科研产出
应用枇杷二代测序数据进行染色体步移研究
《果树学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：【目的】枇杷基因组数据尚未公布,限制了枇杷分子生物学的研究。当前很多研究集中在上游转录因子和下游基因启动子之间的调控关系上,所以获得目的基因的启动子显得尤为重要。传统方法使用PCR方式进行染色体步移来获得启动子区域,耗时且难出结果。【方法】对‘火炬’枇杷进行二代测序,二代测序为双端测序,片段含盖200到500bp的序列。根据下游基因序列通过测序片段来实现染色体步移。使用现有程序Magicblast和新开发的Promoter_Scan脚本程序来快速获取目的基因启动子区域。Promoter_Scan对每对Reads构建10 bp的索引序列,先使用索引匹配目的基因,匹配后使用目的基因前30 bp序列再次匹配目标Reads,最后完成拼接。【结果】通过二代测序共获得61.77 GB的‘火炬’枇杷基因组数据,测序深度约为85倍。使用Magicblast检索匹配Reads耗时长,难以二次开发,需要手动拼接延伸,每个基因启动子挖掘需要9.5 h。新开发Promoter_Scan脚本程序通过两次匹配,能够更快更准确地找到启动子序列。对枇杷中8个基因进行启动子查找,向上延长2 000 bp序列平均需要拼接11.7次,耗时21.3 min。根据步移后的序列设计引物进行验证,结果显示:Sanger测序结果和预测的序列高度一致。【结论】使用Magicblast检索方式能够达到实验要求,不需要编程技能,但是耗时长。Promoter_Scan能够实现自动延伸,显著缩短启动子挖掘时间。本研究中的两种方法不仅可以用于枇杷分子生物学的研究,对其他未公布基因组数据的物种同样适用。
全文链接
请求原文
甜瓜种子细菌性果斑病菌PCR检测方法的研究
《上海农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：以携带细菌性果斑病菌(Acidovoras avenae subsp. citrulli)的甜瓜种子为材料,比较了不同引物、不同种子处理方式、不同浸提液及不同提取时间对细菌性果斑病菌PCR及实时荧光定量PCR检测结果的影响.结果表明:以完整带菌种子浸提液为模板进行PCR扩增,操作最简单且特异条带亮度最高,"种壳+种仁"处理次之,而以磨碎种子浸提液为模板,未能扩增出特异条带.以无菌水作为浸提液的PCR扩增效果明显优于磷酸缓冲液和液体KB培养基,浸提时间以3-12 h为宜.实时荧光定量PCR检测结果与普通PCR一致.在3对特异引物中,引物BX-L1/BX-S-R2的普通PCR扩增效果最佳,引物SEQID4m/SEQID5更适用于实时荧光定量PCR检测.
全文链接
请求原文
ISSR分析崇明白山羊的遗传多样性及亲缘关系
《上海农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为查明崇明白山羊群体的遗传多样性水平和亲源关系,应用ISSR分子标记技术,使用12条多态性较好的ISSR引物对206只崇明白山羊进行PCR扩增.结果 表明:总计扩增出181条谱带,平均每条引物扩增产生15.08条,其中含有多态性条带163条;经统计分析,崇明白山羊呈现出丰富的多样性,检测到的观测等位基因数(Na)为1.9006±0.300 1,有效等位基因数(Ne)为1.477 8±0.365 6,Nei's基因多样度(h)为0.278 5±0.184 9,多态位点百分率(PPB)为90.06%,Shannon's信息指数(Ⅰ)为0.418 6+0.251 0,群体总基因多样性(Ht)为0.279 7±0.034 0,群体内基因多样性(Hs)为0.226 7±0.025 8,遗传分化值(Gst)为0.189 4,崇明白山羊的遗传变异81.06%来源于种群内部.崇明白山羊的基因流(Nm)为2.1397,说明崇明白山羊群体间存在一定的基因流.UPGMA聚类分析显示:样本相似系数为0.519 3---0.989 0,206个个体可分为11个群体,个体间虽然呈现差异,但具有较好的同质性.
全文链接
请求原文
高速逆流色谱法分离灵芝中的灵芝烯酸B
《菌物学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：本实验建立一种快速从灵芝子实体中制备灵芝烯酸B的方法。以沪农灵芝1号子实体乙醇提取物为原料,经过D101大孔树脂粗分,用60%乙醇洗脱后,采用高速逆流色谱对获得的灵芝酸性三萜进行分离制备。确定最佳溶剂体系为正己烷-乙酸乙酯-甲醇-水(V/V/V/V,5:5:2:9),上相作为固定相,下相作为流动相,单因素法和正交实验设计确定高速逆流色谱法分离灵芝烯酸B的最佳工艺为:流速2.0mL/min,转速900r/min,一次上样量为500mg时,制备得到灵芝烯酸B化合物得率为(9.07±0.16)%,纯度为(85.04±3.45)%。用质谱、核磁对得到的灵芝烯酸B进行了结构鉴定。此法操作简单高效,为大量制备灵芝烯酸B提供了参考。
全文链接
请求原文
稻鳅共作模式下不同施肥量对泥鳅生长和水稻产量的影响
《上海农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：通过小区定位试验,研究了稻鳅共作模式下不同施肥量对泥鳅生长和水稻产量的影响,探讨稻鳅共作模式下的施肥特征.结果表明:各处理间泥鳅平均成活率无显著差异,泥鳅体重差异显著,稻谷和稻秆产量均无显著差异.减氮50%处理的稻谷产量最高,为6850 kg/hm2,无肥处理的稻谷(6100 kg/hm2)和稻秆产量均最低;无肥处理泥鳅平均成活率最高,但泥鳅体重显著低于减氮30%和减氮50%处理.施肥处理的溶解氧、总氮含量相较于无肥处理均有大幅上升,高温季节氨氮含量明显高于无肥处理.因子分析结果表明:减氮50%处理综合得分最高,综合效益最好,无肥处理综合得分最低,其中减氮50%处理泥鳅生长因子贡献最高,而无肥处理水稻产量因子贡献最低,常规施肥处理泥鳅成活因子贡献最低.研究结果表明:稻鳅共作模式应实行化肥减量,氮肥减量影响效果大于磷肥减量效果,以减氮50%(纯氮150 kg/hm2)综合效果最好.
全文链接
请求原文
草菇UBEV2蛋白同源模建筛选其小分子抑制剂
《食用菌学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：草菇(Volvariella volvacea)具有典型的低温自溶特征,基于草菇低温自溶与一个泛素结合酶E2 (ubiquitin-conjugating enzyme,UBE2)高表达及活性相关,采用虚拟筛选法获得潜在的草菇UBEV2抑制剂小分子化合物.结果 表明:在2轮虚拟筛选方法得到500个靶中化合物的基础上,综合考虑可与UBEV2上的Thr73、Gly77、Ile78、Phe84、Gly85、Asp86、Tyr87、Asp79形成多个氢键,以及Ile78、Leu83、Phe84、Asp86、His138、Ile141等形成较强的疏水作用,最终人工挑选得到150个小分子化合物,对接打分值区间为6.58~8.06.抗冻实验结果提示筛选的化合物能够减轻低温对草菇的伤害.
全文链接
请求原文
草菇9715液体菌种培养过程的生理变化及培养终点
《微生物学通报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：【背景】草菇是最具中国特色的食用菌品种之一,其消费量逐年增加,产业发展潜力巨大。液体菌种应用于草菇栽培是其工厂化生产的发展趋势,目前关于草菇液体菌种的研究主要集中在优化配方和生长条件,有关草菇液体菌种培养过程中菌丝活性的研究较少。【目的】研究草菇液体菌种培养过程中的生理活性变化,并确定其培养终点。【方法】对草菇液体菌种培养过程中菌丝体干重、蛋白含量、培养液pH值、糖度、还原糖含量、酶活性等进行测定与分析。【结果】草菇液体菌种在培养84h后,菌丝干重增长减缓,pH值、糖度、还原糖含量逐渐减少,纤维素酶和半纤维素酶活性逐渐降低,培养96 h后,菌丝体蛋白质含量呈下降趋势,培养液蛋白含量则呈上升趋势。【结论】草菇9715液体菌种培养终点应控制在84-96h,研究结果可为9715液体菌种应用于草菇工厂化生产提供重要参考。
全文链接
请求原文
基于番红花转录组的碳氮代谢基因挖掘
《植物生理学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：番红花球茎是其开花和新球茎形成的基础,促进番红花种球中营养物质积累、提高番红花繁殖效率是解决国内番红花产量供不应求的有效途径,而番红花种球生长和繁殖与生长发育期间碳氮代谢途径密切相关,深入研究番红花生长发育机理,尤其是碳氮代谢途径是番红花栽培和繁育体系优化的前提。通过对番红花已有转录组数据进行从头组装,得到62 105条unigene序列。注释结果表明,仅有55.89%序列能够注释到公共数据库,注释到GO分类和KEGG注释的unigene分别为36 661和14 185条。通过生物信息学分析,挖掘番红花多个参与碳氮代谢的重要基因和转录因子,包含了蔗糖合成酶基因、蔗糖磷酸合成酶基因、磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶基因、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因、谷氨酸合成酶基因和碳酸酐酶基因等,以及转录因子GATA和DOF。研究结果可为番红花生长发育功能基因的发掘与利用研究提供参考。
全文链接
请求原文
