科研产出
马铃薯(Solanum tuberosum L.)全基因组水平上LTR-逆转座子的鉴定与进化分析
《基因组学与应用生物学 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：LTR-逆转座子是构成基因组特别是植物基因组的重要组分。它们在寄主基因组的进化过程中起到重要作用。马铃薯是重要的经济作物和粮食作物,其全基因组序列的公布为进一步研究其遗传组成和演化提供了基础。本文以马铃薯全基因组序列为材料,用结构分析和同源比对的方法分离得到9 318个完整的LTR-逆转座子,7 281个非完整(truncated)LTR-逆转座子元件和3 657个solo LTR元件。进一步研究表明,gypsy类转座子在距今两百万年(million years ago,MYA)时转座活性被抑制,而copia类元件活跃至今。马铃薯和番茄比较基因组学的研究表明,LTR-逆转座子序列变异率为18.73%,远高于基因序列的7.37%和CDS序列的5.01%。
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盐胁迫下象草叶片的显微结构
《江苏农业学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：苏牧2号象草是中国目前仅有的耐盐象草新品种,为明确象草叶片显微结构与耐盐性的关系,利用盆栽试验,对不同浓度海盐胁迫下苏牧2号象草(Pennisetum purpureum Schumach cv.Sumu No.2)和N51象草叶片横切面进行观察,分析叶片厚度、叶片上下表皮厚度、叶片主脉直径、叶片维管束面积、叶片厚壁组织面积以及叶片泡状细胞面积的变化特征。结果表明:盐胁迫至40 d时,苏牧2号叶片厚度、上表皮厚度显著高于对照(无海盐处理),0.8%盐胁迫时N51象草叶片厚度显著降低;0.4%盐胁迫处理40 d时,苏牧2号象草的叶片主脉直径显著高于对照和0.8%盐处理;0.8%和0.4%2种盐胁迫下苏牧2号象草叶片维管束面积均显著高于对照;0.4%盐胁迫处理40 d时,N51象草叶片厚壁组织面积显著高于对照和0.8%盐处理;盐胁迫10 d,N51象草盐处理泡状细胞面积显著高于对照,而苏牧2号在0.8%高浓度盐胁迫时泡状细胞面积才显著高于对照;胁迫至40 d时,随盐浓度提高,N51象草的泡状细胞面积显著降低,而苏牧2号象草的泡状细胞面积显著高于对照。
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湖羊、东湖杂种羊POMC基因外显子3单核苷酸多态性及其与生长性状的关联分析
《遗传 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：阿黑皮素原(Pro-opiomelanocortin,POMC)在动物采食和能量平衡调控中发挥重要作用,文章对绵羊POMC基因外显子3进行扩增和测序,筛选多态性位点,并分析多态位点与湖羊和东弗里生×湖羊杂种羊生长性状的相关性。测序后发现湖羊POMC基因外显子3有2个单碱基突变(g.273T/C和g.456G/A),根据273位点处发生的T/C突变,建立PCR-RFLP分析方法,并对162只湖羊和130只东湖杂种羊进行检测分析。结果发现,在湖羊群体中检测到TT(0.469)、TC(0.438)和CC(0.093)3种基因型,而在东湖杂种羊群体中仅检测到TT(0.754)和TC(0.246)两种基因型。POMC基因外显子3的273位点多态性与生长性状的相关性研究结果显示:湖羊群体中CC基因型个体的2月龄断奶重、4月龄尻高及TC基因型个体4月龄体长和管围均显著高于TT型个体(P<0.05);CC基因型个体的4月龄重、6月龄重极显著高于TT和TC基因型个体(P<0.01);CC基因型个体的4月龄体高和体长极显著高于TT型个体(P<0.01),且显著高于TC基因型个体(P<0.05)。此外,CC型个体的管围极显著高于TT基因型个体(P<0.01)。东湖杂种羊群体中TC基因型个体的2月龄断奶重、4月龄重及4月龄体高、体长、胸深和管围都显著高于TT型个体(P<0.05),TC型个体的6月龄重极显著高于TT型个体(P<0.01)。研究结果表明,POMC基因外显子3与绵羊生长性状相关,C等位基因对体重及体尺性状的增加更有利。该结果为进一步探讨POMC基因作为绵羊生长性状的辅助选育标记奠定了基础。
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新城疫病毒毒力分子机制研究进展
《江苏农业学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：新城疫是由新城疫病毒引起的一种能够感染多种鸟类的烈性传染病,尤其对鸡、鹅等常见家禽具有高度的传染性和致死性。NDV属于副黏病毒科副黏病毒亚科禽腮腺炎病毒属,为囊膜包裹的、不分节段的、单股负链RNA病毒。NDV只有一个血清型,根据其长度分为Class I和ClassⅡ2大系谱。NDV基因组含有6个开放式阅读框,分别编码核衣壳蛋白、磷蛋白、基质蛋白、融合蛋白、血凝素-神经氨酸蛋白和大蛋白。此外,在P基因转录过程中,NDV通过RNA编辑机制编码额外的2种非结构蛋白质,即V和W。鉴于新城疫病毒的广泛传播性和高度的致死性,本文着重从NDV毒力的评价指标、NDV的侵入机制与毒力、NDV的复制与毒力、NDV免疫逃避机制与毒力、NDV非编码区基序与毒力5个方面来阐述,以期为深入研究不同毒株间的致病性差异以及进一步防控新城疫病毒奠定基础。
杂交油菜宁杂11号种子纯度SSR标记快速检测方法
《分子植物育种 》 2013 CSCD
摘要：本研究以杂交油菜新品种宁杂11号为研究对象,利用SSR分子标记技术,筛选出共显性标记引物Na10-E02,建立了一套油菜杂交种纯度的快速分子检测方法:种子利用夜间萌发,碱裂解法快速提取DNA,PCR反应2h,电泳1.5h,简化的银染法染色10min,从获取样品种子到出检测结果只需要不到一天的时间,一个熟练科技人员每个工作日至少可以完成6×96=576粒种子的检测量。利用这套技术对生产中大面积制种的9个样品纯度检测结果与田间种植鉴定的实际纯度结果极显著正相关,相关系数达到0.984(P<0.01),表明这套技术可以用于宁杂11号杂种纯度的快速准确鉴定。
关键词： 甘蓝型油菜 杂交种 宁杂11号 SSR标记 纯度鉴定
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粪肠球菌R-612-Z1在不同贮藏条件盐水鸭中的生长变化规律
《江苏农业学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：摘要:为研究不同贮藏条件下盐水鸭肉中粪肠球菌R-612-Z1的生长情况,在无菌条件下对巴氏消毒后盐水鸭肉进行以下处理:将粪肠球菌R-612-Z1菌悬液喷洒至鸭肉上,真空包装0℃贮藏(M1)、托盘包装0℃贮藏(M2)、真空包装4℃贮藏(M3)、托盘包装4℃贮藏(M4)、真空包装10℃贮藏(M5)、托盘包装10℃贮藏(M6),分别设置空白对照.在10d的贮藏过程中,各样品的pH值均显著降低(P〈0.05),其中10℃贮藏的样品pH值比0℃、4℃样品pH值显著降低(P〈0.05).在贮藏1d后,各处理组的pH值均小于对照组.6组处理样品中粪肠球菌和菌落总数均在第4d显著增加,在第10d显著降低.M6处理组样品中粪肠球菌和菌落总数最高.各对照组粪肠球菌和菌落总数在储藏期间均呈上升趋势.通过PCR-DGGE可知,粪肠球菌在试验贮藏过程中生长良好,并且对其他菌种有一定的抑制作用.PCR-DGGE图谱显示,处理组样品中菌落多样性比对照组低.贮藏温度对菌相的影响较大,而包装方式对菌相没有显著影响.结果表明,10cC贮藏最适宜粪肠球菌生长,能显著降低鸭肉pH值,抑制样品中某些微生物的生长.
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小麦赤霉病菌拮抗菌AF0907的分离鉴定及其拮抗特性
《江苏农业学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为了分离筛选对小麦赤霉病菌有拮抗作用的细菌,并研究其拮抗特性。采用系列稀释法和平板对峙法从土壤中分离筛选小麦赤霉病菌拮抗菌;采用16 SrDNA序列分析和生理生化特性进行拮抗菌的鉴定;采用平板对峙法研究拮抗菌的拮抗谱;通过田间喷施试验研究拮抗菌对小麦赤霉病的防治效果。结果显示:从土壤中分离筛选到小麦赤霉病菌拮抗菌AF0907,根据其形态、生理生化特性以及16 SrDNA序列分析,菌株AF0907被鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。AF0907对10种常见的植物病原菌都具有拮抗效果;菌株AF0907可以抑制禾谷镰刀菌菌丝的生长,也能抑制病原菌孢子的萌发。田间试验结果显示:拮抗菌AF0907可以有效地降低小麦赤霉病的发病率,先喷施拮抗菌液再喷施赤霉孢子液处理下防治效率可以达到40.37%。
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猪PRRS抗性筛选单核细胞来源巨噬细胞模型的建立
《南京农业大学学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：采用密度梯度离心法分离猪外周血单核细胞(PBMCs),通过添加GM-CSF刺激使PBMCs转化为外周血单核细胞来源巨噬细胞(MDMs);比较了猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染MDMs和肺泡巨噬细胞(PAMs)不同时间的病毒载量及病毒TCID50,研究了PRRSV体外感染猪MDMs后复制和滴度的变化规律。结果表明:PBMCs转化的MDMs具有很好的墨汁吞噬能力,MAC387标记阳性;GM-CSF刺激PBMCs转化为MDMs的最适质量浓度为20 ng.mL-1,刺激时间为72 h时MDMs转化率最高;PRRSV体外感染12 h时MDMs中病毒载量达到最高值,随后迅速下降;细胞上清液的病毒滴度在12～24 h进入平台期,然后转入衰亡期,与PRRSV在PAMs中增殖趋势相似。本试验建立的PRRS抗性筛选MDM模型,具有受检猪只损伤小、简便易行的特点,可代替PAM细胞模型用于评价猪对PRRS的抗性。
关键词： 猪繁殖与呼吸综合征(PRRS) 单核细胞来源巨噬细胞(MDM) 肺泡巨噬细胞(PAMs) 抗性 猪
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西瓜防御素(ClPDF)基因挖掘及序列分析
《华北农学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为明确西瓜防御素基因(ClPDF)的结构和功能,采用生物信息学方法对西瓜防御素基因进行了详细的全基因组挖掘和序列分析。结果表明,从西瓜基因组中共获得7个防御素基因,ClPDFs基因编码的氨基酸序列都含有高度保守的8个半胱氨酸、1个甘氨酸、1个丝氨酸和1个芳香族氨基酸残基。分析发现,ClPDFs基因在理化性质上有一定的差异。系统进化分析说明,ClPDFs与拟南芥PDF2基因家族聚为一类。二级结构预测结果说明,所有ClPDFs序列均以不规则卷曲为主要组成元件,在延伸链和α-螺旋组成上存在差异。信号肽和跨膜结构预测结果相似,仅有1条序列无信号肽,1条序列有跨膜区,而其他序列都含有信号肽、无跨膜区。证明了西瓜防御素基因为多基因家族,都含有高度保守的结构域,但在结构上西瓜防御素基因差异较大,为进一步探讨西瓜防御素ClPDFs的生物功能奠定了基础。
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