科研产出
黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)的全基因组测序和基因组特征研究
《基因组学与应用生物学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)为国家二级重点保护野生动物、IUCN (世界自然保护联盟)红色名录的极度濒危物种(CR).基于其样本数量极其有限,全基因组研究可以提供大量与重要性状相关的功能基因和分子标记,从而揭示其重要生命现象的遗传机制.采用二代测序技术于2018年5月完成了黄唇鱼基因组精细图的测序,分析结果表明,测序得到约202 Gb的高质量数据,总测序深度约为317*;组装得到的基因组大小为637.43 Mb,Contig N50约为88 Kb,Scaffold N50约为4.65 Mb;重复序列约142.72 Mb,占比22.39%,预测得到23 743个基因、920个t RNA、85个rRNA、176个假基因;98.46%的基因可以注释到NR、GO等数据库中;有67个基因家族是黄唇鱼所特有的.本研究从单碱基错误率、核心基因完整性及二代Reads比对分析3个方面对黄唇鱼基因组精细图的组装结果进行了评估,结果显示所组装的基因区的完整性较好.黄唇鱼基因组序列图谱的绘制完成,对于黄唇鱼自然资源的保护和种质资源挖掘具有极其重要的科学意义.
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鱼源腐败希瓦氏菌生长/非生长界面模型的建立和验证
《中国食品学报 》 2020 EI 北大核心 CSCD
摘要：选取鱼源腐败希瓦氏菌为研究对象,研究室温(25℃)条件下pH、aw及盐分(NaCl)对腐败希瓦氏菌生长概率的交互影响。采用二阶线性Logistic回归方程和PNN人工神经网络算法构建环境因子交互作用下腐败希瓦氏菌生长/非生长界面模型,对两种模型的拟合优度和预测力进行比较和验证。结果表明,二阶线性Logistic腐败希瓦氏菌生长/非生长模型的测试集和验证集一致率分别为93.80%和100.00%,能预测腐败希瓦氏菌生长/非生长概率;PNN人工神经网络模型的测试集和验证集一致率分别为100.00%和86.67%,最优时间为0.1s,能对腐败希瓦氏菌生长/非生长数据进行快速分类。随着盐分增长,腐败希瓦氏菌生长/非生长界限小幅度向高aw、高pH方向移动,高盐分对腐败希瓦氏菌有生长抑制作用。aw≤0.91时,菌株均不生长,aw=0.92,0.94和0.96时,腐败希瓦氏菌生长概率随pH增大而增大,上升陡峭。pH=4.5时,腐败希瓦氏菌基本不生长,随pH升高,高aw情况下的生长概率增至100%。通过构建鱼源腐败希瓦氏菌环境因子下生长/非生长界面模型,PNN人工神经网络模型可对其生长/非生长数据进行快速分类,二阶线性Logistic能为定量评估pH,aw和盐分范围水产品品质保障提供理论支持。
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添加芽孢杆菌对池塘中理化因子和细菌群落结构的影响分析
《水产学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为研究添加芽孢杆菌对池塘水体理化因子和细菌群落结构的影响,采用高通量测序技术分析了实验组(添加芽孢杆菌池塘)与对照组(普通池塘)水体和底泥细菌群落结构,同时分析了两种池塘水体和底泥的理化指标。结果显示,8、9月实验组池塘水体中TN、NH_4~+-N和NO_3~--N含量显著低于对照组,底泥中的NO_3~--N、NH_4~+-N、TN和TP含量显著高于对照组。实验组池塘水体中发酵单胞菌属(Zymomonas)、玫瑰单胞菌(Roseomonas)、脱氯单胞菌(Dechloromonas)和噬几丁质菌属(Chitinophaga)细菌丰度显著高于对照组。在这些细菌群落中,脱氯单胞菌、噬几丁质菌属有去除硝酸盐的作用,发酵单胞菌属、玫瑰单胞菌具有脱氮的功能。实验组池塘水体Chao1指数和Shannon指数显著高于对照组。水体中优势细菌群落中的噬氢菌属(Hydrogenophaga)、Geothermobacter、Haliscomenobacter与硝酸盐、总磷呈负相关性,与氨氮、总氮呈正相关性。研究表明,通过向池塘添加芽孢杆菌,可以改变水体中细菌群落的结构,从而实现对池塘理化因素的调节。研究结果为降低水产养殖尾水对水域环境的污染具有一定的借鉴意义。
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山东近海口虾蛄单位补充量渔获量评估
《水产学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为完善口虾蛄的基础生物学资料,并为口虾蛄资源的管理提供科学指导和理论依据,本研究根据2016至2017年山东近海渔业资源底拖网调查获得的口虾蛄体长、体质量数据,估算了口虾蛄的生长、死亡参数,构建了基于体长结构的单位补充量渔获量(YPR)模型,研究口虾蛄的资源动态和管理策略。采集调查口虾蛄样品共5 028尾,体长—体质量关系的表达式为W=0.014 5L2.88,为负异速生长;使用ELEFAN方法估算出口虾蛄的渐进体长L∞为19.87 cm,生长速率K为0.62 a-1。口虾蛄的生长表现出明显的季节性变化规律,生长参数的季节振幅C为0.76,10月份生长最快,4月份生长最慢。通过体长转换的渔获曲线估算出口虾蛄的总死亡系数Z为3.24 a-1,根据不同方法估算自然死亡系数M的范围为0.75～1.27 a-1,捕捞死亡系数F的估算范围为1.96～2.49 a-1,开发率的均值为0.67。YPR模型结果显示,随着F增大,YPR值呈现先上升后下降的趋势,生物学参考点F0.1和Fmax的值分别为0.92a-1和1.88a-1。口虾蛄资源处于过度开发的状态,应降低捕捞压力,同时调整开捕体长,以维持口虾蛄渔业资源量和渔获量。
关键词： 口虾蛄 单位补充量渔获量 生物学参考点 季节性生长 山东近海
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大菱鲆(Scophthalmus maximus)不同发育阶段视蛋白基因表达特征研究
《海洋与湖沼 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：视网膜视蛋白组成是动物识别光强与颜色视觉的基础,其会随着不同生长环境和发育阶段而发生变化。大菱鲆(Scophthalmusmaximus)为重要的海水养殖鱼种,在发育过程中经历了从浮游生活到底栖生活的转变;生活习性的转变伴随着生存环境的变化,尤其是光照环境的变化。我们推测大菱鲆光照感知功能包括视蛋白种类及表达模式等,在不同阶段应有所不同,目前未见相关研究报道。本研究以1、4和9月龄大菱鲆为研究对象,通过qRT-PCR探查了不同阶段大菱鲆视蛋白基因表达的特征规律,通过分析三个发育阶段的视蛋白基因表达比例,推测鱼体光谱敏感性变化规律。结果表明,红视蛋白(LWS)基因表达量随鱼体发育逐渐降低,视紫红质(RH1)、紫外视蛋白(SWS1)和蓝视蛋白(SWS2)随鱼体发育表达量逐渐升高,而绿视蛋白(RH2)中高表达的RH2b1无显著变化。LWS表达比例由1月龄57.2%降至九月龄11.4%,RH2b1表达比例由1月龄29.9%升至九月龄73.3%。随着大菱鲆由早期浮游生活转入底栖生活,表达占主导地位的视蛋白,逐渐由LWS转变为RH2b1,其光谱敏感性可能由红色敏感向绿色敏感转变。大菱鲆视蛋白在不同发育阶段表达的特征变化引发的光谱敏感性变化,可认为是其对不同光环境的适应策略。
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几种杀菌方法对罗非鱼片鱼肉品质的影响比较
《食品与发酵工业 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了比较几种杀菌剂对罗非鱼片的杀菌效果及其对鱼肉品质的影响,采用4种杀菌剂浸泡罗非鱼片,以杀菌率、感官评定和色泽作为测定指标,筛选出最佳杀菌剂和处理条件.结果表明,4种杀菌剂的最佳杀菌条件分别为:Na Cl O溶液质量浓度100 mg/L,浸泡时间10 min; H2O2溶液质量浓度1 000 mg/L,浸泡时间2 min;臭氧水质量浓度4 mg/L,浸泡时间10 min;微酸性电解水质量浓度30 mg/L,浸泡时间10 min.进一步比较4种杀菌剂对罗非鱼片感官品质的影响,结果表明,H2O2溶液和Na Cl O溶液对鱼片感官品质影响较大,微酸性电解水和臭氧水对罗非鱼片不仅有较好的杀菌效果,而且对罗非鱼片感官品质的影响相对较小,可应用于罗非鱼片产品的加工生产.
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海洋牧场建设技术研究进展
《安徽农业科学 》 2020
摘要：海洋牧场是养护渔业资源、修复生态环境、实现海洋渔业资源与近海生态系统和谐发展的重要途径。综述了国内外海洋牧场生物资源评估技术、生物增殖技术、物种驯化控制技术、人工鱼礁水动力特性技术、人工鱼礁结构及工程材料开发技术、海洋牧场监测技术6项技术的定义、方法及其应用效果,从研究基础、科技水平和支撑发展3个层面分析了我国海洋牧场面临的问题,并展望了我国海洋牧场技术的发展趋势和研究方向。
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五月龄翘嘴红鲌性腺组织小RNA转录谱的分析比较
《江苏农业科学 》 2020
摘要：采用转录组高通量测序方法,比较分析幼龄翘嘴红鲌精巢、卵巢组织中小RNA转录谱。结果显示,精巢、卵巢的小RNA分布的峰值分别为28、29 nt,与一般物种的22～24 nt有较大的差异;在小RNA库中,经比对注释的比例很低,分别为2.5%、2.1%。在比对注释的斑马鱼miRBase、斑马鱼ncRNA、piRNA、Rfam数据库中,精巢组织中被miRBase数据库注释的比例最高,为1.49%;而卵巢组织中被miRBase和piRNA数据库注释的比例接近,分别为0.94%和0.96%。比较表达量相对较高的共有miRNA分子,均是与胚胎发育相关的分子,且大多是精巢组织的表达量高于卵巢组织,这些miRNA分子在个体发育中可能具有重要意义。初步获得了翘嘴红鲌不同性腺组织的转录谱,为今后进一步分析小RNA在生殖发育中的调控作用奠定了基础。
关键词： 翘嘴红鲌 精巢 卵巢 miRNA 转录谱 分析 比较
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