基于文献计量的植物表型组学研究进展分析

李晓曼; 张扬; 徐倩; 谢能付; 《农业大数据学报 》 2019

摘要：[目的]为了掌握植物表型组学研究的发展脉络和现状,本文基于文献计量学方法探讨了植物表型组学的研究现状.[方法]本研究基于Web of Science核心合集数据库分析了1995-2018年的学术论文,利用多个指标从学术产出(年度变化趋势分析、 国家和地区分析、 期刊分析和学科领域分析)和学术合作(国家合作情况分析和机构合作情况分析)两个方面对植物表型组学文献进行了统计分析.同时,本文使用Web of Science数据库文献分析平台和EXCEL、DDA等软件,利用共词分析方法构建文献关键词共现矩阵,进一步对矩阵进行聚类分析,并利用VOSviewer文献计量工具进行可视化.此外,本文构建了1995-2002年、2003-2010年、2011-2018年三个时间片的关键词共现矩阵,分析了不同时间片主题的变化情况.[结果]本文基于Web of Science共检索到与植物表型组学研究和应用相关的文献6800篇,发现植物表型组学文献数量整体呈上升趋势,现阶段正处于高速增长阶段.从学术产出归属国家和地区分布来看,美国发文量最多,中国排名第四.从国际合作来看,澳大利亚、 法国和西班牙国际合作论文占比较高,美国的占比靠后.虽然植物表型组组学研究已经呈现多学科合作发展趋势,但植物科学还是主体领域.从研究主题上看,主要包括遥感技术在表型组学中的应用、 植物表型组学基础研究、 利用光学成像的图像分析、 机器学习和计算机视觉技术、 利用不同植物种类如小麦和水稻的相关研究.

关键词： 文献计量学 植物表型组学 共现分析 遥感技术 机器学习 计算机视觉 数据挖掘 数据采集

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药怀菊1号优质高产高效栽培技术

梁慧珍; 余永亮; 许兰杰; 谭政委; 杨红旗; 董薇; 《农村.农业.农民(B版) 》 2019

摘要：药怀菊1号(鉴定编号:豫中药品鉴2018006)是河南省农业科学院芝麻研究中心药用植物研究室采用系统选育法新育成的药用菊花新品种,具有高产稳产、优质、综合抗性强、栽培管理简单等特点,适宜在河南怀菊花主产区及相近生态区域种植。一、药怀菊1号品种特征特性药怀菊1号生长势强,整齐度好,叶色深绿,叶缘为缺刻,叶片卵圆形至窄长圆形;花期早,花朵集中,利于机械化采收;植株生长旺盛,高度适中,根系发达,株

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水貂阿留申病毒串联表位重组抗原的表达及血清学初步评价

秦飞燕; 孙杰; 马凡舒; 王洋; 柏玲; 张蕾; 闫喜军; 《中国兽医学报 》 2019 北大核心 CSCD

摘要：为探究水貂阿留申病毒(ADV)VP2主要抗原表位在水貂阿留申病血清学诊断中的作用,本试验将VP2蛋白主要抗原区的表位基因用柔性肽串联连接,将其克隆到表达载体pET-30a(+)中进行原核表达,并对诱导条件进行优化。利用Ni-NTA His-Bind纯化系统对融合蛋白进行纯化,经SDS-PAGE和Western blot鉴定表达产物,并将融合蛋白作为检测抗原进行CIEP试验。结果显示,融合蛋白在IPTG终浓度为1 mmol/L、37℃诱导表达4 h,蛋白表达量最高,其大小约为30 000,以可溶性表达形式为主;融合蛋白能与6×His单克隆抗体及ADV多克隆抗体发生特异性反应,说明该蛋白具有较好的反应原性;且该蛋白作为对流免疫电泳技术(CIEP)检测抗原与ADV阳性血清之间产生了明显的沉淀线,证实了该蛋白作为CIEP检测抗原的可能性。以纯化后的重组蛋白为抗原初步建立的间接ELISA方法具有较高的准确性。结果表明该蛋白具有良好的血清学检测价值,为水貂阿留申病血清学诊断方法的建立奠定了基础。

关键词： 阿留申病毒 VP2蛋白 表位基因 原核表达 CIEP ELISA

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河南不同地区棉蚜种群共生菌Wolbachia的检测及系统发育分析

李绍建; 高蒙; 王娜; 崔小伟; 桑素玲; 范腕腕; 王振宇; 《昆虫学报 》 2019 北大核心 CSCD

摘要：【目的】本研究旨在揭示河南省不同地区棉蚜Aphis gossypii种群共生菌Wolbachia的感染情况,明确Wolbachia的感染类型及分类地位。【方法】2016-2017年间采集河南省不同地区的13个棉蚜种群,通过扩增COI基因片段对其进行种类鉴定;通过扩增棉蚜种群中Wolbachia的wsp基因片段对其进行Wolbachia感染率的检测,应用neighbor-joining法构建系统进化树进行棉蚜种群中Wolbachia的系统发育分析。【结果】对河南省内不同地区采集的13个棉蚜种群的Wolbachia感染率而言,郑州(ZZ)种群最高(46.67%),信阳2(XY2)种群最低(6.67%),13个种群Wolbachia的感染率范围为6.67%～46.67%,平均感染率为28.35%。基于wsp基因构建的系统发育树表明,安阳和信阳的棉蚜种群感染的Wolbachia株系属于B大组,其余地区棉蚜种群感染的Wolbachia株系属于A大组。【结论】河南省不同地区的棉蚜种群Wolbachia感染率差别较大,且不同种群感染的Wolbachia株系分别属于A大组或B大组。

关键词： 棉蚜 Wolbachia wsp基因 系统发育分析 感染率 株系

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免疫分析技术在四环素类抗生素残留检测中的应用

曹金博; 王耀; 胡骁飞; 邓瑞广; 李燕虹; 孟继秋; 古绍彬; 《饲料工业 》 2019 北大核心

摘要：四环素类抗生素一类广谱性抗生素,主要用于治疗各种感染性疾病,但长期的违规滥用,导致其在动物源性食品以及环境中大量残留,严重威胁人类健康.因此,急需建立简单、灵敏的快速检测方法.免疫分析技术因其特异性强、灵敏度高等优势已成为快速检测方法研究的热点.本文主要综述了已在四环素类抗生素残留检测中应用的放射性免疫、酶联免疫、胶体金免疫层析以及电化学免疫传感器免疫分析方法,并对其发展方向进行展望.

关键词： 四环素类抗生素 残留 免疫分析 快速检测

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花生晚斑病抗病育种研究进展

吴丽军; 李双铃; 韩锁义; 夏晗; 迟玉成; 任艳; 石延茂; 尹亮; 王兴军; 袁美; 《山东农业科学 》 2019

摘要：花生晚斑病是一种世界性病害,可导致花生减产和品质降低,防治该病害最经济有效的方法是抗病品种的应用.本文介绍了花生晚斑病的危害和防治途径,对花生晚斑病的抗性种质资源挖掘、抗性遗传及抗病基因、分子标记、抗病品种的培育等多个方面的最新研究进展进行了综述,同时对加强花生晚斑病研究提出了一些建议.

关键词： 花生 晚斑病 病害防治 抗病育种

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牛IgG2 Fc受体的真核表达、纯化与结晶

黄晓静; 李睿; 马红芳; 冯丽丽; 乔松林; 邓瑞广; 张改平; 《西北农林科技大学学报(自然科学版) 》 2019 北大核心 CSCD

摘要：【目的】制备牛IgG2 Fc受体(boFcγ2R)蛋白并分析其结构与生物学功能,为进一步研究其免疫学功能奠定基础。【方法】PCR扩增boFcγ2R的胞外区基因片段,将其克隆至真核表达载体pMT/BiP/V5-His A构建重组pMT/BiP-boFcγ2R-His质粒,利用果蝇胚胎Drosophila Schneider 2(S2)细胞表达boFcγ2R胞外区重组蛋白,通过镍柱亲和层析、凝胶过滤层析对目的蛋白进行纯化,利用Dot-blot验证其生物学功能;采用蒸汽扩散坐滴法对目的蛋白进行结晶,对晶体进行X-ray衍射分析;利用去糖基化酶Endo Hf和PNGase F对目的蛋白进行处理,以验证其糖基化修饰与晶体无衍射之间是否存在因果关系。【结果】PCR扩增获得了663 bp的boFcγ2R基因胞外区片段。成功构建了pMT/BiP-boFcγ2R-His载体,将其转染S2细胞后诱导表达出26 ku的boFcγ2R胞外区重组蛋白。SDS-PAGE结果显示,通过镍柱亲和层析、凝胶过滤层析的纯化方法得到了高纯度的boFcγ2R胞外区重组蛋白;Dot-blot结果显示,该蛋白具有较好的生物学功能。蛋白结晶的2个条件是:体积分数15%Tacsimate~(TM)(pH 7.0)、0.1 mol/L HEPES (pH 7.0)、20 g/L PEG 3350和0.1 mol/L HEPES (pH 7.5)、250 g/L PEG 3350。蛋白初筛晶体无衍射,去糖基化试验验证了boFcγ2R胞外区蛋白初筛晶体无衍射可能与其糖基化有关的推测。【结论】得到了高纯度的boFcγ2R胞外区重组蛋白,获得其初筛晶体。

关键词： 牛IgG2 Fc受体 蛋白表达 蛋白结晶

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豫烟新品种生理特性的研究

韩会阁; 吴照辉; 阎小毛; 刘巧真; 俎建民; 梁涛; 高远; 郭芳阳; 《湖北农业科学 》 2019 北大核心

摘要：以河南省自育烤烟新品种豫烟6号、豫烟7号和豫烟10号为研究对象,比较分析其在自然条件下,生长发育关键时期(伸根期、旺长前期和旺长后期)土壤含水量、根系形态、根系活力、叶片脯氨酸含量和超氧化物歧化酶活性等生理特性的差异.结果表明,旺长后期,3个豫烟新品种的根系形态差异最大,其中豫烟7号的总根长、根表面积和根体积最大,豫烟6号次之,豫烟10号最小;旺长后期的根系活力和土壤含水量最低时的叶片脯氨酸含量及各时期叶片超氧化物歧化酶活性的大小顺序均为豫烟7号>豫烟6号>豫烟10号.在河南省烟区,豫烟7号的环境适应能力较强,豫烟6号次之,豫烟10号较差.

关键词： 豫烟新品种 根系形态 根系活力 脯氨酸 超氧化物歧化酶(SOD)

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玉米花期根系结构的表型变异与全基因组关联分析

张小琼; 郭剑; 代书桃; 任元; 李凤艳; 刘京宝; 李永祥; 张登峰; 石云素; 宋燕春; 黎裕; 王天宇; 邹华文; 李春辉; 《中国农业科学 》 2019

摘要：[目的]根系作为植株吸收水分和养分的重要器官,对玉米生长及产量的形成至关重要.研究玉米根系结构的遗传机制指导玉米高产育种实践.[方法]以111份玉米优异自交系为材料,于2017年在北京、陕西永寿、山西定襄和河南原阳4个环境下对玉米地下节根层数(RLN)、地下节根总条数(TRN)、地下节根角度(RA)、地下节根面积(RS)、地下节根体积(RV)和地下节根干重(RDW)等6个玉米根系相关性状进行调查.取4个环境的平均值作为6个根系相关性状的表型数据,对6个相关性状进行统计分析和相关性分析,对不同年代、不同类群自交系的地下节根相关性状进行差异分析.基于该群体全基因组152 352个高质量SNP标记,利用FarmCPU模型进行全基因组关联分析获得显著关联SNP位点,并在LD衰减距离范围内查找候选基因,对候选基因的功能进行富集分析.[结果]表型分析表明,6个地下节根性状均呈现正态分布,且均显示出较高的遗传力;相关性分析结果表明,地下节根层数和总条数均与地下节根角度和面积呈负相关,地下节根的角度、面积、体积和干重等4个性状之间相互呈现显著正相关关系;不同年代的玉米地下根系结构存在差异,地下节根层数和总条数在年代的更替间表现出下降的趋势,地下节根角度和面积在年代更替间表现出上升的趋势,根干重和根体积在各年代间无显著差异;玉米地下根系结构在类群间也存在差异,旅大红骨类群的6个地下节根性状值均高于其余类群.全基因组关联分析共检测到26个SNP位点与地下节根层数、总条数、体积和干重性状显著关联(P<0.00001),其中11个显著关联位点定位于前人报道的根系QTL区间内,2个显著关联SNP在地下节根层数和总条数中均被检测到.基于显著关联SNP位点共挖掘到177个候选基因,其中135个具有功能注释,Zm00001d037368可能为控制地下节根层数和总条数的一因多效候选基因.候选基因功能的富集分析结果显示,候选基因的功能主要涉及植物体内的代谢调节、应激反应、运输活性、催化活性、结合蛋白及细胞成分等.[结论]玉米自交系的根系结构在不同年代间和不同类群间存在不同程度的差异,采用全基因组关联分析策略挖掘控制玉米根系结构的相关遗传位点及候选基因,共检测到26个显著关联的SNP位点.

关键词： 玉米 节根 全基因组关联分析 候选基因

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不同施肥条件下毛叶苕子的腐解及养分释放特征

张成兰; 刘春增; 李本银; 张梦; 吕玉虎; 陈雪青; 曹卫东; 《应用生态学报 》 2019

摘要：利用田间埋袋法,研究不施肥、施氮肥、施石灰3种处理对豫南稻田毛叶苕子腐解及养分释放特征的影响.结果表明:不同施肥处理下毛叶苕子累积腐解率为65.3%~72.5%,腐解过程中呈现前11 d腐解较快、后期腐解缓慢并逐渐趋于平稳的趋势.不同处理养分释放率表现为钾>磷>碳>氮,试验结束时(翻压148 d),碳、氮、磷、钾的累积释放率分别为83.6%~84.6%、78.2%~81.2%、89.8%~91.4%、96.3%~97.0%.在整个腐解期内,毛叶苕子氮释放特征与腐解特征相似,与不施肥相比,施石灰促进毛叶苕子腐解及氮、磷、钾养分释放;施氮肥促进毛叶苕子磷释放,抑制钾释放;施石灰和氮肥对碳释放均无显著影响.施氮肥处理腐解0~11 d促进毛叶苕子腐解及氮释放,腐解11~148 d抑制毛叶苕子腐解及氮释放.采用一级动力学方程及对数函数方程拟合豫南稻区毛叶苕子腐解及碳、氮、磷、钾养分释放特征均达到显著水平,拟合方程的特征参数值与毛叶苕子腐解率及养分释放率呈显著相关.施用石灰促进毛叶苕子腐解及养分释放的效果优于施用氮肥;一级动力学方程及对数函数方程特征参数值可较好地描述毛叶苕子腐解及养分释放能力.

关键词： 毛叶苕子 豫南稻区 施肥 腐解特征 养分释放

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