科研产出
水产动物分子标记辅助育种研究进展
《水产学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：本文介绍了水产动物分子标记辅助育种技术的发展。获得与经济性状连锁的标记是开展分子标记辅助育种的基础,因此,本文重点介绍了获得基因/标记技术的进步,探讨了基因/标记与性状间相互关系的复杂性,论述了准确鉴定性状紧密连锁的基因/标记的难度,指出难点主要源于基因组对性状的形成具有非常复杂的影响。近十年来,已有多个利用分子标记辅助育种技术培育的品种在产业上应用,表明这项新技术具有推动产业技术进步的作用;同时指出了分子标记辅助育种包括全基因组选择育种的不足之处,其根本原因在于鱼类性状的形成机制极其复杂、多变,从而决定了分子标记辅助育种技术具有发展阶段论的特征。
关键词： 水产 分子标记辅助育种 数量性状基因座(QTL)
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中国对虾甘氨酸脱羧酶的基因克隆、表达及其与抗WSSV的关联分析
《渔业科学进展 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：本研究采用RACE技术克隆获得中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)甘氨酸脱羧酶基因(Fc GLDC)的全长cDNA及DNA序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,FcGLDC基因的cDNA全长为3481 bp,其中,ORF为2829 bp,5￠UTR长17 bp,3￠UTR长86 bp。完整的阅读框编码942个氨基酸,分子量为104.66 kDa,预测的理论等电点为6.51。FcGLDC基因DNA序列全长共4964bp,包含12个外显子和11个内含子。同源性及系统进化分析显示,FcGLDC基因与节肢动物的GLDC基因聚为一类;氨基酸序列比对发现,Fc GLDC基因的蛋白序列与节肢动物的相似度最高,与内华达白蚁(Zootermopsis nevadensis)、体虱(Pediculus humanus corporis)和白纹伊蚊(Aedes albopictus)的相似度分别为71%、68%和68%。在鳃、肝胰腺和肌肉中的荧光定量PCR结果显示,FcGLDC在肌肉中的相对表达量最高,鳃中最低。WSSV感染后,该基因在鳃、肝胰腺和肌肉中呈现出了不同的时空表达特点。使用直接测序法结合质谱法,在该基因内部发现4个SNP位点,但是各位点与抗WSSV性状均不相关(P>0.05)。本研究表明,FcGLDC基因在对虾感染WSSV后的应答反应中或起一定作用。
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基于CFturbo的离心式吸鱼泵设计
《渔业现代化 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：传统的离心式吸鱼泵设计基本上是根据设计经验与相似泵推导设计,导致设计周期长且性能参数无法确定.为了更加快速、精确地设计出不同尺寸类型的吸鱼泵,并估算出离心式吸鱼泵的流量、扬程等性能参数,运用CFturbo设计软件进行参数化设计吸鱼泵,通过CFturbo软件建立吸鱼泵的三维模型,并通过软件内置经验函数优化设计,然后通过CFD流体动力学软件进行数值模拟仿真验证,最终设计出符合性能参数要求的离心式吸鱼泵,实现离心式吸鱼泵的快速研发.
关键词： 离心式吸鱼泵 参数化设计 数值模拟仿真 CFturbo
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舒伯特气单胞菌实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用
《西北农林科技大学学报(自然科学版) 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：[目的]建立一种快速、灵敏的舒伯特气单胞菌(Aeromanas schubertii)检测方法.[方法]以舒伯特气单胞菌rpoD(RNA polymerase sigma-70 factor)为靶标基因,设计特异性引物及TaqMan探针,建立舒伯特气单胞菌的TagMan实时荧光定量PCR检测方法,同时验证该方法的特异性、灵敏度、重复性,并用该方法对50份临床样品进行检测,验证其应用效果.[结果]含舒伯特气单胞菌rpoD基因的质粒拷贝数与循环阈值(Ct)的标准曲线相关系数为1.000,扩增效率为94.705%.实时荧光定量PCR检测方法只对舒伯特气单胞菌的靶基因检测结果呈阳性,对嗜水气单胞菌(Aeromanas hydrophila)、维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)、温和气单胞菌(Aeromonas sobria)、诺卡氏菌(Nocardia seriolae)等其他14种致病菌的检测结果均为阴性,具有高度特异性;对舒伯特气单胞菌重组质粒和纯培养细菌的检出灵敏度分别为4.76拷贝/μL和15 CFU/mL;批内和批间重复性试验变异系数分别为0.95%和1.05%.50份临床样品检测结果显示,该方法阳性样品检出率为22%,高于传统细菌分离方法(10%)的检出率.[结论]建立的舒伯特气单胞菌实时荧光定量PCR检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,适用于舒伯特气单胞菌的快速诊断检测和流行病学调查.
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放养密度对凡纳滨对虾苗种中间培育效果的影响
《渔业科学进展 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：通过对养殖场凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)实际苗种中间培育进行实验(21 d),探究了放养密度(1.50～2.25万尾/m~3)对凡纳滨对虾的生长性能、养殖水体水质以及细菌群落的影响。结果显示,当放养密度为1.50～2.25万尾/m~3时,放养密度的增加会提高凡纳滨对虾的产率、特定生长率、存活率及饵料转化率。实验期间,各养殖池内水体的pH逐渐下降,氨氮(NH_4~+-N)和化学需氧量(COD)浓度均呈逐渐上升趋势,弧菌(Vibrio)浓度则在一定范围内[(0.3～7.5)×10~4 CFU/ml]波动。放养密度的增加会导致养殖水体pH下降,NH4+-N和COD浓度升高,但对水体中的弧菌浓度没有明显影响。实验末期,放养密度较高的养殖池具有较高的细菌生物多样性,变形菌门(Proteobacteria)(56.52%～71.22%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(20.65%～38.23%)为各养殖池内主要细菌门类,而且弧菌属(Vibrio)(2.3%～9.4%)在各养殖池内均为优势菌属。在凡纳滨对虾苗种中间培育过程中,逐日增加换水量对水体pH和COD浓度具有一定的调节能力,但难以控制NH4+-N和亚硝酸氮(NO_2~--N)浓度的升高。
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盐度对亚东鲑鱼苗生长及存活的影响
《西南农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】为了解盐度对亚东鲑鱼苗生长及存活的影响。【方法】将平均体质量(1.03±0.16) g的鱼苗进行盐度急性毒性试验,可知安全盐度剂量为1.0‰,在盐度分别为0‰、0.2‰、0.4‰、0.6‰、0.8‰和1.0‰的水体中饲养42 d,比较了不同盐度对鱼苗的生长及存活率的差异。【结果】亚东鲑鱼苗平均体质量增长率盐度0.2‰组最高,为(91.84±6.47)%,显著高于0‰组(对照组)、0.6‰组、0.8‰组和1.0‰组(P<0.05);平均体长增长率0.6‰组最高,为(39.24±1.32)%,显著高于其它各组(P<0.05);肝体指数除了0.8‰组之外,其它各组均差异不显著(P>0.05);肥满度0‰组最高,为(1.58±0.02)%,与0.2‰组、0.4‰组和0.6‰组差异均不显著(P>0.05);特定生长率0.2‰组最高,为(1.67±0.20)%,显著高于0‰组、0.6‰组、0.8‰组和1.0‰组(P<0.05);除了1.0‰组之外,0.6‰组摄食率最低,为(2.18±0.16)%,食物转化率最高,为(52.91±1.48)%。【结论】在安全盐度内,对亚东鲑鱼苗的平均存活率均能达到94%或以上,在盐度为0.6‰时,平均生长率较高,摄食率相对较低,而食物转化率最高,故亚东鲑鱼苗在此盐度更适宜生长。
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牡蛎疱疹病毒(OsHV-1)间接原位杂交PCR检测方法的建立与初步应用
《水产学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为建立实现牡蛎疱疹病毒(OsHV-1)在贝类宿主组织中的精确定位方法,基于原位杂交PCR (ISPCR)技术建立了OsHV-1的间接原位杂交PCR (indirect ISPCR)检测方法,并利用该方法对OsHV-1在魁蚶主要器官的分布情况进行了检测和分析。首先选择适合原位杂交PCR的引物,在载玻片上实现对原位固定靶组织内病毒DNA的稳定、特异扩增,然后与使用相同引物制作的地高辛标记核酸探针进行原位杂交,最后通过免疫酶标技术显示样本内OsHV-1的组织分布。为了达到最佳检测效果,对间接ISPCR的扩增循环数以及组织消化的蛋白酶K浓度进行优化。结果显示,最适PCR扩增循环数为20,蛋白酶K浓度为20μg/mL。利用经优化的间接ISPCR检测方法,对OsHV-1在魁蚶外套膜、鳃、肝胰腺、斧足和闭壳肌5个样本中的组织分布情况和亲嗜性进行检测和分析。病毒阳性信号主要分布于魁蚶外套膜结缔组织中浸润的血细胞和成纤维细胞、肝胰腺和鳃浸润的血细胞、斧足和闭壳肌中坏死肌肉细胞的细胞核中。本研究建立的间接ISPCR检测方法具有灵敏、特异和精确定位的优点,通过组织切片上显示的病毒核酸阳性信号,能判别OsHV-1在不同组织部位的分布特点和受感染的细胞类型;适用于OsHV-1感染的确诊、病毒对不同组织器官的亲嗜性、病毒侵染途径和致病机理等相关研究。
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阿拉伯海鲐鱼渔场时空分布及其与海洋环境的关系
《热带海洋学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：采用2016—2017年中国印度洋围拖网生产数据和同期的海表温度、叶绿素、表层海流和海面高度数据,绘制了阿拉伯海鲐鱼Scomberaustralasicus围网月平均单位捕捞努力量渔获量(CPUE)和环境因子空间叠加图,分析鲐鱼渔场与海洋环境因子之间关系,采用频次分析和经验累积分布函数计算鲐鱼渔场最适宜的海洋环境区间。结果表明,该海域月平均CPUE呈现先减少后增加的趋势;围网渔场渔汛主要在东北季风期间,从10月到翌年3月;作业渔场重心分布在59°—62°E、13°—17°N,具有明显的月变化,基本呈现西南移动趋势。空间上, CPUE分布在西边界流速较大的海域右侧,在海流最大值和最低值中间区域。在印度洋东北季风期间,阿拉伯海围网鲐鱼渔场适宜海表温度在25～28℃;叶绿素浓度在0.2～0.5mg·m~(-3);表层海流在0.05～0.25m·s~(-1);海表高度0.2～0.35m。
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尼罗罗非鱼TRAF4基因的克隆、表达及功能分析
《农业生物技术学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：肿瘤坏死因子受体相关因子4 (tumor necrosis factor receptor associated factors 4, TRAF4)是TRAFs家族中比较特殊的一员,生物学功能较多且较复杂。为了明确TRAF4基因在尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)免疫过程中的作用,本研究首先通过反转录PCR和分段扩增获得尼罗罗非鱼TRAF4基因c DNA (GenBank No. MH986338)及基因组序列,并进行基因和蛋白质结构等生物信息学分析;然后利用qRT-PCR技术检测该基因在健康个体中的组织表达、受精后不同发育阶段的表达以及人工感染无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)后的表达特征;最后构建重组真核表达载体,分析TRAF4在人胚肾细胞293T中的亚细胞定位及其在Nuclear factorκB (NF-κB)通路中的作用。结果显示,TRAF4基因的cDNA序列为4 483 bp,开放阅读框为1 413 bp,可编码470个氨基酸。基因组序列分析发现,TRAF4基因含7个外显子和6个内含子。氨基酸序列分析发现,TRAF4存在1个环指(RING-finger)结构域、3个TRAF类型的锌指(zinc-finger)结构域、1个甲基多巴和TRAF同源物(meprin and TRAF-homology, MATH)结构域。组织分析表明,TRAF4基因在所检测的11个组织/器官中均有表达,脑中表达最高,脾中表达最低;该基因在受精后不同发育阶段均有表达。人工感染无乳链球菌后,尼罗罗非鱼TRAF4基因在肠、鳃、脾、肾和血液中的表达量均发生不同程度的变化,在鳃和血液中显著升高,在肠和肾中的表达量均低于对照组(0 h组)。亚细胞定位和双荧光素酶报告分析显示,TRAF4在293T细胞中主要定位于细胞质,可增强NF-κB活性。综上所述,TRAF4基因在尼罗罗非鱼的免疫应答中发挥重要作用,本研究为深入探讨TRAF4基因在罗非鱼抗感染免疫中的作用机制提供了基础资料。
关键词： 肿瘤坏死因子受体相关因子4基因(TRAF4) 尼罗罗非鱼 基因表达 转染
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雅鲁藏布江中游六种鱼类营养级估算
《淡水渔业 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：基于鱼类营养级统计软件TrophLab,对分布于雅鲁藏布江中游的6种高原土著鱼类异齿裂腹鱼(Schizatho-rax oconnori)、 拉萨裂腹鱼(Schizothorax waltoni)、 双须叶须鱼(Ptychobarbus dipogon)、 拉萨裸裂尻鱼(Schizopygop-sis younghusbandi)、 尖裸鲤(Oxygymnocypris stewartii)和黑斑原鮡(Glyptosternum maculatum)进行了营养级估算.结果显示:6种研究对象的营养级范围为2.28~4.30,其中尖裸鲤营养级水平最高,异齿裂腹鱼营养级水平最低.
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