科研产出
电洗脱法和透析在紫菜腐霉PacBio全基因组测序DNA样品纯化中的应用
《中国海洋大学学报(自然科学版) 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：紫菜腐霉(Pythiumporphyrae)是一种专性侵染紫菜并引起紫菜赤腐病的病原菌。为了深入了解紫菜腐霉的遗传信息,本文计划对其开展全基因组测序,而制备高质量的DNA样品是关键性工作。海洋生物生境和代谢的特殊性,细胞中富含的一些次级代谢物质往往影响着DNA样品的质量。紫菜腐霉的基因组DNA样品中具有严重的RNA污染,即使通过延长RNase A降解时间和增加降解次数也不能完全消除其中的RNA,无法获得满足于PacBio文库构建和测序的DNA样品。本研究首先通过琼脂糖凝胶电泳(Agarosegel electrophoresis,AGE)来区分DNA和RNA,然后将DNA条带所在的胶块切下并放入透析袋中继续电泳,使DNA从胶条中迁移到透析袋内的缓冲液中,从而获得DNA的TAE溶液。然后通过透析的方法去除DNA的TAE溶液中的乙酸钠,最终获得DNA的TE溶液。经AGE检测发现DNA条带清晰、无RNA污染;经脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)检测发现DNA完整性较好,可用于PacBio文库的构建和测序。
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不同养殖方式对鳙肠道细菌群落结构的影响
《南方农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】评价不同养殖方式对鳙肠道微生物菌群种类及其多样性的影响,为发展鳙的健康养殖提供参考依据。【方法】设生物絮团组、施肥组和网箱吊养组3种养殖方式,经过8周的饲养周期后,运用PCR-DGGE对不同养殖方式下鳙肠道定植菌进行比较分析。【结果】鳙肠道细菌多样性排序为生物絮团组>施肥组>网箱吊养组,其中,生物絮团组与施肥组、生物絮团组与网箱吊养组、施肥组与网箱吊养组的DGGE图谱相似性依次为53.8%、39.4%和42.8%。生物絮团组鳙肠道的特异条带代表α-亚群的葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、绿弯菌(Chloroflexi)和几类不可培养细菌(EU585886.1、FN824844.1、GU498473.1、GU486235.1和JN399992.1);施肥组和网箱吊养组鳙肠道的特异条带代表梭菌属(Clostridium)、气单胞菌属(Aeromonas)及不可培养细菌(EU376178.1)。【结论】生物絮团的应用能有效增强养殖鳙肠道微生物菌群组成多样性,降低气单胞菌在鳙肠道的分布,可作为高蛋白饵料类型被鳙摄食。
关键词： 鳙 肠道 细菌群落 生物絮团 养殖方式 PCR-DGGE
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气候变化对长江口和黄河口渔业生态系统健康的潜在影响
《渔业科学进展 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：本研究采用层次灰色综合评价模型,结合动态生物气候分室模型预估的长江口和黄河口鱼类资源密度增量分布结果,对不同气候变化情景(RCP2.6、RCP6.0和RCP8.5)对长江口和黄河口渔业生态系统健康的潜在影响进行了分析。从生态环境、生物群落结构和生态系统功能三个层面构建了长江口和黄河口渔业生态系统健康评价体系。2015–2050年,长江口和黄河口渔业生态系统健康水平随着温室气体排放程度的增加而降低,即RCP2.6情景下健康水平最高,RCP6.0情景次之,RCP8.5情景最低。两个河口的健康水平随时间推移在RCP2.6情景下呈现出"高–低–高"的变化趋势;在RCP6.0情景下呈现出"低–高–低"的变化趋势;在RCP8.5情景下两个河口略有差异,黄河口呈"高–低–高"的变化趋势,长江口呈"低–高–低"的变化趋势。若以2050年渔业生态系统健康水平作为"最终状态",两个河口RCP2.6情景下的健康水平高于RCP6.0和RCP8.5情景:长江口RCP2.6情景下的健康评价值为0.61,是RCP6.0和RCP8.5情景下健康评价值的1.9倍和1.8倍;黄河口RCP2.6情景下的健康评价值分别是RCP6.0和RCP8.5情景的2.8倍和2.2倍。
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高糖饲料对吉富罗非鱼生长性能、饲料利用和糖脂代谢的影响
《南方水产科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为探讨高糖饲料对吉富罗非鱼(GIFT Oreochromis niloticus)生长性能、饲料利用和糖脂代谢的影响,设置糖水平为34%的对照饲料(C组,能量水平13.68 k J·g-1)、糖水平为48%的高糖高能饲料(HCE组,能量水平16.03 k J·g-1)和高糖等能饲料(HE组,能量水平13.81 k J·g-1),在室内循环水系统中饲养初始体质量(20.34±0.42)g的吉富罗非鱼幼鱼60 d。结果表明,HCE组和HE组的增重率、特定生长率、肝脏粗蛋白均显著低于C组(P<0.05),饲料系数、肝脏粗脂肪、肝糖原、总糖表观消化率、血清低密度脂蛋白胆固醇和高密度脂蛋白胆固醇均显著高于C组(P<0.05);HE组增重率、全鱼粗脂肪、血清甘油三酯和总胆固醇均显著低于HCE组(P<0.05);高糖组肝脏葡萄糖激酶显著高于C组,HE组葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、苹果酸酶、脂肪酸合成酶活性最高,C组最低(P<0.05);由肝脏组织切片看出,高糖饲料引起吉富罗非鱼肝脏细胞肿大变形,出现空泡,HCE组对肝脏损伤更加显著。研究结果表明,吉富罗非鱼能够耐受48%糖水平的饲料,但长期摄食导致鱼体糖脂代谢紊乱,尤其影响脂肪代谢,造成鱼体脂肪蓄积,肝功能损伤,不利于生长与健康。
关键词： 吉富罗非鱼 高糖饲料 生长性能 糖脂代谢 肝脏健康
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鱼组织中双去甲氧基姜黄素、去甲氧基姜黄素和姜黄素含量的超高效液相色谱法测定
《分析测试学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：建立了黄颡鱼、团头鲂和草鱼血浆、肌肉、肝脏、肾脏中双去甲氧基姜黄素、去甲氧基姜黄素和姜黄素同时测定的超高效液相色谱紫外检测法(UPLC-UV)。样品经乙腈(含0.01%乙酸)提取,无水硫酸钠除水,正己烷去脂等样品处理,在ACQUIT UPLC BEH C18色谱柱上分离,428 nm波长处测定。双去甲氧基姜黄素、去甲氧基姜黄素和姜黄素在0.01~5.00 mg/L浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数(r2)分别为0.998 7,0.999 8和0.999 6。在空白鱼组织中进行0.025,0.05,0.50,1.00 mg/kg 4个水平的加标回收实验,3种待测组分的平均回收率为64.7%~102.2%,相对标准偏差为0.69%~10.8%。鱼组织中3种待测组分的检出限(LOD)均为0.010 mg/kg,定量下限(LOQ)均为0.025 mg/kg。应用该方法研究了姜黄素在团头鲂体内的药代动力学规律。
关键词： 鱼组织 双去甲氧基姜黄素 去甲氧基姜黄素 姜黄素 超高效液相色谱
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中东大西洋中部海域小型中上层鱼类集群形态与时空分布特征
《海洋渔业 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：利用2014年11月17日~12月2日我国拖网渔船在中东大西洋部分区域(塞内加尔共和国专属经济区)作业时获取的FURUNO FCV-292型船载探鱼仪声学映像资料,结合渔业声学原理与水文环境数据,分析了该海域小型中上层鱼类的集群分布特征。结果显示:调查期间该海域底拖网渔船捕获主要小型中上层渔业资源为北梭鱼(Albula vulpes)、斑鳍圆鰺(Decapterus rhonchus)与黑斑十指马鲅(Galeoides decadactylus)等鱼类,分别占总渔获量的11.23%、11.34%,5.78%,其它捕捞种基本为底栖鱼类;将鱼群集群类型分为散点状、短带状、散带状、块状与带状等5种集群类型,统计了每种集群类型出现的站位地理信息,5种集群类型占比依次为22.4%、15.3%、27.6%、22.4%与12.2%;在水平尺度上,鱼群集中分布于海表温度为27℃与28℃等温线之间的水域,且集中现象明显,两个集中区域分别位于近岸海域中部与南部;鱼群主要栖息水层深度为10~30 m,占整个水层的90%以上;受水温垂直梯度变化影响较小,对盐度的垂直变化有一定的应激行为;鱼群的形态在夜间分散日间聚集,夜间多表现为散点状集群,日间多表现为短带状、块状与带状等聚集程度高的集群类型;集群数量表现出明显的日间多夜间低的变化趋势。结合历史研究讨论了该海域主要中上层鱼类资源情况;分析了鱼群集群类型与生物量的内在关系,发现在生物量上表现出较高水平的集群类型为散带状与带状,此结论可在一定程度上指导渔船的瞄准捕捞。
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红唇薄鳅2个野生群体的遗传多样性研究
《水产科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：采用9个微卫星DNA标记对长江支流岷江下游厥溪和长江上游干流朱杨溪红唇薄鳅的2个野生群体遗传多样性及遗传分化情况进行了研究。共检测出73条等位基因,其中厥溪群体中有55条等位基因,朱杨溪群体中有69条等位基因,两群体共有等位基因数为51条。厥溪群体和朱杨溪群体的平均等位基因数分别为6.111和7.667,平均观测杂合度分别为0.665和0.668;平均期望杂合度分别0.684和0.712,平均多态性信息指数分别为0.621和0.656,从各参数结果来看,朱杨溪群体的遗传多样性水平高于厥溪。AMOVA结果显示,大多数遗传变异存在于红唇薄鳅群体内(98.68%),群体间的遗传变异为1.32%,固定系数不显著。基因流为9.42,表明两群体间基因交流频繁。UPGMA聚类显示,厥溪和朱杨溪群体中的个体相互混杂。这些结果表明长江上游厥溪和朱杨溪群体未出现遗传分化。
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鱼类基因组研究进展
《生物技术通报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：鱼类基因组研究利用大规模测序获取有关物种的基因组序列信息,进而阐明鱼类生物学特性、表型变异与基因组结构之间的关系,在鱼类的种质鉴定、遗传育种、动物营养、环境毒理和病害防治等领域具有巨大的应用潜力。自2001年首先对斑马鱼的基因组测序起,到目前为止已有近40个鱼类物种的全基因组测序完成,且其相关的生物学特征、遗传进化规律等得到较全面的解析。将从鱼类全基因组测序技术发展历程和鱼类基因组解析两大部分对鱼类基因组研究进展进行综述,旨在进一步了解鱼类基因组的研究现状、发展趋势和应用前景,为后续鱼类基因组研究提供参考。
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pH和氮磷比对微小原甲藻和青岛大扁藻生长竞争的影响
《中国水产科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为探讨pH和氮磷比对青岛大扁藻(Tetraselmis helgolandica)和微小原甲藻(Prorocentrum minimum)生长竞争的影响,本研究首先根据对虾养殖水体pH值的范围设置了7.5,8.0,8.5和9.0共4个pH梯度,获得了青岛大扁藻抑制微小原甲藻的最佳pH;在该pH条件下,设置了氮磷比分别为3:2(高富磷组),6:1(富磷组),24:1(对照组)和96:1(富氮组)等4个梯度,其中,单种培养体系中只接种青岛大扁藻或者微小原甲藻,混合培养体系中同时按照1:1的比例接种青岛大扁藻和微小原甲藻。结果表明,混合培养体系中,青岛大扁藻在pH 8.5和pH 9.0时,出现拐点时间最晚,均为7 d;而微小原甲藻在pH 8.5和pH 9.0时,出现拐点时间最早,均为3 d。pH 8.5时青岛大扁藻对微小原甲藻的竞争抑制参数最大,青岛大扁藻抑制微小原甲藻的最佳pH为8.5。单种培养体系中,微小原甲藻拐点出现的时间在高富磷组、对照组和富氮组中均晚于青岛大扁藻;混合培养体系中,对照组中微小原甲藻和青岛大扁藻拐点出现时间分别为4 d和3 d,而其他处理组2种微藻拐点出现的时间分别相同。氮磷比影响混合培养中2种微藻的竞争抑制参数,其中,96:1(富氮组)中拐点之后青岛大扁藻对微小原甲藻的竞争抑制参数(α)的平均值为9.2063,微小原甲藻对青岛大扁藻的竞争抑制参数(β)为3.4886。以上研究表明,对虾养殖水体中,青岛大扁藻抑制微小原甲藻的最佳条件是:pH为8.5,氮磷比为96:1。
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