翘嘴鳜转录组测序及SSR新标记的开发与应用

孙海林; 孙成飞; 董浚键; 田园园; 胡婕; 叶星; 《基因组学与应用生物学 》 2019 北大核心 CSCD

摘要：为探讨翘嘴鳜转录组测序及SSR位点的分布和序列特征,为翘嘴鳜的SSR新标记开发及遗传研究提供便利,本研究利用高通量测序技术平台Illumina HiSeq 2500对翘嘴鳜(Sinipreca chuatsi)肌肉组织进行转录组测序及数据组装和分析,并对获得的Unigenes进行SSR检索和分析。研究共获得41 533 736条高质量Reads,组装为138 728条平均长度为808.94 bp的非冗余Unigenes,其中57 009条(41.09%) Unigenes至少于4个蛋白数据库(Nr, Swissprot, KEGG和COG)中的一个库内获得注释,7 125条(5.14%) Unigenes在4个数据库中均获得注释。采用Misa、mreps和trf软件对上述138 728条Unigenes进行检索,3个软件均能检索到的SSR位点共4 692个,分布于4 662条Unigenes,出现频率为3.36%。其优势重复基元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占转录组总SSR的62.66%、24.87%、10.83%。二核苷酸重复基元中又以AC (CA)/GT (TG)为优势重复基元,三核苷酸重复基元则以AGG (GGA, GAG)/CCT (CTC, TCC)为主。使用Primer 5.0对这4 962条SSR序列进行引物设计,随机选取80对进行扩增有效性和产物多态性检验。结果显示41对引物可以扩增得到清晰稳定的目标条带,有效扩增率为51.25%;其中23对可扩增得到稳定可重复的多态性产物。利用此23个SSR位点对24份翘嘴鳜材料进行遗传参数分析,期望杂合度(He)和多态信息含量(I)分别为0.198～0.888和0.175～0.857。本研究结果表明,翘嘴鳜转录组测序产生的Unigenes信息既可实现批量功能基因的挖掘,也可作为SSR标记开发的有效来源;新开发的翘嘴鳜SSR位点可应用于翘嘴鳜的遗传多样性分析、种质资源保护以及遗传育种等研究。

关键词： 翘嘴鳜 转录组 SSR 遗传多样性

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Nisin、ε-聚赖氨酸和温度对枯草芽孢杆菌失活动力学的影响

郭全友; 刘玲; 李保国; 姜朝军; 《食品与发酵工业 》 2019 北大核心 CSCD

摘要：以源自熟制对虾虾仁的优势腐败菌枯草芽孢杆菌为对象,对温度(25、37和45℃)、Nisin和ε-聚赖氨酸在酸性环境(p H=5)作用下其失活效应进行分析,并采用线性模型、Weibull模型、Log-logistic模型对不同处理条件下枯草芽孢杆菌的失活动力学进行拟合和评价.结果表明:25~45℃时,枯草芽孢杆菌失活量随Nisin和ε-聚赖氨酸的浓度变化而变化.温度由25℃升高至45℃,Nisin和ε-聚赖氨酸作用下枯草芽孢杆菌失活量呈先升后降趋势,37℃时失活效果最佳,25℃和45℃时,ε-聚赖氨酸作用下的失活效果优于Nisin,37℃时,两者差异不显著.处理180 min终点枯草芽孢杆菌数均降至0.Log-logistic模型与Weibull模型均能很好拟合其失活过程,而线性模型难以描述失活动力学,Log-logistic模型拟合优度优于Weibull模型.通过构建虾源枯草芽孢杆菌在温度、Nisin和ε-聚赖氨酸作用下失活模型,为优化靶向生物杀菌和延长水产品货架期等提供依据.

关键词： 枯草芽孢杆菌 Nisin ε-聚赖氨酸 温度 失活

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怒江上游裸腹叶须鱼的年龄结构与生长特性

李钊; 朱峰跃; 刘明典; 王起; 刘绍平; 段辛斌; 《淡水渔业 》 2019 北大核心 CSCD

摘要：以2017年5-6月和9-10月在怒江上游察瓦龙县至那曲县江段采集的225尾裸腹叶须鱼(Ptychobarbus kaznakovi)为研究对象,对比脊椎骨和微耳石两种鉴定年龄材料,分析其年龄结构与生长特性。结果显示:微耳石判别年龄具有较高的准确性和精确度。裸腹叶须鱼优势体长为101～250 mm,占总样本的78.48%,优势体重为0～150 g,占总样本的91.11%。裸腹叶须鱼种群由1～10龄和13龄11个年龄组组成,优势年龄组为3～5龄,占样本总数的66.22%,其中4龄鱼数量最多,占样本总数的27.56%,高龄鱼较少。体长与体重的拟合关系式为:W=2×10~(-5)L~(2.864 4)(R~2=0.989 3,n=225),Von Bertalanffy生长方程:■,生长系数k为0.061 5,表明怒江上游裸腹叶须鱼为缓慢生长型鱼类。拟合生长速度方程,生长加速度方程得出年龄生长拐点t_i为16.27龄,对应的体长l_i为455.36 mm,对应体重w_i为823.42 g。

关键词： 裸腹叶须鱼(Ptychobarbus kaznakovi) 年龄结构 生长特性 怒江上游

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Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒三种定量检测方法的比较与评价

曾伟伟; 王英英; 尹纪元; 汤亚方; 李莹莹; 王庆; 高彩霞; 任燕; 刘春; 石存斌; 《淡水渔业 》 2019 北大核心 CSCD

摘要：为了解决Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus genotypeⅡ,GCRV-Ⅱ)含量和滴度测定方法的选择问题,本研究利用荧光定量PCR(quantitative PCR,qPCR)、免疫过氧化物酶单层细胞试验(immunoperoxidase monolayer assay,IPMA)和间接免疫荧光试验(indirect fluorescent assay,IFA)三种方法来对GCRV-Ⅱ进行检测和含量测定,从特异性、敏感性、可靠性和检测结果的相关性来比较这三种方法对于GCRV-Ⅱ定量检测的差异.结果显示:qPCR、IPMA和IFA三种方法检测GCRV-Ⅱ的最低限分别为8.6、86和86拷贝/μL,qPCR的检测灵敏度比IPMA和IFA高一个数量级;特异性分析表明,qPCR、IPMA和IFA三种方法均只能检测出GCRV-Ⅱ型分离株,而其它病毒和未感染病毒的阴性对照细胞均为检测阴性,表明这三种方法均具有较高的特异性;3种方法分别检测60份已知临床样品,qPCR、IPMA和IFA的诊断敏感性和特异性分别为96.7%(29/30)和100%(30/30)、100%(30/30)和93.3%(28/30)及100%(30/30)和100%(30/30);三种方法对于GCRV-Ⅱ的定量检测结果中病毒拷贝数和病毒滴度之间具有较好的相关性,其拟合曲线分别为:Y(IPMA,TCID50/mL)=23.629X-536 174(qPCR,拷贝/mL)(R2=0.996)、Y(IFA,TCID50/mL)=20.318X-575 062(qPCR,拷贝/mL)(R2=0.995)和Y(IPMA,TCID50/mL)=1.161X-1 176(IFA,TCID50/mL)(R2=0.999).结果表明,GCRV-Ⅱ病毒滴度的测定,除了用IPMA和IFA外,也可以采用qPCR方法通过测定病毒的核酸拷贝数来测算其病毒滴度.

关键词： 草鱼呼肠孤病毒 荧光定量PCR 免疫过氧化物酶单层细胞试验 间接免疫荧光试验 病毒滴度

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弹状病毒反向遗传操作系统研究进展

刘慧芳; 李宁求; 张莉娟; 梁红茹; 林强; 刘礼辉; 黄志斌; 付小哲; 《基因组学与应用生物学 》 2019 北大核心 CSCD

摘要：弹状病毒是一类重要的共患病病原,可引起人、动物、植物等多种生物的严重疫病。该病毒属不分节段的负链RNA病毒,其基因组相对简单。近年来,随着基因操作技术的发展,弹状病毒反向遗传操作系统技术研究取得显著成果。本综述从弹状病毒概论、弹状病毒反向遗传操作系统的建立及其疫苗研究中的应用等方面概述其反向遗传操作的研究进展,以期为弹状病毒防控相关研究提供参考。

关键词： 弹状病毒 反向遗传操作系统 疫苗研究

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半滑舌鳎gata5基因的克隆及表达分析

董忠典; 张宁; 崔忠凯; 徐文腾; 陈松林; 《广东海洋大学学报 》 2019

摘要：【目的】研究半滑舌鳎(Cynoglossussemilaevis)gata5基因(csgata5)的序列特征及该基因在半滑舌鳎性腺分化、成熟过程中的表达模式。【方法】通过克隆获得csgata5编码区序列,利用荧光定量PCR(RT-qPCR)方法检测csgata5 mRNA在不同类型性腺、胚胎和性腺发育中的表达模式,借助原位杂交技术定位csgata5 mRNA表达的细胞类型。【结果】克隆获得csgata5 cDNA序列1 777 bp,包含1 167 bp的编码区(Coding sequence,CDS),262 bp的5′UTR和348 bp的3′UTR区,预测csgata5编码388个氨基酸残基(aa),分子质量为41.9 ku,等电点为8.90,在C端含有两个典型的GATA锌指结构域;基因组分析显示csgata5位于半滑舌鳎10号染色体上,包含7个外显子和6个内含子区。RT-qPCR分析显示csgata5 mRNA在2龄雄鱼和伪雄鱼精巢中表达高于卵巢;csgata5m RNA主要定位在卵母细胞、精原细胞和精子中。胚胎发育过程中,csgata5m RNA表达在1细胞期至囊胚期呈下降趋势,之后上升,至原肠胚期达到峰值,随后降低并维持较低水平至孵化出膜。在精巢发育过程中,csgata5m RNA表达水平呈升高趋势,在1龄达到检测的峰值;在卵巢发育过程中,csgata5m RNA表达趋势类似精巢,表达水平低于同期精巢。【结论】csgata5参与半滑舌鳎原肠胚期的组织器官分化,具有促进原始生殖细胞向雄性生殖细胞分化及雄性生殖细胞发育的作用。

关键词： 半滑舌鳎 gata5 RT-qPCR 原位杂交 性腺分化

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四大家鱼自然繁殖对水文过程的响应关系研究

王珂; 周雪; 陈大庆; 刘绍平; 段辛斌; 汪登强; 《淡水渔业 》 2019 北大核心 CSCD

摘要：为了探究长江中游监利江段四大家鱼繁殖行为对水文过程的响应关系,并了解水文过程刺激四大家鱼自然繁殖的生态水文指标量化范围,于2014—2016年的每年5—7月,在长江中游监利断面进行鱼类早期资源调查,同时,对采集到的四大家鱼卵苗与流量以及水温之间关系进行分析.结果显示:水温在20~24℃,流量日增长率为1125 m3 s-1 d-1及以上,涨水持续时间为3 d及以上的涨水过程情况下,可刺激家鱼发生大规模繁殖.而两次涨水过程间隔仅为1d时,涨水持续时间和流量日增长率无论高低,持续2次涨水过程对家鱼繁殖行为也有刺激作用.

关键词： 四大家鱼 繁殖行为 水温 水文过程

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草鱼病毒性出血病的区域化防控策略

巩华; 郑伟力; 刘方; 《齐鲁渔业 》 2019

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云龙石斑鱼与云纹石斑鱼、珍珠龙胆石斑鱼的生长性状及对比分析

李振通; 田永胜; 唐江; 成美玲; 马文辉; 庞尊方; 李文升; 刘江春; 王晓梅; 翟介明; 《水产学报 》 2019 北大核心 CSCD

摘要：为了对云纹石斑鱼与鞍带石斑鱼的杂交种云龙石斑鱼生长特性进行分析,本研究对工厂化养殖条件下云龙石斑鱼与云纹石斑鱼、珍珠龙胆石斑鱼的生长特性进行了对比。通过云龙石斑鱼家系与云纹石斑鱼家系建立和培育,对不同家系的受精率、正常发育率和畸形率进行统计;分别对45～245日龄的云龙石斑鱼与云纹石斑鱼的生长性状进行了测量;分别对云龙石斑鱼与珍珠龙胆石斑鱼在生长时间跨度为2～13月龄的生长性状进行测量,并于13月龄时统计成活率(苗种为2016年繁育);利用单因素方差分析法和多重比较分析对测定的生长性状进行比较分析,同时利用Excel软件拟合云龙石斑鱼、云纹石斑鱼的生长曲线。结果显示,杂交种云龙石斑鱼受精率平均为55.5%±26.7%,正常发育率平均为33.9%±23.6%,畸形率平均为8.3%±0.9%。至245日龄时云龙石斑鱼体长、体质量的平均值分别为(22.5±1.7) cm、(316.7±57.3) g,云纹石斑鱼的体长与体质量的平均值分别为(16.8±1.3) cm、(123.2±30.2) g,云龙石斑鱼比云纹石斑鱼生长快,云龙石斑鱼的体长为云纹石斑鱼的1.3倍,体质量为云纹石斑鱼的2.6倍。云龙石斑鱼在45～245日龄阶段的生长曲线为W=0.039 2L~(2.891 2)(R~2=0.986 9),云纹石斑鱼生长曲线为W=0.025 5L~(3.021 6) (R~2=0.990 8),在本阶段云龙石斑鱼为异速生长型,云纹石斑鱼为等速生长型。经过12个月的对比养殖,云龙石斑鱼成活率为97.2%,珍珠龙胆石斑鱼的成活率为93.2%～94.5%,云龙石斑鱼全长与体质量平均值分别为(35.3±4.1) cm、(700.0±247.2) g,珍珠龙胆石斑鱼全长与体质量平均值分别为(28.6±3.5) cm、(550.0±224.8) g,云龙石斑鱼体质量是珍珠龙胆石斑鱼的1.3倍,全长为1.2倍。研究表明,云纹石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)是一个比较理想的杂交组合,杂交后代云龙石斑鱼具有生长快、畸形率低、成活率高的杂交优势,为杂种优势的研究提供了基础材料,同时也为新品种云龙石斑鱼的推广提供了科学依据。

关键词： 云纹石斑鱼 鞍带石斑鱼 云龙石斑鱼 珍珠龙胆石斑鱼 生长性状

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南极磷虾虾粉加工干燥技术与设备应用分析

欧阳杰; 马田田; 沈建; 《安徽农业科学 》 2019

摘要：干燥是虾粉加工的关键工序之一,是影响虾粉品质的重要因素,适宜的干燥技术和设备可有效保证南极磷虾虾粉质量,提高南极磷虾虾粉生产效率.综述了几种常用的食品干燥技术和设备的原理、适应物料形式以及优缺点,并根据南极磷虾的物料特性,对这几种干燥技术和设备在南极磷虾虾粉加工中的应用前景和可行性进行了分析,旨在为南极磷虾干燥技术创新和干燥设备研发提供理论依据与技术支撑.

关键词： 南极磷虾 虾粉 干燥 技术 设备

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