电洗脱法和透析在紫菜腐霉PacBio全基因组测序DNA样品纯化中的应用

邹丹丹; 唐祥海; 莫照兰; 茅云翔; 《中国海洋大学学报(自然科学版) 》 2017 北大核心 CSCD

摘要：紫菜腐霉(Pythiumporphyrae)是一种专性侵染紫菜并引起紫菜赤腐病的病原菌。为了深入了解紫菜腐霉的遗传信息,本文计划对其开展全基因组测序,而制备高质量的DNA样品是关键性工作。海洋生物生境和代谢的特殊性,细胞中富含的一些次级代谢物质往往影响着DNA样品的质量。紫菜腐霉的基因组DNA样品中具有严重的RNA污染,即使通过延长RNase A降解时间和增加降解次数也不能完全消除其中的RNA,无法获得满足于PacBio文库构建和测序的DNA样品。本研究首先通过琼脂糖凝胶电泳(Agarosegel electrophoresis,AGE)来区分DNA和RNA,然后将DNA条带所在的胶块切下并放入透析袋中继续电泳,使DNA从胶条中迁移到透析袋内的缓冲液中,从而获得DNA的TAE溶液。然后通过透析的方法去除DNA的TAE溶液中的乙酸钠,最终获得DNA的TE溶液。经AGE检测发现DNA条带清晰、无RNA污染;经脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)检测发现DNA完整性较好,可用于PacBio文库的构建和测序。

关键词： 紫菜腐霉 基因组DNA RNA污染 透析

 全文链接 请求原文

不同养殖方式对鳙肠道细菌群落结构的影响

夏耘; 余德光; 谢骏; 王广军; 郁二蒙; 谢瑞涛; 《南方农业学报 》 2017 北大核心 CSCD

摘要：【目的】评价不同养殖方式对鳙肠道微生物菌群种类及其多样性的影响,为发展鳙的健康养殖提供参考依据。【方法】设生物絮团组、施肥组和网箱吊养组3种养殖方式,经过8周的饲养周期后,运用PCR-DGGE对不同养殖方式下鳙肠道定植菌进行比较分析。【结果】鳙肠道细菌多样性排序为生物絮团组>施肥组>网箱吊养组,其中,生物絮团组与施肥组、生物絮团组与网箱吊养组、施肥组与网箱吊养组的DGGE图谱相似性依次为53.8%、39.4%和42.8%。生物絮团组鳙肠道的特异条带代表α-亚群的葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、绿弯菌(Chloroflexi)和几类不可培养细菌(EU585886.1、FN824844.1、GU498473.1、GU486235.1和JN399992.1);施肥组和网箱吊养组鳙肠道的特异条带代表梭菌属(Clostridium)、气单胞菌属(Aeromonas)及不可培养细菌(EU376178.1)。【结论】生物絮团的应用能有效增强养殖鳙肠道微生物菌群组成多样性,降低气单胞菌在鳙肠道的分布,可作为高蛋白饵料类型被鳙摄食。

关键词： 鳙 肠道 细菌群落 生物絮团 养殖方式 PCR-DGGE

 全文链接 请求原文

日本远洋底层渔业在国际公海的作业情况与经验借鉴

程若冰; 缪圣赐; 李励年; 王茜; 周雨思; 熊敏思; 陆亚男; 《渔业信息与战略 》 2017

摘要：日本是全球重要的远洋渔业国家。日本政府从1897年开始推行远洋渔业,至今已持续100多年。本文回顾了日本远洋渔业的发展历程,详述了日本远洋深海底层渔业在北太平洋中部公海、西南印度洋公海、东南大西洋公海以及南极周边海域的作业情况,分析和探讨了日本在开发远洋深海底层渔业资源过程中存在的问题及发展趋势,旨在为我国远洋渔业的健康可持续发展提供借鉴与参考。

关键词： 远洋底层渔业 公海 日本 渔场

 全文链接 请求原文

气候变化对长江口和黄河口渔业生态系统健康的潜在影响

单秀娟; 陈云龙; 金显仕; 《渔业科学进展 》 2017 北大核心 CSCD

摘要：本研究采用层次灰色综合评价模型,结合动态生物气候分室模型预估的长江口和黄河口鱼类资源密度增量分布结果,对不同气候变化情景(RCP2.6、RCP6.0和RCP8.5)对长江口和黄河口渔业生态系统健康的潜在影响进行了分析。从生态环境、生物群落结构和生态系统功能三个层面构建了长江口和黄河口渔业生态系统健康评价体系。2015–2050年,长江口和黄河口渔业生态系统健康水平随着温室气体排放程度的增加而降低,即RCP2.6情景下健康水平最高,RCP6.0情景次之,RCP8.5情景最低。两个河口的健康水平随时间推移在RCP2.6情景下呈现出"高–低–高"的变化趋势;在RCP6.0情景下呈现出"低–高–低"的变化趋势;在RCP8.5情景下两个河口略有差异,黄河口呈"高–低–高"的变化趋势,长江口呈"低–高–低"的变化趋势。若以2050年渔业生态系统健康水平作为"最终状态",两个河口RCP2.6情景下的健康水平高于RCP6.0和RCP8.5情景:长江口RCP2.6情景下的健康评价值为0.61,是RCP6.0和RCP8.5情景下健康评价值的1.9倍和1.8倍;黄河口RCP2.6情景下的健康评价值分别是RCP6.0和RCP8.5情景的2.8倍和2.2倍。

关键词： 长江口 黄河口 生态系统健康 气候变化情景

 全文链接 请求原文

高糖饲料对吉富罗非鱼生长性能、饲料利用和糖脂代谢的影响

许霄霄; 刘伟; 文华; 蒋明; 吴凡; 《南方水产科学 》 2017 北大核心 CSCD

摘要：为探讨高糖饲料对吉富罗非鱼(GIFT Oreochromis niloticus)生长性能、饲料利用和糖脂代谢的影响,设置糖水平为34%的对照饲料(C组,能量水平13.68 k J·g-1)、糖水平为48%的高糖高能饲料(HCE组,能量水平16.03 k J·g-1)和高糖等能饲料(HE组,能量水平13.81 k J·g-1),在室内循环水系统中饲养初始体质量(20.34±0.42)g的吉富罗非鱼幼鱼60 d。结果表明,HCE组和HE组的增重率、特定生长率、肝脏粗蛋白均显著低于C组(P<0.05),饲料系数、肝脏粗脂肪、肝糖原、总糖表观消化率、血清低密度脂蛋白胆固醇和高密度脂蛋白胆固醇均显著高于C组(P<0.05);HE组增重率、全鱼粗脂肪、血清甘油三酯和总胆固醇均显著低于HCE组(P<0.05);高糖组肝脏葡萄糖激酶显著高于C组,HE组葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、苹果酸酶、脂肪酸合成酶活性最高,C组最低(P<0.05);由肝脏组织切片看出,高糖饲料引起吉富罗非鱼肝脏细胞肿大变形,出现空泡,HCE组对肝脏损伤更加显著。研究结果表明,吉富罗非鱼能够耐受48%糖水平的饲料,但长期摄食导致鱼体糖脂代谢紊乱,尤其影响脂肪代谢,造成鱼体脂肪蓄积,肝功能损伤,不利于生长与健康。

关键词： 吉富罗非鱼 高糖饲料 生长性能 糖脂代谢 肝脏健康

 全文链接 请求原文

鱼组织中双去甲氧基姜黄素、去甲氧基姜黄素和姜黄素含量的超高效液相色谱法测定

刘永涛; 李乐; 王赛赛; 余琳雪; 杨秋红; 杨移斌; 艾晓辉; 《分析测试学报 》 2017 北大核心 CSCD

摘要：建立了黄颡鱼、团头鲂和草鱼血浆、肌肉、肝脏、肾脏中双去甲氧基姜黄素、去甲氧基姜黄素和姜黄素同时测定的超高效液相色谱紫外检测法(UPLC-UV)。样品经乙腈(含0.01%乙酸)提取,无水硫酸钠除水,正己烷去脂等样品处理,在ACQUIT UPLC BEH C18色谱柱上分离,428 nm波长处测定。双去甲氧基姜黄素、去甲氧基姜黄素和姜黄素在0.01~5.00 mg/L浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数(r2)分别为0.998 7,0.999 8和0.999 6。在空白鱼组织中进行0.025,0.05,0.50,1.00 mg/kg 4个水平的加标回收实验,3种待测组分的平均回收率为64.7%~102.2%,相对标准偏差为0.69%~10.8%。鱼组织中3种待测组分的检出限(LOD)均为0.010 mg/kg,定量下限(LOQ)均为0.025 mg/kg。应用该方法研究了姜黄素在团头鲂体内的药代动力学规律。

关键词： 鱼组织 双去甲氧基姜黄素 去甲氧基姜黄素 姜黄素 超高效液相色谱

 全文链接 请求原文

基于低场核磁共振技术检测秋刀鱼腌干制过程水分状态变化

卞瑞姣; 曹荣; 赵玲; 刘淇; 任丹丹; 《食品安全质量检测学报 》 2017

摘要：目的探讨腌干处理对秋刀鱼水分状态的影响,为秋刀鱼的高值化加工提供参考。方法秋刀鱼进行"三去"(去头、去尾、去内脏)处理,采用10%食盐溶液(料液比1:2)进行腌制,选取腌制2 h的样品进行40℃热风干燥,检测样品的水分含量、盐含量以及水分活度,利用低场核磁共振技术(low-field nuclear magnetic resonance,LF-NMR)测定腌干过程样品的水分存在状态。结果秋刀鱼样品腌干过程中均存在结合水、不易流动水和自由水3种状态水分。腌制10 h过程中样品的水分活度未低于0.90的细菌生长临界值。结合水比例呈现先增大后减小的变化趋势,自由水比例相对降低,不易流动水比例增大,表明腌制处理使得部分结合水与自由水转化为不易流动水。随干制时间的延长,样品的水分含量和水分活度均显著降低(P<0.05),结合水变化较小,不易流动水比例呈降低趋势,表明干制处理一方面使得秋刀鱼组织内不易流动水流失,另一方面使其部分转移成其他相态的水。同时,核磁共振成像灰度图和伪彩图深色区域面积逐渐增大,表明干制过程伴随油脂的溢出。结论腌制和干制处理降低了秋刀鱼鱼肉的水分活度,同时改变了水分存在状态。核磁共振成像灰度图和伪彩图表明干制处理改变了秋刀鱼样品的油水平衡。

关键词： 秋刀鱼 低场核磁共振 水分活度 腌制 干制

 全文链接 请求原文

稻虾综合种养模式下克氏原螯虾投喂技术

孙存鑫; 刘波; 周群兰; 《科学养鱼 》 2017

摘要：克氏原螯虾俗名小龙虾,隶属甲壳纲、十足目、爬行亚目、螯虾科、原螯虾属。原产于北美,20世纪30年代经由日本传入我国,经过几十年的发展,克氏原螯虾已成为我国重要的水产经济养殖品种,该产业也已发展成集养殖、加工、流通及旅游节庆为一体的完整产业链。据统计测算,2016年克氏原螯虾经济总产值已达1466亿元,从业人员近500万人。现今,稻虾综合种养作为克氏原螯虾的主要养殖模式已占到其养殖面积的七成。然而,在该

 全文链接 请求原文

养殖池塘水质改良设备研究综述

杨家朋; 刘兴国; 顾兆俊; 田昌凤; 车轩; 邹海生; 唐荣; 《江西水产科技 》 2017

摘要：为了解决池塘养殖底泥污染和水质变坏的问题,采用机械设备调节养殖池塘水质。太阳能水质调控机可以将池塘底部淤泥抽取到池塘表面,将池塘表面水质较好的水射入池塘底部。太阳能臭氧水质处理设备利用臭氧对池塘底部进行杀菌消毒,改良水质。

关键词： 养殖池塘 水质调控 水质改良设备 池塘臭氧设备

 全文链接 请求原文

显微介导河蟹总DNA导入镜鲤的检测与分析

闫学春; 栾培贤; 何立川; 《水产学杂志 》 2017

摘要：利用显微介导远缘杂交技术将河蟹总DNA直接导入镜鲤受精卵内,再利用AFLP分子标记技术检测显微介导河蟹基因镜鲤的外源DNA。在30对AFLP引物中,有3对引物扩增出供体基因片段,即在显微介导河蟹基因镜鲤中均有和河蟹基因相同而对照镜鲤没有的条带。对6尾阳性显微介导河蟹基因镜鲤的扩增产物进行回收、克隆和测序验证。结果表明:阳性显微介导河蟹基因在镜鲤中均含有供体基因目的片段。本研究在分子和基因水平上验证了河蟹总DNA可通过显微介导方式整合到镜鲤基因组中,为显微介导外源总DNA转化技术的应用提供新的思路。

关键词： 显微介导 河蟹 总DNA 镜鲤

 全文链接 请求原文