科研产出
番茄病毒病种类及主要鉴定方法研究进展
《分子植物育种 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：番茄病毒病是影响番茄产量和品质的重要因素之一。为了明确近几年国内外番茄病毒病发生动态，本研究对2012—2022年以来，世界各地首次报道的番茄病毒病新种类、地区新记录进行了统计，对统计到的22种病毒从发现的时间地点、分布范围、传播方式及症状进行了阐述。明确了侵染中国番茄的病毒数量和种类，将中国报道的番茄病毒病种类由35种更新至44种。本研究从番茄病毒病的多种鉴定方法，针对一些常见病毒和新型病毒，提供了全面、快速的RT-PCR(PCR)检测方法。预测了可能会对中国番茄产业造成入侵危害的新病毒。为番茄病毒病的发生、发展和检测提供了最新数据，为做好番茄病毒病的全面监测和防控提供理论参考。
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基于全基因组重测序研究文昌鸡产蛋性能的影响因素
《畜牧兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：旨在通过研究文昌鸡进化过程的特征，深入理解影响产蛋性能的因素，为文昌鸡优良品种选育提供基础。本研究采集35只健康文昌鸡（35周龄，15公，20母）和30只健康江汉鸡（35周龄，10公，20母）的血液组织各3 mL提取DNA,采用全基因组重测序方法建库测序。首先，对于原始测序数据用trimmomatic软件过滤，获得高质量序列比对到鸡的参考基因组，GATK软件提取变异位点SNPs,设置参数质控去除低质量、假阳性变异位点，进一步采用snpEff对过滤的SNPs进行基因结构和功能注释。然后，比较文昌鸡和江汉鸡的群体结构差异，分别设置评估群体差异参数Fst、ROD、Tajima′s D的阈值，筛选受到选择的区域，并对这些区域的基因进行功能富集。结果表明：1)文昌鸡测序获得1.05 Tb clean data,平均每个样本大约29.97 Gb,测序深度大约28×;江汉鸡测序获得1.10 Tb clean data,每个样本大约36.72 Gb,测序深度大约35×;平均比对率＞98%。2)两个群体基因结构注释总数均是内含子＞基因间区＞上下游调控区＞编码区；系统进化树和主成分分析显示文昌鸡和江汉鸡亲缘关系较远；文昌鸡的连锁不平衡程度低于江汉鸡。3)与产蛋性能相关基因的功能富集结果主要包括3种必须氨基酸（缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸）代谢途径、钙离子沉积、金属肽酶抗氧化、肾上腺素和催乳素受体活性等功能，而且这些通路的基因都位于受到强烈选择的区域。综上所述，影响文昌鸡产蛋性能的因素主要包括必须氨基酸代谢、矿物质沉积和抗氧化、性腺激素分泌，这3个因素在进化过程中都受到强烈选择，对产蛋性能发挥重要调控作用。从进化分子遗传学角度研究鸡的产蛋机理，不但能够促进理解文昌鸡产蛋性能的进化特征，而且有助于加速高产蛋鸡品种或品系的培育。
关键词： 文昌鸡 全基因组重测序 遗传选择 产蛋性能 影响因素
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茶树基因组SSR位点挖掘及荧光标记开发
《分子植物育种 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：基于NCBI数据库公开的茶树‘舒茶早’(Camellia sinensis var.'Shuchazao')全基因组序列，通过MISA在线分析工具挖掘SSR位点，并使用Primer 3.0软件批量开发设计引物，随机挑选引物检测有效性，采用荧光标记毛细管电泳技术验证筛选多态性较高的引物。结果表明，茶树全基因组中共挖掘659 053个SSR位点，相对丰度212个/Mbp。二核苷酸重复类型数量最多(469 096个,占比71.18%)、长度最长(8 725 988 bp,占比61.34%)、出现频率最高(151.06个/Mbp)、密度最大(2 809.97 bp/Mbp)，三核苷酸重复类型数量(99 716个,占比15.13%)、长度(2 801 472 bp,占比19.69%)、出现频率(32.11个/Mbp)、密度(902.14 bp/Mbp)均次之。6个串联重复的SSR基序类型最多(146 844个,占比22.28%),7个串联重复的SSR基序类型数量次之(87 136个,占比13.22%)。从200对随机引物中筛选出137对引物可以扩增成功，其中82对可能存在多态性，使用8个茶树栽培品种进行筛选验证，其中22对引物具有多态性，其等位基因数(Na)、有效等位基因数量(Ne)、香农遗传多样性信息指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、固定指数(F)、多态性信息含量(PIC)平均值分别为5.091、3.387、1.347、0.591、0.675、0.122、0.634，筛选出的引物中有20对高度多态性信息引物(PIC>0.5)、2对中度多态性信息引物(0.4 关键词：
茶树(Camellia sinensis)
全基因组
SSR标记
引物多态性
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番茄青枯病对海南不同质地砖红壤肥力的影响
《热带作物学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：本研究以海南不同质地砖红壤（文昌市文城镇砂土、儋州市大成镇壤土、澄迈县永发镇黏土）为试验对象，探究番茄青枯病对海南不同质地砖红壤肥力的影响。青枯病发生后，比较处理组和对照组植株发病情况，以及比较处理组和对照组根系土壤的理化性质（pH、有机质-OM、有效氮-AN、有效磷-AP、有效钾-AK、孔隙度-SP、容重-BD、质量含水量-MWC）与酶活力（过氧化氢酶-CAT、过氧化物酶-POD、蔗糖酶-SC、脲酶-UE、酸性磷酸酶-ACP），分析青枯病发生与各指标的关系；通过Spearman相关性分析与冗余分析（RDA）确定土壤受番茄青枯病显著影响的肥力指标。结果表明：在3种质地土壤中，黏土青枯病发病率、病情指数最高，而壤土最低；3种质地土壤处理组的pH、AP、SP、POD均低于对照组，黏土处理组的AN、AK、MWC、UE均高于黏土对照组，而壤土处理组的CAT、ACP、MWC、BD高于对照组；Spearman相关性分析结果显示3种质地土壤的OM含量、AP含量、SP、POD活力均与发病率呈负相关，其中砂土的pH、ACP与发病率呈显著负相关（P<0.05）,CAT、UE与青枯病发病率呈显著正相关（P<0.05）；壤土的pH、OM、POD、UE与发病率呈显著负相关（P<0.05）,CAT、ACP与发病率呈显著正相关（P<0.05）；黏土的SP、POD活力与发病率呈显著负相关（P<0.05）,AK含量与DI呈显著正相关（P<0.05）。RDA结果表明对照组与处理组的SP、OM与AN含量与UE相关性高，对照组与处理组的SP、AK分别与ACP、CAT相关性较高。青枯病发生后，砂土与壤土的对照组、处理组大部分肥力指标均低于黏土，但土壤肥力水平并不是青枯病发生的充分条件；尽管如此，土壤大部分肥力指标会因青枯病爆发而降低。砂土中青枯病发病率、病情指数低于黏土的可能原因是砂土的AP含量较高，壤土的青枯病发病率、病情指数最低主要由于较低的pH条件不适宜青枯菌生存。黏土青枯病病害情况最严重，其pH、氮素水平、质量含水量均适宜青枯菌的生长繁殖，而且潜在的有益微生物群落相对丰度也可能低于砂土与壤土。因此，不同质地土壤的青枯病防治措施应当因地制宜。本研究相关结论可为今后海南青枯病防治体系的建立提供理论依据。
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海南粟类种质资源营养品质分析
《分子植物育种 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为明确海南粟类资源的营养成分及其利用价值,对其主要营养成分、矿质元素和维生素等进行测定.结果表明,海南粟类资源与北方资源营养成分含量差异较大,淀粉和磷元素含量高于北方品种,狗尾粟的总氨基酸、维生素B1和锌含量高于北方品种,鸭脚粟的粗蛋白含量高于北方品种,其余指标与相当或低于北方品种.海南各地区资源性状存在不同程度差异.鸭脚粟粗蛋白、粗脂肪、总淀粉、氨基酸含量分别为8.65~10.40 g/100 g、1.1~1.3 g/100 g、73.11%~75.04%、8.62%~10.36%,钙含量达到 1 361.0~1 601.0 mg/kg,属于中等糊化温度、硬胶稠度米,适宜开发为极具潜力的天然补钙功能食品.狗尾粟与黍的大部分性状相似,粗蛋白、粗脂肪、总淀粉、氨基酸含量分别为 11.70~12.70g/100g、2.1~3.2 g/100 g、78.60%~82.01%、11.12%~12.54%,直链淀粉含量均低于2%,维生素B1含量为0.100 9~0.610 0 mg/100 g,磷含量达到307.0~385.0 mg/100 g,全部为糯质型米,属于中低糊化温度、中等或软胶稠度米,米质较优,适宜煮粥或开发风味小吃.
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永生化猪视网膜色素上皮细胞的建立及初步应用
《西北农林科技大学学报(自然科学版) 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：[目的]建立永生化猪视网膜色素上皮细胞系,为病毒学研究提供一种新的细胞材料.[方法]合成猪腺病毒3型E1基因,将其克隆至真核表达质粒pCI-neo中,构建E1基因真核表达质粒pCI-neo-E1,进行PCR和测序鉴定.提取pCI-neo-E1质粒,转染原代猪视网膜色素上皮细胞,用新霉素G418筛选猪永生化视网膜色素上皮细胞系(RPECs).检测RPECs的角蛋白18和19,通过细胞计数测定其生长曲线,流式细胞仪检测细胞周期,并对其进行染色体核型分析.分别将猪流行性腹泻病毒(PEDV)CV77毒株、猪圆环病毒2型(PCV2)DBN-SX07株和猪伪狂犬病毒(PRV)Bartha-K61株接种RPECs,同时将PEDV CV77毒株接种绿猴肾细胞(Vero细胞),将PCV2 DBN-SX07株接种猪肾细胞(PK15细胞),将PRV Bartha-K61株接种仓鼠肾成纤维细胞(BHK细胞),观察细胞病变效应(CPE),并采用间接免疫荧光法测定病毒的滴度.[结果]PCR和测序结果显示,真核表达质粒pCI-neo-E1构建成功.将pCI-neo-E1转染原代猪视网膜色素上皮细胞,经G418筛选得到永生化细胞株,该细胞株表达角蛋白18和19,传代50代仍保持上皮样细胞形态,增殖活性良好,细胞周期及染色体核型特征与正常的二倍体细胞一致.PEDV CV77毒株感染猪RPECs 24 h后,CPE明显,滴度为105.25TCID50/mL,低于其在Vero细胞中的滴度(108.125 TCID50/mL).PCV2 DBN-SX07毒株感染猪RPECs后可产生明显CPE,病毒滴度为106.125TCID50/mL,略高于其在PK15细胞上的滴度(106 0TCID50/mL).PRV Bartha-K61 毒株感染猪 RPECs 后,CPE 明显,病毒滴度为 108.75 TCID50/mL,略低于其在BHK上的滴度(108.875 TCID50/mL).[结论]成功构建了永生化猪视网膜细胞系,可用于猪源病毒的培养,尤其是培养PCV2可产生明显CPE,易于观察,为后续开展疫苗工艺的提升提供了一种新的细胞材料.
关键词： 猪视网膜色素上皮细胞 永生化 猪流行性腹泻病毒 猪圆环病毒2型 猪伪狂犬病毒
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m~6A和miRNA协同调控北京鸭胚胎期骨骼肌发育的研究
《中国畜牧兽医 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】试验旨在研究胚胎期miRNA和N6-甲基腺嘌呤（m~6A）在北京鸭胸肌发育中的调控作用，以期为了解北京鸭胸肌发育规律奠定基础。【方法】收集E13和E27两个阶段的北京鸭胚胎胸肌，利用甲基化RNA免疫共沉淀结合高通量测序（MeRIP-Seq）和小RNA高通量测序（miRNA-Seq）来鉴定在北京鸭胚胎胸肌细胞分化过程中可能存在的受m~6A调控的相关差异基因，再联合miRNA及其靶基因分析其功能。【结果】miRNA-Seq结果显示，差异显著miRNAs有181个，通过靶基因预测到11 176个靶标，包括m~6A相关基因以及肌肉发育相关基因。MeRIP-Seq在E13和E27组分别检测到14 344和14 016个m~6A峰，分别映射到8 248和7 763个已知基因。E13与E27时期m~6A共3 240个，映射到2 767个差异甲基化基因（differentially methylated genes, DMGs）。DMGs的GO和KEGG分析显示，DMGs主要富集于肌肉发育、脂肪沉积相关通路，同时也富集到很多和肌肉发育相关的基因，如MTPN、MYF6和MYF5。miRNA-Seq检测到5 556个差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）,GO和KEGG通路分析结果表明，这些DEGs在Wnt信号通路、代谢途径、脂肪酸显著富集，提示DEGs可能参与了脂肪细胞分化和脂肪代谢过程。miRNA-Seq和m~6A-Seq关联分析显示，共检测到1 517个差异甲基化和表达相关基因（differential expression and methylation genes, DEMGs）,对这些DEMGs的GO和KEGG分析显示，DEMGs主要富集在肌肉发育相关通路中。【结论】m~6A甲基化修饰和miRNA对北京鸭骨骼肌发育和脂肪沉积有重要影响。
关键词： miRNA m~6A甲基化修饰 高通量测序 北京鸭
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文昌鸡胚胎期胸肌发育特征的研究
《中国畜牧杂志 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为研究文昌鸡胚胎期胸肌发育规律及肌肉调控基因（MyoG、MRF4）对肌纤维发育的影响，本研究挑选了100枚蛋重（40±2） g的文昌鸡种蛋进行同条件孵化，测定8～20日胚龄（E8～E20）的胚胎重和胸肌重，计算其胸肌率，并取胸肌进行冰冻组织切片，观察胚胎期胸肌纤维变化情况。随后采用实时荧光定量（qRT-PCR）方法分析其胸肌中MRF4、MyoG、β-actin的表达量。结果显示：文昌鸡胚胎重在E19前随着胚龄增加而增加，在E19后略微下降；胸肌重在E16前随着胚龄增加而增加，并在E16后波浪式下降；胸肌率在E8～E14呈波浪式上升，E14后显著下降。E8～E14阶段成肌细胞大量增殖；E14阶段成肌细胞开始出现少量融合分化形成的多核肌管；E16阶段细胞核开始完全移动至肌纤维周围，肌纤维雏形形成；到E20阶段胸肌肌纤维已经具备成年动物肌纤维相同的形状。MYOG和MRF4在胸肌中分别在E14和E16达到表达高峰。综上，E14至E16阶段是文昌鸡胚胎胸肌发育最快的时期，是胸肌发育的关键转折期，其中，E14是胸肌从增殖到融合的关键过渡点，而E16是胸肌肌纤维成熟的关键点。本文通过探究文昌鸡胸肌发育与其关键调控基因之间的潜在联系，为制定高效养殖策略并提升文昌鸡胸肌产量提供了理论依据。
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PRRSV HNHK3-2021毒株的ORF5和ORF7序列分析
《新疆农业科学 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究海南猪繁殖与呼吸综合征病毒PRRSV的流行病学特征和遗传变异规律。【方法】采集海南省海口市及周边地区样品，分离出PRRSV HNHK3-2021毒株，并测定NSP2基因以及ORF5和ORF7基因序列，采用Lasergene 7.1进行序列比对分析，用MEGA-X进行遗传演化分析。【结果】分离出的PRRSV HNHK3-2021株为美洲型毒株，PRRSV HNHK3-2021株和EF112447 HEB1、EU109503 GD、EU624117 XH-GD的ORF5和ORF7的核苷酸相似性较高，分别为99.2%～99.3%和99.5%～100%,推导氨基酸相似性为99%～99.5%和100%;PRRSV HNHK3-2021株和EU864232 SHB、AY262352＿HB-2(sh)2002、AY656990 Abst-1、AY032626 CH-1a、EU807840 CH-1R的ORF5和ORF7的核苷酸相似性为87.1%～96.4%和91.4%～97.3%,推导氨基酸的相似性为86.6%～93%和91.9%～97.6%;PRRSV HNHK3-2021株和JN654459 NADC30、KP860909 FJZ03、MH068878 SD17-38、AY881994 FJ-1的ORF5和ORF7的核苷酸相似性为85.4%～87.1%和89%～91.4%。氨基酸的相似性为86.1%～87.1%和89.5%～91.9%。【结论】RRSV HNHK3-2021毒株和EU624117 XH-GD具有最近的遗传距离。
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不同叶螨对加州新小绥螨发育和繁殖的影响
《中国生物防治学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为明确以橡胶3种不同叶螨为食物对加州新小绥螨生长发育和繁殖的影响，探讨其释放于橡胶园建立种群的可能性，在室内27℃±1℃、RH 75%±5%和光周期12L:12D条件下，采用特定时间生命表研究方法对以东方真叶螨、比哈小爪螨和六点始叶螨为食物时的加州新小绥螨试验种群特性进行了研究，并分析其种群特征指数的差异。结果表明：以东方真叶螨、比哈小爪螨和六点始叶螨为食物，加州新小绥螨的世代发育历期分别为6.88d、8.03d和13.16d，三者之间差异显著；其存活率分别为100%、100%和82.98%。加州新小绥螨雌成螨寿命和产卵量以3种不同叶螨为食物时差异显著，以东方真叶螨为食物加州新小绥螨雌成螨寿命最长，产卵量最高，分别为34.59 d和42.38粒/雌；其次为比哈小爪螨，分别为26.01 d和29.19粒/雌；而以六点始叶螨为食物不利于加州新小绥螨雌成螨的存活和产卵，其雌成螨寿命和产卵量分别仅为13.60 d和1.47粒/雌。以东方真叶螨为食物，加州新小绥螨的净增殖率和内禀增长率最大，分别为28.700和0.273；其次为比哈小爪螨，分别为19.661和0.231；而以六点始叶螨为食物其内禀增长率为-0.013。综上，东方真叶螨最利于加州新小绥螨的种群增长，其次为比哈小爪螨，而六点始叶螨单一发生的条件下加州新小绥螨的种群无法维持，但以3种不同叶螨同时为食物时加州新小绥螨的种群增长还有待研究。
关键词： 加州新小绥螨 东方真叶螨 比哈小爪螨 六点始叶螨 橡胶
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