科研产出
大口黑鲈MyD88基因的克隆及其对NF-κB的激活作用
《农业生物技术学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：接头蛋白髓细胞分化因子88 (myeloid differentiation factor 88, MyD88)通常参与白介素-1受体(interleukin-1 receptor, IL-1R)和Toll样受体(Toll-like receptor, TLR)介导的核因子κB (nuclear factor kappaB, NF-κB)激活，在先天免疫中发挥重要作用。在本研究中，克隆了大口黑鲈(Micropterus salmoides)MyD88的全长cDNA，包含一个867 bp的ORF，编码288个氨基酸残基的肽。大口黑鲈MyD88的推测蛋白具有N末端死亡结构域和C末端TIR (Toll-like/IL-1)结构域，已知这些结构域是哺乳动物MyD88的重要功能结构域。大口黑鲈MyD88蛋白与其他脊椎动物具有较高的同源性(58.5%～99.3%)。系统发育分析显示，大口黑鲈MyD88与其他鱼类MyD88聚为一支。MyD88 mRNA在健康大口黑鲈的所有被检测组织中均有表达，在肝脏中表达量最高。为了探索大口黑鲈MyD88的先天免疫作用，研究了其在肠、鳃、脾、肾中，对聚胞肌酸(polyinosinic-polycytidylic acid, PolyI:C)和诺卡氏菌(Nocardia seriolae)刺激的基因表达谱。结果显示，在所有4种检测的组织中，2种免疫刺激剂均上调了大口黑鲈MyD88转录水平，其中受诺卡氏菌的诱导最强。肾组织中，MyD88在感染后9 d出现了最大上调，感染组表达量为对照组的8.5倍(P<0.05)；在鳃组织中PolyI:C诱导启动最早，刺激后8 h，在鳃组织中实验组相对表达量为对照组的5.6倍。大口黑鲈MyD88分布于HeLa细胞质中。大口黑鲈MyD88的过表达可以激活NF-κB。这些结果为阐明MyD88在大口鲈鱼先天免疫中的作用提供了基础数据。
关键词： 大口黑鲈 髓细胞分化因子88 (MyD88) 克隆 表达分析 亚细胞定位 核因子κB (NF-κB)
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罗氏沼虾胚胎发育过程中的转录组
《水产学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：【目的】为了探索罗氏沼虾胚胎发育的分子调控机制。【方法】本研究对罗氏沼虾胚胎的卵裂期Ⅰ、卵裂期Ⅱ、囊胚期、原肠胚期、前无节幼体、无节幼体、前蚤状幼体、蚤状幼体8个发育阶段进行转录组测序。【结果】本研究共得到156.37 Gb clean data，预测得到22 964个unigenes。对罗氏沼虾8个不同发育阶段的胚胎样品的unigenes进行两两比较分析，获得各个时期之间的差异表达基因数量为587～8 620。对差异表达基因进行GO富集分析，上调表达基因主要富集在与细胞发育、生长、运动相关的GO功能类别，下调表达基因主要富集在与细胞的翻译调控、趋化、抗氧化、排毒活性相关的GO功能类别。KEEG富集分析发现，差异表达基因的pathway主要富集在与细胞的生长发育以及正常的生理生化过程相关的代谢途径。【结论】本研究获得了罗氏沼虾胚胎的大量转录本信息，发现了与胚胎发育相关的差异表达基因及其主要富集功能和途径，为罗氏沼虾胚胎研究提供了有用的转录组信息资源。
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2022-2023年虾类传染性肌坏死病毒(IMNV)流行情况调查
《渔业科学进展 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：2020年，由传染性肌坏死病毒(infectious myonecrosis virus,IMNV)引起的虾类传染性肌坏死(infectious myonecrosis,IMN)首次在中国暴发，使对虾养殖产业遭受了严重的经济损失。为掌握近年IMNV在我国的流行情况，2022—2023年间，本研究在全国主要虾类养殖地区开展了IMNV流行病学调查，并利用分子生物学、组织病理学等方法对所采集的样本进行分析。在山东、江苏、浙江、海南、天津、广西、福建、河北等地开展流行病学调查并采集样品829份，所采集的样品包括凡纳对虾(Penaeusvannamei)、日本对虾(P.japonicus)、中国对虾(P.chinensis)与罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)等主要养殖虾类以及饵料、其他水产经济物种和养殖用水。采用TaqMan探针实时荧光定量PCR (TaqMan RT-qPCR)对所采集的样品进行了IMNV检测。调查中发现，患病对虾腹节或尾节骨骼肌出现IMN感染样的典型斑块状或弥散性白色坏死症状，凡纳对虾、日本对虾、中国对虾等主要养殖虾类中均可检测到IMNV阳性，阳性样品主要来自环渤海地区的山东、河北、天津等省市；除养殖虾类外，采集的虾类鲜活饵料(主要是中华卤虫Artemia sinica)和养殖场抽滤的近海海水中也可检测到IMNV阳性。2022年所采集样品中IMNV阳性检出率为6.27%(23/367),2023年所采集样品中IMNV阳性检出率为15.80%(73/462)。对TaqMan RT-qPCR检测呈阳性的样品进行组织病理与原位杂交分析，病虾腹节和尾节发白肌肉组织切片中可见IMNV感染特征性凝固状坏死，且发生病理损伤的肌肉组织中有明显的IMNV探针蓝紫色杂交信号。本研究表明，2022—2023年间我国多省市的养殖对虾、生物饵料及近海海水中存在较高的IMNV阳性检出率，虾类养殖过程中需加强IMNV检测与监测预警，以降低其进一步扩散与流行危害风险。
关键词： 传染性肌坏死病毒(IMNV) 流行病学 TaqMan RT-qPCR 组织病理 组织原位杂交
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黑龙江茴鱼种群遗传多样性及地理变异的微卫星分析
《水产学杂志 》 2025
摘要：利用微卫星技术比较研究了黑龙江水系松花江上游支流松江河（SJ）、黑龙江上游支流根河（GH）与呼玛河（HM）及嫩江上游支流诺敏河（NM）4个地理种群的黑龙江茴鱼（Thymallus grubii）遗传结构，旨在了解黑龙江茴鱼的遗传多样性及地理变异信息。结果表明，黑龙江茴鱼表现出较高的遗传多样性水平，平均等位基因数17.4，平均观测杂合度0.805 1。4个种群中GH遗传多样性水平最高，HM和NM其次，SJ最低。在地理分布上，黑龙江茴鱼的遗传多样性自北部黑龙江上游至南部的嫩江上游、松花江上游逐渐降低。根河与呼玛河种群间的遗传距离（Ds）最近（0.546 3）,NM与SJ最远（1.182 8）;NM与SJ种群间遗传分化系数(Fst)最大（0.074 9）,GH与HM最小（0.023 1）。种群间的遗传变异为4.78%。研究表明，黑龙江水系中的黑龙江茴鱼种群存在一定程度的遗传分化，这可能是由其短距离洄游习性和地理距离所导致。建议将黑龙江上游（根河、呼玛河）、诺敏河，及松江河的种群划为3个管理单元，以制定相应的保护管理策略。
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间歇禁食对大黄鱼生长、生理生化和肠道组织结构的影响
《渔业现代化 》 2025 北大核心
摘要：为研究饥饿与恢复投喂对大黄鱼(Larimichthys crocea)的影响，试验以初始体质量为(122.62±11.08) g,体长为(17.9±1.04) cm的大黄鱼为样本，试验分成5组，分别为饥饿0 d(S0)、饥饿2 d(S2)、饥饿4 d(S4)、饥饿8 d(S8)、饥饿16 d(S16),然后再恢复投喂至第32天。结果显示：各组大黄鱼饥饿时体质量呈现降低趋势。恢复投喂后，在试验结束时所有饥饿组仅表现出部分补偿生长能力，其中S8组和S16组补偿生长能力较低。血清中甘油三酯以及碱性磷酸酶(AKP)、酸性磷酸酶(ACP)随饥饿时间的延长均降低。试验结束后，其指标在再投喂8 d后恢复不明显。此外，皮质醇浓度和超氧化物歧化酶(SOD)活性在饥饿8 d时升至最高，再投喂后恢复不显著。大黄鱼肠道组织结构与其生理生化变化趋势基本一致，肠绒毛高度和肌层组织厚度均在饥饿8 d时降至最低，而再投喂后恢复并不明显。肠道中IL-1β、IL-10和TNF-α基因表达量随饥饿升高，S4组最高，恢复投喂后表达量下降。研究认为：在该试验条件下，饥饿胁迫持续8 d及以上会对大黄鱼产生显著影响。因此为保证饲养效果，建议大黄鱼的饥饿时长宜控制在8 d以内。
关键词： 大黄鱼 饥饿 生长性能 血清生化指标 肠道组织学 免疫指标
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基于深度学习算法的凡纳滨对虾生长表型测定系统研发及应用
《水产学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：【目的】为解决凡纳滨对虾生长表型人工测量效率低、误差大等问题。【方法】本研究设计了对虾专用图像采集箱，获取标准化、高质量的对虾侧面图像。在此基础上，利用高分辨率网络(HRNet)模型识别凡纳滨对虾9个关键特征点，实现对体长等体尺相关性状的测量；基于掩膜卷积神经网络(Mask R-CNN)进行凡纳滨对虾的轮廓分割，实现对虾体表面积的计算；最后复合体长以及体表面积构建回归模型预测对虾体重。通过开发配套的图像处理与数据管理软件，建立凡纳滨对虾生长表型精准测定系统。【结果】HRNet模型对9个特征点的识别率均超过98%，其中7个特征点的识别率超过99%。使用直尺人工测量和图像人工标注特征点测量两种方法测定体长和腹节长的真实值，计算体长和腹节长的预测准确性分别为0.91～0.97和0.91～0.93，平均相对误差分别为1.39%～4.63%和2.46%～4.59%。以人工分割虾体轮廓方式获取体表面积作为参考，评估Mask R-CNN模型对体表面积的预测准确性为0.98，平均相对误差为1.73%。以体长、体表面积、性别为变量，构建了4种回归模型来预测体重，所有模型的准确性均在0.94以上，其中以同时包含体长和体表面积的模型的预测准确性最高(0.97)。【结论】利用深度学习算法可以较为准确地获得凡纳滨对虾体长和体表面积等生长表型并预测体重。本研究结果可为凡纳滨对虾生长表型性状的准确、快速测量提供高效工具。
关键词： 凡纳滨对虾 生长表型 深度学习 计算机视觉 测定系统
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几种海洋硬骨鱼类快、慢肌的化学组分差异分析
《渔业科学进展 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：硬骨鱼类的骨骼肌根据收缩特征主要分为快肌和慢肌，分别支撑爆发性和持续性游泳。为认识这2种骨骼肌的化学组分特征，解析快、慢肌功能差异的物质基础，本研究整合3类不同游泳习性鱼类：黄带拟鲹(Pseudocaranx dentex)、梭鱼(Liza haematocheila)和金枪鱼类，通过自测结合文献资料，比较了快、慢肌在蛋白质、氨基酸、脂肪、脂肪酸及矿物元素等化学组分特征方面的差异。结果显示，快肌的粗蛋白及12种氨基酸含量更为丰富，其中尤以组氨酸含量差异最大(快肌为慢肌的1.22～3.83倍)；快、慢肌的主要氨基酸组成相似，必需氨基酸含量均占氨基酸总量的40%左右，谷氨酸和天冬氨酸是含量最丰富的2种氨基酸类型，赖氨酸和亮氨酸是含量最高的2种必需氨基酸；慢肌的粗脂肪及每种脂肪酸的含量均显著高于快肌；在脂肪酸组成方面，慢肌中饱和脂肪酸(saturatedfattyacid,SFA)的比例较快肌高，而快肌中的多不饱和脂肪酸(polyunsaturatedfattyacid,PUFA)比例则比慢肌高；慢肌含有更为丰富的微量元素铁(Fe)和锌(Zn)。结果表明，海洋硬骨鱼类的快肌和慢肌在蛋白质、氨基酸、脂肪、脂肪酸及矿物元素组成方面存在较大的差异，这些差异为其分别支撑爆发性游泳运动和持续性游泳运动提供了一定的物质基础。
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基于环境DNA技术的西江珍稀鱼类省级自然保护区鱼类多样性研究
《南方水产科学 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：为更好地保护西江珍稀鱼类省级自然保护区的鱼类资源，利用基于COI和12S rRNA 2个基因标记的环境DNA技术(Environmental DNA, eDNA)，对保护区江段的左岸、中间和右岸共计18个采样站位开展了鱼类种类组成及河段不同横向断面的鱼类多样性分析。结果发现，COI和12S rRNA 2个基因共检测出53种鱼类，隶属于4目12科48属；12S rRNA基因检测出47种鱼类，COI基因检测出19种鱼类，2个基因同时检测出的鱼类有13种。基于序列丰度的Alpha多样性分析结果显示，2个基因的结果一致支持保护区江段左岸的鱼类物种数和Chao1丰富度最高，说明左岸具有较高的鱼类多样性。基于12S rRNA基因的Beta多样性结果发现，保护区的左岸、中间和右岸的鱼类组成存在显著性差异。研究结果可为保护区鱼类生物多样性的保护和动态监测提供基础资料与技术支持。
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藻蓝蛋白通过调节NF-κB通路影响游离脂肪酸诱导的非酒精性脂肪肝细胞模型
《青岛农业大学学报(自然科学版) 》 2025
摘要：旨在探索藻蓝蛋白(phycocyanin, PC)对游离脂肪酸(free fatty acid, FFA)诱导的非酒精性脂肪肝(non-alcoholic fatty liver disease, NAFLD)细胞模型的保护作用及其可能机制。采用FFA溶液处理人肝癌细胞株HepG2(human hepatocellular carcinoma cell),建立NAFLD细胞模型，用不同浓度的PC对HepG2细胞作用24 h,进行油红O染色并检测甘油三酯(triglyceride, TG)、总胆固醇(total cholesterol, TC)、高密度脂蛋白胆固醇(high-density lipoprotein cholesterol, HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(low-density lipoprotein cholesterol, LDL-C)、丙氨酸氨基转移酶(alanine aminotransferase, ALT)和天门冬氨酸氨基转移酶(aspartate aminotransferase, AST)的水平，检测核因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)、肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)和白细胞介素1β(interleukin-1β,IL-1β)的mRNA表达水平，检测TNF-α、NF-κB亚基p65、核因子κB抑制因子激酶(inhibitor of kappa B kinase, IKK)、核因子κB抑制蛋白(inhibitor of NF-κB,IκB)等的总蛋白及相关磷酸化蛋白表达水平。油红O染色结果显示，PC处理FFA诱导的HepG2细胞后，与模型组相比，试验组细胞内脂质堆积情况明显改善，TC、TG、LDL-C、ALT、AST水平下降，HDL-C水平上升(P<0.05)。定量逆转录聚合酶链式反应(reverse transcription quantitative polymerase chain reaction, RT-qPCR)结果显示，与模型组相比，试验组NF-κB、TNF-α、IL-1β、IL-6的mRNA表达水平下降(P<0.05)。而免疫印迹试验(immunoblotting)结果则显示试验组TNF-α、p-NF-κB p65/NF-κB p65、p-IKKβ/IKKβ、p-IκBα/IκBα蛋白表达水平下降(P<0.05)。表明PC对NAFLD细胞模型有一定的保护作用，可能机制是PC降低NAFLD细胞模型中TNF-α、IL-6和IL-1β等促炎性细胞因子水平，抑制IKK、IκB和NF-κB p65磷酸化。这提示PC可能通过抑制NF-κB信号通路抑制炎症反应，减轻NAFLD影响。
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