科研产出
基于Qβ噬菌体的甲肝病毒装甲RNA标准参考样品的研制
《微生物学通报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【背景】目前食品中甲肝病毒分子的检测缺乏安全、稳定的RNA标准参考样品,影响了检测结果的科学性与准确性。【目的】基于Qβ噬菌体装甲RNA技术构建内含甲肝病毒检测靶标的装甲RNA (Hepatitis A virus armored RNA,AR-HAV),并开展初步定值、均匀性、稳定性研究,为HAV分子检测提供标准参考样品。【方法】人工合成包含Qβ噬菌体成熟酶编码基因、衣壳蛋白编码基因、包装位点、HAV检测靶标cDNA序列的核酸片段QGBHAV,并亚克隆到pET-28a(+)中构建重组质粒pET-QGBHAV,转入大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞进行原核表达,利用超速离心、丙烯葡聚糖凝胶层析柱纯化AR-HAV后电镜观察。通过实时荧光RT-PCR对AR-HAV进行初步定值及均匀性和稳定性研究。【结果】SDS-PAGE结果表明重组质粒在大肠杆菌中有约14.1 kD的目的蛋白表达;纯化后的AR-HAV无杂蛋白和残留质粒;电镜下可见结构完整、大小约为25nm的病毒样颗粒;定值结果显示,AR-HAV中检测靶标RNA的含量为(2.57±0.12)×107 copies/μL;均匀性分析结果为F=1.23 关键词：
甲肝病毒
Qβ噬菌体
装甲RNA
标准参考样品
实时荧光RT-PCR
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南海区虾拖网网囊对刀额新对虾的选择性研究
《南方水产科学 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为了研究虾拖网网囊对刀额新对虾(Metapenaeus ensis)的选择性,2014—2017年于南海海域使用套网法和裤网法对2组菱目网囊(D25和D30)和6组混目网囊(S35+D18、S25+D25、S30+D25、S35+D25、S35+D30和S35+D35)进行选择性试验。以SELECT模型为基础框架,以logsitic曲线为模型,使用极大似然估算法估算单网次和联合网次下网囊对刀额新对虾的选择性。结果表明,菱目网囊D25和D30对刀额新对虾的选择性很差,逃逸数量很少;套网法试验中,混目网囊S35+D18、S25+D25、S30+D25和S35+D25对刀额新对虾的平均50%选择体长(L50)分别为51.52 mm、60.84 mm、63.21 mm和64.53 mm,平均选择范围(SR)分别为16.48 mm、14.31 mm、12.84 mm和9.75 mm;裤网法试验中,混目网囊S35+D25、S35+D30和S35+D35对刀额新对虾的平均L50分别为75.43 mm、82.38 mm和95.39 mm,平均SR分别为6.93 mm、6.39 mm和20.44 mm,平均相对作业强度(p)分别为0.51、0.52和0.64。综合南海区刀额新对虾的首次性成熟体长(80 mm)和网囊选择性等多方面因素,认为S35+D30网囊的选择性较好,研究结果可为南海海域虾拖网的渔具管理和刀额新对虾资源的合理利用提供参考。
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深圳杨梅坑海域造礁石珊瑚共生藻分类 和遗传多样性研究
《应用海洋学学报 》 2019 CSCD
摘要：通过核糖体ITS(Internal Transcribed Spacer)的核苷酸序列研究了深圳杨梅坑海域20种47个造礁石珊瑚样本的共生藻.通过ITS序列分析,与GenBank上的4种不同的共生藻构建Neighbor-Joining聚类树,进行石珊瑚共生藻分类和遗传多样性分析.结果表明,该海域的造礁石珊瑚共生藻属于2种不同的种类(亚系群),19个样品属于C1亚系群共生藻,1个样品属于C15亚系群共生藻,C1和C15两个亚系群共生藻之间的遗传距离为0.01.将深圳杨梅坑海域得到的ITS序列与NCBI数据库上的福建东山海域、广东徐闻地区的C1系共生藻进行比对,只有深圳杨梅坑海域藻类样本平均(A+T)碱基含量为49.4%,(A+T)含量小于(G+C)含量.构建Neighbor-Joining聚类树表明,深圳杨梅坑海域石珊瑚共生藻与福建东山海域的亲缘关系较近,而与广东徐闻地区的亲缘关系较远,地理隔离是主要的因素.
关键词： 海洋生物学 造礁石珊瑚 共生藻 ITS序列 遗传多样性 深圳杨梅坑海域
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珠三角河网浮游植物物种丰富度时空特征
《生态学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：对2012年珠三角河网浮游植物物种丰富度的时空特征进行了系统阐析.季节上,枯水期的物种丰度差异大,丰水期差异小;空间上,广州周边及河网中部个别站位的总种数高于其他站位.不同季节的空间特征显示,枯水期的物种丰度自西江沿线、河网中部、广州周边呈递增趋势;而丰水期呈现三角洲两侧的物种丰富度高于河网中部.各类群相对组成结果显示,硅藻在枯水季节占绝对优势,丰水期优势下降;空间上广州周边站位硅藻百分比明显低于其他站位.分析原因,径流相关的补充和稀释作用和水体搅动引起的底层藻类的悬浮补充不仅影响物种丰富度的季节变动,也影响不同类群的相对组成;水体交换能力和营养盐分别是决定丰水期和枯水期物种丰富度空间分布的关键因素.
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黄唇鱼消化系统组织结构及黏液细胞分布特征
《渔业科学进展 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：利用石蜡切片、HE和阿利新兰-高碘酸雪夫-试剂[AB-PAS (Alician blue and periodic acid Schiff reagent AB, pH 2.5)]染色技术,研究黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)消化系统的组织结构和黏液细胞的分布特征.黄唇鱼食道粗而短,胃呈"卜"形,分为贲门部、盲囊部和幽门部,胃与肠的连接处有8条幽门盲囊,肠道在体腔内迂回2个曲折.光镜下观察到消化管管壁由外至内依次为外膜、肌肉层、黏膜下层和黏膜层.食道肌肉层很厚,黏膜层很薄,未见黏液细胞分布.胃部肌肉层和黏膜层均很厚,黏膜固有层分布胃腺,黏膜上皮为单层柱状上皮.幽门盲囊管腔很大,但肌肉层很薄.肠道肌肉层较厚,黏膜皱褶较细长,黏膜上皮细胞间可见圆形的黏液细胞.肝脏内弥散分布胰腺组织,肝小叶内可见大量糖原空泡.AB-PAS染色检测到胃部分布为红色的Ⅰ型黏液细胞;幽门盲囊黏膜上皮分布大量蓝色的黏液细胞,为Ⅱ型黏液细胞;前肠、中肠和后肠检测到大量Ⅱ型黏液细胞,并有少量Ⅰ型黏液细胞.黄唇鱼消化系统的组织结构以及黏液细胞分布特征体现了食性与结构功能相协调的特点.
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2016～2017年中国沿海省市虾类偷死野田村病毒(CMNV)分子流行病学调查
《渔业科学进展 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：偷死野田村病毒(CMNV)引起的病毒性偷死病(VCMD)使中国对虾养殖业遭受了严重的经济损失,为查明CMNV及其变异株的分子流行病学特征,本研究采用逆转录套式PCR (RT-nPCR)、逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)和TaqMan实时荧光定量PCR(TaqMan RT-qPCR) 3种方法,对2016～2017年中国沿海省市CMNV及一种新型野田村病毒——行动障碍野田村病毒(MDNV)的流行、分布和变异情况进行了分析。结果显示,养殖凡纳滨对虾、中国明对虾、日本囊对虾、斑节对虾和罗氏沼虾等种类中均可检测到CMNV阳性;在河北、山东、浙江、福建、广东和海南等省市采集的患病对虾中均存在CMNV。基于RT-nPCR、RT-LAMP和TaqMan RT-qPCR的检测结果显示,2016和2017年样品中CMNV的阳性检出率依次分别为11.8%和7.8%,6.7%和3.9%,17.7%和12.4%;基于上述3种方法检测结果计算得出,2016和2017年样品中CMNV的阳性检出率分别为26.8%和16.3%;基于RT-LAMP的分析显示,2016年样品中MDNV的阳性检出率为9.4%。本研究表明,中国沿海省市养殖虾类中VCMD的流行和危害仍不容忽视,RNA依赖的RNA聚合酶基因不断变异导致前期基于该基因开发的CMNV检测方法可靠性下降,检出假阴性风险升高;同时,发病对虾中出现了新的野田村病毒株系且具有较高的流行率,其传播危害风险值得高度关注。
关键词： 偷死野田村病毒 分子流行病学调查 逆转录套式PCR 逆转录环介导等温扩增 TaqMan实时荧光定量RT-PCR 行动障碍野田村病毒
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大亚湾夏、冬浮游植物群落结构与环境因子
《海洋科学进展 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：根据2015-08和2015-12大亚湾海域的调查数据,对大亚湾浮游植物种类组成、丰度分布、多样性及与环境因子的关系等进行分析.结果显示:夏冬两季共鉴定出浮游植物5门39属102种,其中硅藻70种,甲藻27种,金藻和绿藻分别为2种,蓝细菌1种.浮游植物丰度夏季波动范围为(0.80~42.43)*10~6个/m~3,均值为10.70*10~6个/m~3;冬季波动范围为(0.13~43.80)*10~6个/m~3,均值为7.24*10~6个/m~3;浮游植物丰度组成夏季以硅藻为主,占总丰度的97.51%,冬季则以金藻和蓝细菌为主,占97.41%.夏季优势种为中肋骨条藻(Skeletonema costatum)、柔弱拟菱形藻(Peseudo-nitzschia delicatissima)和菱形海线藻(Thalassionema nitzschioides);冬季优势种为球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)和束毛藻(Trichodesmium sp.).冗余分析显示,影响大亚湾浮游植物分布的关键环境因子,夏季为透明度、氮磷比、温度和盐度,冬季为盐度、pH、温度和亚硝氮.
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大菱鲆(Scophthalmus maximus)蛋白质二硫键异构酶SmPDIA3的表达分析和功能验证
《海洋与湖沼 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：本研究利用SMART-RACE技术克隆了大菱鲆SmPDIA3基因。SmPDIA3基因cDNA序列全长2083bp,包括1479bp的开放阅读框,编码492个氨基酸, GenBank登录号:MG765516。组织表达分析发现:SmPDIA3基因在肠、鳃、肝脏等组织中均有表达,其中在肝脏中表达量最高,脑中最低。进一步研究了温度胁迫后SmPDIA3基因在肠和肝脏组织中的表达变化规律,发现随着胁迫温度的升高,SmPDIA3基因的相对表达量总体上升,并在28°C时达到最大。利用原核表达技术,构建了pET-28a-PDIA3原核表达载体,IPTG诱导后融合蛋白主要在上清中表达。将上清中的蛋白分离纯化后,利用Westernblot技术验证了目的蛋白的准确性。将纯化后的目的蛋白浓缩后,利用BCA蛋白浓度测定试剂盒测得蛋白浓度为243.18μg/mL。最后设计变性溶菌酶的复性实验,验证了SmPDIA3蛋白具有分子伴侣功能,能够辅助变性蛋白的正确折叠。
关键词： 大菱鲆 RACE SmPDIA3 原核表达 分子伴侣
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投喂蚕豆对草鱼免疫器官超微结构和免疫基因表达的影响
《中国农业大学学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为研究草鱼摄食蚕豆后免疫功能变化及转投30 d人工饲料后免疫增强效果,在草鱼摄食蚕豆30、60、90、120及150 d(转投饲料30 d)时,检测肠道、头肾、肝脏等器官超微结构及C-type lysozyme、IFN-I、TNF-a等免疫基因表达变化.结果 表明:1)饲喂单一饲料蚕豆的草鱼,其肠道、头肾、肝脏等3个重要免疫器官受到严重损伤,转投饲料30 d后其病变并未显著好转;2)免疫基因C-type lysozyme、IFN-I、TNF-a、IgM和MHC-I的表达在30~120 d均被抑制,转投饲料30 d后,头肾中C-type lysozyme、IL-1β、IFN-I、IgM、MHGI以及肝脏中IL-1f、TNF-α、IFN-I、IgM、MHC-I的表达量有所增加.综上,草鱼摄食蚕豆后其免疫功能受到显著抑制,而转投30 d饲料对脆肉鲩的免疫机能具有一定的恢复作用.
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鲑鳟通用型低通量单核苷酸多态性芯片的开发
《渔业科学进展 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为开发常见鲑鳟养殖物种通用的遗传分析工具,本研究利用Affymetrix虹鳟(Oncorhynchus mykiss) 57K高通量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,对国内代表性鲑鳟养殖群体开展了分型检测,包括山女鳟(Oncorhynchus masou masou)、银鲑(Oncorhynchus kisutch)、美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)、白斑红点鲑(Salvelinus leucomaenis) 4个物种,从57,501个SNP标记中筛选出96个共享多态性标记,应用Fluigidm 96.96动态芯片平台,构建了大麻哈鱼属(Oncorhynchus)和红点鲑属(Salvelinus)通用型低通量SNP芯片。该芯片分型结果准确性较高,与Affymetrix高通量芯片分型一致性达到96.55%。使用该芯片对来自6个家系的48尾银鲑个体及其候选亲本进行检测,应用Cervus 3.0.7软件进行亲权鉴定,结果能够准确重现复杂家系的真实系谱。在用于单亲本亲权鉴定时,第一亲本非排除率(Non-exclusion probability for first parent, NE-1P)为4.120×10~(–4);用于双亲本亲权鉴定时,双亲非排除率(Non-exclusion probability for parent pair, NE-PP)低至6.219×10~(–12),表明该芯片在鲑鳟养殖群体系谱鉴定应用中具有较高的准确性。使用该芯片开展4个鲑鳟养殖群体遗传结构分析,样本分群聚类结果与其所属的分类阶元相符,能够准确反映群体遗传组分构成和遗传关系。本研究构建的低通量SNP芯片在常见鲑鳟养殖物种中具有良好的通用性,将其应用于养殖群体遗传分析,能够为鲑鳟制种、育种和引种等科学决策提供基因组信息参考。
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