之间,4个群体的遗传多样性均偏低.陵水群体(LS)和三亚群体(SY)的多态性位点的比率均为40.89%,潭门群体(TM)的多态性位点比率最低,为34.48%;4个不同群体间遗传距离都不大,SY与白马井群体(BMJ)间遗传距离最大,为0.0162,TM与BMJ间的遗传距离最小,为0.0049;没有发现群体特异性条带.分析了各群体内部的个体间遗传距离,结果表明,BMJ、TM、LS和SY群体内部的遗传距离分别为0.1217、0.1065、0.1212和0.1179.AMOVA分析结果显示,种群间的分化系数(Fst)为0.06834,基因流水平(Nm)为3.408.表明野生长肋日月贝的遗传变异主要来自群体内部,群体间的遗传分化程度不大.另外,在长肋日月贝的种质资源保护和良种繁育方面提出了建议.
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半滑舌鳎不同家系肌肉中脂肪酸含量的分析
《中国水产科学 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为了研究半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)不同家系肌肉中脂肪酸的组成与含量,并选育出高营养品系的半滑舌鳎家系,用气相色谱法对同一养殖环境中的半滑舌鳎15个不同家系(164个样本)肌肉中的脂肪酸的组成和含量进行了检测和比较分析,同时对高EPA、DHA、EPA+DHA含量的家系进行筛选,并研究了半滑舌鳎性别与EPA、DHA含量的关系。结果表明:(1)15个家系肌肉中脂肪酸种类没有区别,但脂肪酸的组成和含量存在若干差异。其特征均为多不饱和脂肪酸(PUFA)>饱和脂肪酸(SFA)>单不饱和脂肪酸(MUFA)。PUFA以ω-3系脂肪酸为主,且ω-3系脂肪酸与ω-6系脂肪酸比值达到4.16~5.03,其中的2种重要ω-3系脂肪酸EPA和DHA在15个家系中均具有显著性差异,且DHA含量远大于EPA含量;筛选出了3个高EPA、DHA、EPA+DHA含量家系,分别为F13012、F13023及F13031。(2)EPA的含量与半滑舌鳎性别不具有显著性相关关系。本研究对于选育半滑舌鳎优良品种家系具有重要意义。
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水产生物技术发展战略研究
《中国工程科学 》 2016 北大核心
摘要：本文从水产养殖生物基因组测序、遗传连锁图谱绘制、重要经济性状相关分子标记/基因筛选、基因组编辑、基因组选择以及细胞培养与种质冷冻保存等方面综合介绍了水产生物技术的发展现状,并深入分析了水产生物技术研究中存在的主要问题,诸如基因功能分析平台不完善,抗病与性控育种技术研究滞后,基因组编辑与全基因组选择技术刚刚起步等。同时,围绕上述主要问题,提出了水产生物技术亟待突破的关键技术,并建议"十三五"期间设立重点研究计划专项,深入开展水产动物基因组资源开发与利用、重要经济性状遗传解析以及水产生物信息大数据平台构建等。
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中国水产养殖种类组成、不投饵率和营养级
《中国水产科学 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：根据1950–2014年水产养殖种(类)有关统计和调研数据,并在对养殖投饵率、饲料中鱼粉鱼油比例、各类饵料(配合饲料、鲜杂鱼/低值贝类/活鱼、天然饵料等)营养级等基本参数进行估算的基础上,研究分析了中国水产养殖种类组成、生物多样性、不投饵率和营养级的特点及其变化。结果表明:中国水产养殖结构相对稳定,变化较小,其显著特点是种类多样性丰富、优势种显著、营养层次多、营养级低、生态效率高、生物量产出多。其中:(1)养殖种类296个、品种143个,合计为439个。种类组成区域差异明显,淡水养殖鱼类占绝对优势,如2014年草鱼、鲢鱼、鳙鱼、鲤鱼、鲫鱼和罗非鱼排名前6个种类的养殖占淡水养殖产量69.6%,其次为甲壳类、其他类、贝类及藻类,而海水养殖则以贝藻类为主,如2014年牡蛎、蛤、扇贝、海带、贻贝和蛏6个种(类)的养殖占海水养殖产量71.3%,其次为甲壳类、鱼类及其他类;(2)养殖种类多样性特征显著,与世界其他主要水产养殖国家相比,独为一支,具较高的多样性、丰富度和均匀度,发展态势良好;(3)由于养殖方式从天然养殖向投饵养殖转变,不投饵率呈明显下降趋势,从1995年90.5%降至2014年53.8%(淡水35.7%,海水83.0%),但与世界平均水平相比,仍保持较高的水准;(4)与世界相比,营养级低且较稳定。由于配合饲料的广泛使用及其鱼粉鱼油使用量减少,近年营养级略有下降,从2005年较高的2.32降至2014年2.25(淡水2.35,海水2.10)。营养级金字塔由4级构成,以营养级2为主,近年占70%,表明其生态系统有较多的生物量产出。中国水产养殖未来发展需要遵循绿色、可持续和环境友好的发展理念,探讨适宜的、特点各异的新生产模式,发展以养殖容量为基础的生态系统水平的水产养殖管理,建设环境友好型的水产养殖业,为保障国家食物安全、促进生态文明建设作出更大贡献。
关键词： 种类组成 多样性 不投饵率 营养级 水产养殖 中国
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不同来源的蛋白水解物对凡纳滨对虾生长及非特异性免疫的影响
《饲料工业 》 2016 北大核心
摘要：以基础饲料为对照组(FM),在基础饲料中分别用鱼蛋白水解物(FPH)、猪血蛋白水解物(PBPH)、酵母蛋白水解物(YPH)和豆粕蛋白水解物(SPH)替代配方中10%的鱼粉,配制成五组等氮、等脂的饲料。每组三个重复,喂养初始体质量(2.39±0.10)g的凡纳滨对虾8周,探讨饲料中不同蛋白水解物对凡纳滨对虾生长和非特异性免疫的影响。结果表明:FM组的末重和特定生长率高于FPH组(P>0.05),且显著高于PBPH组、SPH组和YPH组(P<0.05);FPH组和FM组的摄食率显著低于PBPH组和SPH组(P<0.05),但与YPH组无显著性差异(P>0.05);FPH组血清碱性磷酸酶、酸性磷酸酶、一氧化氮合酶活性和总抗氧化能力高于YPH组(P>0.05),且显著高于FM组、PBPH组和SPH组(P<0.05),FPH组血清超氧化物歧化酶、过氧化物酶和溶菌酶活性高于YPH组和FM组(P>0.05),且显著高于PBPH组和SPH组(P<0.05);FPH组肝胰脏溶菌酶活性、总抗氧化能力和一氧化氮合酶活性高于YPH组(P>0.05),且显著高于FM组、PBPH组和SPH组(P<0.05),FPH组肝胰脏碱性磷酸酶、酸性磷酸酶、过氧化物酶和超氧化物歧化酶活性高于YPH组和FM组(P>0.05),且显著高于PBPH组和SPH组(P<0.05)。综上分析可知,四种不同来源蛋白水解物替代鱼粉后投喂凡纳滨对虾,鱼蛋白水解物效果最好,其次是酵母蛋白水解物、猪血蛋白水解物和豆粕蛋白水解物。
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斑节对虾组织蛋白酶L基因的克隆及其表达分析
《南方水产科学 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：通过克隆得到斑节对虾(Penaeus monodon)组织蛋白酶L基因(PmCatL)cDNA全长。该基因序列全长1 850bp,包括1 026 bp的开放阅读框,编码341个氨基酸。预测的PmCatL蛋白由信号肽(Met~1-Ala~(18))、前体域(Val~(19)-Gln~(123))和成熟域(Leu~(124)-Val~(341))三部分构成,存在3个半胱氨酸蛋白酶活性位点(Cys~(148)、His~(287)、Asn~(308))和1个潜在的糖基化位点(Asn~(99))。具有组织蛋白酶L的E~(45)X_3RX_3FX_2NX_3IX_3N~(64)和G~(187)CXGG~(192)保守序列。同源性分析显示,PmCatL氨基酸序列与其他物种相似性为36%~75%。进化树显示PmCatL和罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)亲缘关系最近,并与其他无脊椎动物的组织蛋白酶L聚成一支。表达结果表明,PmCatL基因在肝胰腺、淋巴、肌肉、性腺等被测组织中均有表达,其中淋巴和肝胰腺的表达量较高;PmCatL基因在斑节对虾仔虾时期表达量较高,可能与斑节对虾在这一时期的生长发育相关;PmCatL在卵巢发育的Ⅳ期表达量最高,可能在斑节对虾的卵巢发育中发挥重要作用。
关键词： 斑节对虾 组织蛋白酶L 基因克隆 序列分析 基因表达 卵巢发育
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