科研产出
具氯氰菊酯降解功能的植物内生细菌分离鉴定及降解特性研究
《农业环境科学学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：从上海郊区某农药厂附近生长的牛筋草中分离到一株能以氯氰菊酯作为唯一碳源生长的植物内生菌,命名为A-24。该菌在48 h内对20 mg·L-1的氯氰菊酯的降解率为91.8%,72 h内可完全降解氯氰菊酯。通过生理生化观察,结合16S rRNA基因序列分析,将该菌株鉴定为Achromobacter sp.。菌株A-24降解氯氰菊酯的最适温度和pH分别为30℃和7.0;当菌株A-24的接种量≥2%时,其对20 mg·L-1氯氰菊酯的降解效果较好,降解率在80%以上;当氯氰菊酯浓度≤50 mg·L-1时,菌株A-24对氯氰菊酯有较高的降解率,降解率在70%以上。通过HPLC鉴定降解产物3-苯氧基苯甲酸,推测氯氰菊酯通过酯键断裂生成二氯菊酸和3-苯氧基苯甲醛,然后3-苯氧基苯甲醛生成3-苯氧基苯甲酸。本研究结果为利用功能内生细菌调控植物代谢氯氰菊酯,进而有效规避作物污染风险提供新途径。
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上海农作物种质资源数据库的设计和构建
《植物遗传资源学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：随着农作物种质资源数量的不断增加,种质资源交流的日益频繁以及种质资源利用的逐步深入,农作物种质资源数据库的建设对农作物的应用研究和基础性研究至关重要。上海市农业生物基因中心借助于本中心保存的近21万份种质资源的信息,开发了一套上海农作物种质资源数据库,本文主要阐述了该数据库设计和构建的目的、原则和数据库的架构、运行环境以及主要功能模块。上海农作物种质资源数据库采用了B/S结构,平台系统利用多层逻辑架构实现了对农作物种质资源数据信息的收集、存储、查询、统计分析等功能。外部用户通过浏览器即可访问平台系统,浏览查询种质资源信息。内部管理员可使用平台的受限功能,需要认证成功后才可使用后台管理功能,实现对整个平台数据的管理。注册用户还可通过基因资源数据库提交引种申请,管理员结合管理信息系统实现对外供种全流程的网络化,借此可提高工作效率,增加工作流程的透明度。
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唾液乳杆菌SNK-6对新杨黑羽蛋鸡鸡蛋暗斑和肠道菌群的影响
《动物营养学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：本研究旨在研究唾液乳杆菌SNK-6对新杨黑羽蛋鸡鸡蛋暗斑和肠道菌群的影响。选取45周龄、产暗斑鸡蛋的新杨黑羽蛋鸡64只,随机分成7个组,对照组(16只鸡)饲喂基础饲粮,其他6组(每组8只鸡)饲喂唾液乳杆菌SNK-6活菌数量分别为1.0×10~6、5.0×10~6、2.5×10~7、1.25×10~8、6.25×10~8和3.125×10~9CFU/只的试验饲粮。预试期1周,正试期4周。每日检测鸡蛋暗斑,试验结束后采集肠道内容物样品,用于宏基因组学检测和分析。结果表明:1)饲喂2.5×107CFU/只唾液乳杆菌SNK-6能降低鸡蛋暗斑程度,持续减少鸡蛋暗斑;继续增加唾液乳杆菌SNK-6饲喂水平则不能降低鸡蛋暗斑。2)宏基因组学研究发现,饲喂2.5×10~7CFU/只唾液乳杆菌SNK-6蛋鸡的肠道微生物种类较多,回肠新增微生物物种是对照组的31%,盲肠差异物种为对照组的8%。2.5×10~7CFU/只唾液乳杆菌SNK-6提高回肠唾液乳杆菌数239%,减少回肠衣原体数50%,减少回肠大肠杆菌数28%。3)饲喂2.5×10~7CFU/只唾液乳杆菌SNK-6的肠道内容物基因功能较多,EggNOG注释的肠道代谢量是对照组的130%,CAZy注释蛋白酶是对照组的139%,KEGG注释的代谢过程是对照组的128%,疾病过程是对照组的82%。由此可见,唾液乳杆菌SNK-6能够降低鸡蛋暗斑,调控肠道菌群,提高肠道代谢,降低疾病风险。
关键词： 唾液乳杆菌 蛋鸡 鸡蛋暗斑 肠道菌群 宏基因组学 肠道代谢
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应用枇杷二代测序数据进行染色体步移研究
《果树学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：【目的】枇杷基因组数据尚未公布,限制了枇杷分子生物学的研究。当前很多研究集中在上游转录因子和下游基因启动子之间的调控关系上,所以获得目的基因的启动子显得尤为重要。传统方法使用PCR方式进行染色体步移来获得启动子区域,耗时且难出结果。【方法】对‘火炬’枇杷进行二代测序,二代测序为双端测序,片段含盖200到500bp的序列。根据下游基因序列通过测序片段来实现染色体步移。使用现有程序Magicblast和新开发的Promoter_Scan脚本程序来快速获取目的基因启动子区域。Promoter_Scan对每对Reads构建10 bp的索引序列,先使用索引匹配目的基因,匹配后使用目的基因前30 bp序列再次匹配目标Reads,最后完成拼接。【结果】通过二代测序共获得61.77 GB的‘火炬’枇杷基因组数据,测序深度约为85倍。使用Magicblast检索匹配Reads耗时长,难以二次开发,需要手动拼接延伸,每个基因启动子挖掘需要9.5 h。新开发Promoter_Scan脚本程序通过两次匹配,能够更快更准确地找到启动子序列。对枇杷中8个基因进行启动子查找,向上延长2 000 bp序列平均需要拼接11.7次,耗时21.3 min。根据步移后的序列设计引物进行验证,结果显示:Sanger测序结果和预测的序列高度一致。【结论】使用Magicblast检索方式能够达到实验要求,不需要编程技能,但是耗时长。Promoter_Scan能够实现自动延伸,显著缩短启动子挖掘时间。本研究中的两种方法不仅可以用于枇杷分子生物学的研究,对其他未公布基因组数据的物种同样适用。
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甜瓜种子细菌性果斑病菌PCR检测方法的研究
《上海农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：以携带细菌性果斑病菌(Acidovoras avenae subsp. citrulli)的甜瓜种子为材料,比较了不同引物、不同种子处理方式、不同浸提液及不同提取时间对细菌性果斑病菌PCR及实时荧光定量PCR检测结果的影响.结果表明:以完整带菌种子浸提液为模板进行PCR扩增,操作最简单且特异条带亮度最高,"种壳+种仁"处理次之,而以磨碎种子浸提液为模板,未能扩增出特异条带.以无菌水作为浸提液的PCR扩增效果明显优于磷酸缓冲液和液体KB培养基,浸提时间以3-12 h为宜.实时荧光定量PCR检测结果与普通PCR一致.在3对特异引物中,引物BX-L1/BX-S-R2的普通PCR扩增效果最佳,引物SEQID4m/SEQID5更适用于实时荧光定量PCR检测.
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ISSR分析崇明白山羊的遗传多样性及亲缘关系
《上海农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为查明崇明白山羊群体的遗传多样性水平和亲源关系,应用ISSR分子标记技术,使用12条多态性较好的ISSR引物对206只崇明白山羊进行PCR扩增.结果 表明:总计扩增出181条谱带,平均每条引物扩增产生15.08条,其中含有多态性条带163条;经统计分析,崇明白山羊呈现出丰富的多样性,检测到的观测等位基因数(Na)为1.9006±0.300 1,有效等位基因数(Ne)为1.477 8±0.365 6,Nei's基因多样度(h)为0.278 5±0.184 9,多态位点百分率(PPB)为90.06%,Shannon's信息指数(Ⅰ)为0.418 6+0.251 0,群体总基因多样性(Ht)为0.279 7±0.034 0,群体内基因多样性(Hs)为0.226 7±0.025 8,遗传分化值(Gst)为0.189 4,崇明白山羊的遗传变异81.06%来源于种群内部.崇明白山羊的基因流(Nm)为2.1397,说明崇明白山羊群体间存在一定的基因流.UPGMA聚类分析显示:样本相似系数为0.519 3---0.989 0,206个个体可分为11个群体,个体间虽然呈现差异,但具有较好的同质性.
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高速逆流色谱法分离灵芝中的灵芝烯酸B
《菌物学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：本实验建立一种快速从灵芝子实体中制备灵芝烯酸B的方法。以沪农灵芝1号子实体乙醇提取物为原料,经过D101大孔树脂粗分,用60%乙醇洗脱后,采用高速逆流色谱对获得的灵芝酸性三萜进行分离制备。确定最佳溶剂体系为正己烷-乙酸乙酯-甲醇-水(V/V/V/V,5:5:2:9),上相作为固定相,下相作为流动相,单因素法和正交实验设计确定高速逆流色谱法分离灵芝烯酸B的最佳工艺为:流速2.0mL/min,转速900r/min,一次上样量为500mg时,制备得到灵芝烯酸B化合物得率为(9.07±0.16)%,纯度为(85.04±3.45)%。用质谱、核磁对得到的灵芝烯酸B进行了结构鉴定。此法操作简单高效,为大量制备灵芝烯酸B提供了参考。
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稻鳅共作模式下不同施肥量对泥鳅生长和水稻产量的影响
《上海农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：通过小区定位试验,研究了稻鳅共作模式下不同施肥量对泥鳅生长和水稻产量的影响,探讨稻鳅共作模式下的施肥特征.结果表明:各处理间泥鳅平均成活率无显著差异,泥鳅体重差异显著,稻谷和稻秆产量均无显著差异.减氮50%处理的稻谷产量最高,为6850 kg/hm2,无肥处理的稻谷(6100 kg/hm2)和稻秆产量均最低;无肥处理泥鳅平均成活率最高,但泥鳅体重显著低于减氮30%和减氮50%处理.施肥处理的溶解氧、总氮含量相较于无肥处理均有大幅上升,高温季节氨氮含量明显高于无肥处理.因子分析结果表明:减氮50%处理综合得分最高,综合效益最好,无肥处理综合得分最低,其中减氮50%处理泥鳅生长因子贡献最高,而无肥处理水稻产量因子贡献最低,常规施肥处理泥鳅成活因子贡献最低.研究结果表明:稻鳅共作模式应实行化肥减量,氮肥减量影响效果大于磷肥减量效果,以减氮50%(纯氮150 kg/hm2)综合效果最好.
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