科研产出
一种面向语义Web的组合服务演化方法研究
《计算机科学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：为了敏捷、有效地调整动态环境下的组合服务,系统地提出一种面向语义Web的组合服务结构化演化方法EM4CS。EM4CS方法采用OWL-S语言描述的组合式语义Web服务为研究对象,将组合服务演化过程划分为3个部分、6个阶段,分别从演化需求获取、演化需求形式化表示、语法一致性维护、语义一致性维护、演化结果确认和演化结果发布与传播6个方面覆盖组合服务演化周期。EM4CS方法从系统工程的角度分析组合服务演化过程,以迭代求精的方式逐步实现演化需求,同时维持服务描述语法和语义的一致性。介绍了遵循EM4CS方法的组合服务演化支撑系统ESS4CS,该系统能够全程辅助知识工程师完成组合服务演化工作,能有效地提高组合服务演化的效率和精度。
关键词： 语义Web 组合服务演化 组合服务 EM4CS ESS4CS OWL-S
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暗纹东方鲀SRAP-PCR体系的建立与优化
《浙江农业学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：以暗纹东方鲀基因组DNA为材料,利用正交设计L16(45)对影响暗纹东方鲀SRAP-PCR反应的5个因素(Mg2+、Taq酶、dNTPs、模板DNA、引物)在4个水平上进行正交组合,确立了暗纹东方鲀SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+1.5 mmol·L-1、Taq酶0.5 U、模板DNA 75 ng、dNTPs 0.15 mmol·L-1、引物0.2μmol·L-1。利用30个暗纹东方鲀样本对该体系进行验证,结果表明该体系稳定可靠。
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微卫星分子标记与松浦镜鲤3个表型性状的相关分析
《基因组学与应用生物学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：本文利用SPSS13.0分析软件对194尾松浦镜鲤的体重、体长和尾长值进行相关分析,并选用扩增效果好的30个微卫星标记,检测新品种松浦镜鲤繁殖群体的有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)等遗传参数,以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡,最后还将30个基因座的不同基因型与个体的体重、体长和尾长进行了相关分析。结果显示,体重与体长高度线性相关,差异极显著;尾长与体重、体长分别呈显著相关,差异显著。多样性指数结果表明共检测到172个等位基因,片段长度在115～432bp之间,有效等位基因数为1.14～5.32;观测杂合度为0.07～0.92,期望杂合度为0.13～0.91;多态信息含量为0.12～0.79,其中高度多态(PIC≥0.5)21个,中度多态(0.25≤PIC≤0.5)7个,表明这个群体的多样性较高,信息含量比较丰富。我们还发现有4个遗传位点:HLJ328、HLJ693、MFW29和MFW48与体长性状显著相关(P<0.05),其中,位点HLJ328、HLJ693和MFW48还与体重性状显著相关(P<0.05),未发现与尾长性状相关的位点。本文获得的这些标记具有生长特性优势,可作为松浦镜鲤分子辅助育种的参考标记。
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单桩张网菱形、方形网目网囊选择性研究
《海洋渔业 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：近年来,一种利用帆布作为扩张装置的新型单桩张网渔具在吕四渔场得到了快速发展。为了改善这种张网对主要渔获对象的尺寸选择性,进而评价其渔获性能以及对渔业资源的影响,使用套网试验法开展了不同网目尺寸(25 mm、35 mm和45 mm)的菱形和方形网目网囊尺寸选择性试验。通过对黄鲫(Setipinnataay)和小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)渔获体长数据的选择性分析,结果显示,无论是菱形还是方形网目网囊,其50%选择体长L50和选择范围SR都随着网目尺寸的增大而增大(L50呈线性增长)。对比菱形和方形网目的选择性发现,对于黄鲫,50%选择体长L50差异不大,但菱形网目的选择范围SR大于方形网目;对于小黄鱼,方形网目具有更好的选择特性,即具有较大的L50(8%)和较小的SR(52%),但差异均不显著。菱形和方形网目对于不同体型鱼类的选择性差异以及渔民对方形网目网囊的抵触情绪等都使得在张网渔业中推广方形网目网囊值得商榷。
关键词： 单桩张网 方形网目 菱形网目 选择性 黄鲫 小黄鱼
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中国明对虾肝胰腺细小病毒全基因组的克隆及序列分析
《中国水产科学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：中国明对虾肝胰腺细小病毒是一种单链、线性DNA病毒。本研究利用DNA末端加尾和嵌套PCR首次完成了对虾肝胰腺细小病毒(hepatopancreatic parvovirus,HPV)中国分离株(HPV-Pc)全基因组序列的测定,研究结果表明,HPV-Pc株(GenBank登录号GU371276)的全基因组由6 085个核苷酸组成,包含3个开放阅读框(ORF)(分别代表ns1、ns2和cp基因)和2个非编码区。ORF1、ORF2和ORF3分别编码由427、578和821个氨基酸组成的蛋白,分子量分别为50.4 kD、68.2 kD和92 kD。分析HPV-Pc基因组结构,发现该基因组没有末端反向重复序列(ITR),cp基因编码的CP区有HPV特异的"GAA"正向重复序列,及富含甘氨酸的上游和下游不同位置存在精氯酸残基,可造成蛋白裂解。不同地区、不同对虾HPV基因组有较大差异,HPV-Pc株基因组与其他已知HPV序列同源性在78%～91%之间,差异遍布整个序列中。将HPV-Pc各基因片段与已报道的其他地区HPV相应序列进行比较,结果表明,HPV-Pc各基因片段与AY008257(韩国株)同源性最高。与已知HPV代表株的NS2、NS1和CP蛋白氨基酸序列同源性比较也显示,HPV-Pc株与韩国株同源性最高。这些特征表明HPV-Pc属于细小病毒科的一个新分离株。
关键词： 肝胰腺细小病毒(HPV) 中国明对虾 基因组序列
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尼罗罗非鱼鱼体能量密度预测模型初探
《中国农学通报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：2009年7-8月于养殖群体中随机抽取93尾尼罗罗非鱼作为实验样本,逐尾测定肌肉、肝脏、性腺和肠脂能量密度等相关生化成分,选择与能量密度相关显著的生化成分作为预测因子,分别建立肌肉等组织的能量密度预测方程。结果表明,尼罗罗非鱼肌肉和肝脏能量密度与各自粗脂肪含量的相关关系均达极显著水平(P<0.01),经协方差分析后分别建立公共方程为Em=0.196Fm+21.931(r=0.902)和El=0.187Fl+19.697(r=0.914)。肠脂能量密度与其干物质含量相关极显著(P<0.01),建立雌雄公共方程为Ef=0.159Df+23.973(r=0.917)。经统计分析,卵巢和精巢的理想预测因子分别为粗脂肪含量和干物质含量,分别建立预测方程为Eo=0.118Fo+25.493(r=0.909)和Es=0.268Ds+19.697(r=0.905)。
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长江上游干流基于河床地形的深潭浅滩识别方法比较研究
《淡水渔业 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：采用三种基于河床地形的河流深潭浅滩识别方法(深泓线线性回归法、横截面对称指数法和局部高程差异法)对长江上游干流30 km长河段的深潭和浅滩进行了定量分析识别,并采用5～7倍河宽间距法对这三种方法的适用性进行了比较。结果显示,识别出的深潭和浅滩总体上较为吻合,少数几个识别结果不一致的位置,可以结合对河床形态的综合分析加以解决。多数情况下,局部高程差异法的识别结果更加准确有效,但同时使用这三种方法能够加深对研究区域的认识并使识别结果得到确证。在长江上游干流江段,采用局部高程差异法(T=1.0Sd)应是最佳的河流深潭浅滩识别方法。
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中国近海习见头足类DNA条形码及其分子系统进化
《中国水产科学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：应用DNA条形码通用引物扩增了11种中国近海习见头足类(Cephalopoda)共计97个个体的线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome CoxidaseI,COI)基因片段,与GenBank收录的19种95条头足类同源序列进行比对。结果表明,头足类COI基因存在碱基插入缺失现象,杜氏枪乌贼(Uroteuthis duvauceli)插入缺失位点数多达33个;碱基组成偏倚明显,A+T含量(66.70%)显著高于G+C(33.30%)含量。基于Kimura双参数模型计算,29个物种的种内平均遗传距离为0.0072,种间平均遗传距离(0.2024)是种内遗传距离的28.11倍。针对剑尖枪乌贼(Loligo edulis,Uroteuthis edulis,Photololigo edulis)分类和命名的分歧,DNA条形码分类结果显示,该物种与枪乌贼属(Loligo)和尾枪乌贼属(Uroteuthis)的COI基因同源性较低,不支持将其划归到Loligo或Uroteuthis。近爱尔斗蛸属(Pareledone)6个代表物种的种间遗传距离较小(0.0120～0.0385),对于此类变异程度较低的物种,DNA条形码仍可准确区分,但其种间遗传距离的阈值尚待深入探讨。系统发育树的聚类分析结果表明,COI基因在种、属水平的分类鉴定及其系统进化关系与传统方法所得结果一致性较高,分别为100%、91.67%;科、目水平的一致性略低,分别为80%和66.67%。可见,线粒体COI基因作为头足类DNA条形码在物种鉴定中适用性较高,亦适用于种属水平的系统进化分析,是形态学分类系统的必要补充和佐证。
关键词： 头足类 COI基因 DNA条形码 分类鉴定 系统进化
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3种湿地植物构建的浮床系统修复富营养化水体的效果研究
《华南农业大学学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：采用人工浮床法研究了3种湿地植物野生稻Oryza rufipogon、香根草Vetiverial zizanioids和风车草Cyperus alternifolius构建的浮床系统对富营养化水体的净化效果.结果表明:3种植物在试验水体中均能较好地生长,并能有效降低水体总悬浮物和叶绿素a含量,其中,香根草和风车草的效果较好.水体溶解氧则先降低后迅速回升,并显著高于对照,其中以风车草的增氧效果最好.3种植物对水体中总氮和总磷均有良好的去除效果,野生稻、香根草和风车草对富营养化水体的最大N去除率分别为71.3%、82.3%和83.7%,最大P去除率分别为74.9%、89.3%和85.6%.综合来看,3种湿地植物中风车草修复能力最强,香根草次之,野生稻最弱.
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深澳湾底质沉积物中酸可挥发性硫化物(AVS)和硫酸盐还原菌(SRB)的时空分布
《海洋湖沼通报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：为探究深澳湾中酸可挥发性硫化物(AVS)和硫酸盐还原菌(SRB)的时空分布、相互作用以及对养殖环境的影响,于2007年1月~2008年12月,对该湾底质沉积物中的AVS和SRB进行了为期2a的调查研究。结果显示,在调查期间AVS变化范围为1.142~1250.990μg/g。从时间变化看,夏秋高温季节AVS含量明显高于冬春低温季节,2008年AVS含量明显高于2007年;从空间变化来看,鱼类养殖区>牡蛎养殖区>非养殖区。将深澳湾AVS含量和其他养殖区硫化物含量比较,深澳湾底质沉积物中总体AVS含量处于中等水平,但鱼类养殖区底质沉积物中的AVS含量明显高于其他养殖区,而进行藻类和贝类混养的区域其AVS含量也明显低于纯贝类养殖海域。底质中SRB的丰度变化范围为2.81×101~3.60×103cfu/g。底质中硫酸盐还原菌的丰度与底质中AVS的含量有显著的正相关性,且养殖区硫酸盐还原菌的丰度要明显大于非养殖区。从AVS和SRB的时空变化来看,深澳湾当前的养殖活动对底质环境有很大的负面影响。
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